RNA id: TCONS_00041273


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00041273
length 6675
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 7
gene id XLOC_020987
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 13276693 ~ 13350356 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATATCTGGAGCAGCTGAAgcatatttgaatttaaagggagGGGCGACACTTTCAGATAACCAAAACGAGGTTCATATCTGAAAACCAGCAGAAAGAGTGAGACAGATAAAGAGTAGGTGAGGCGTTCAGCACATGGCCTTTTAGACTCCATCAAACTCAAGTGGACAGCAGTTGGAGAAACCAGGCGAGACAACCTGCTGAAACTCTCACAGTCAGACTGCCTACATGGAAGACATGGAATCAACCAGCCCACCAGTCTCACATAGACCAGCTAGCCAAATATACACAAGTGCTCCAGAGATATCTGAGCCGGCTGCAGTATCATTGTTTCACAATGACACCTccgGTGAGATCACAAACGCCACGAAAGTAGACACAGTTGGTTTCAGTTCCATTGCTGACGAATCAGTGTACGGCATTCTGTTGGGAGTATCTCTGATAGCAGTGCTTGTGACGATTGTGCTCATTTCTGTAGTGGTTCTCCGCTACATTAGCCATCAGAAAGGTACATATTACACCTACGAGGAGTCTTTAGTGTTTAAGAGTGACCCCGAGATGCTGGACATGCCAGAAAGTCCAGATGACGAAGAGCTTTCAGAAGATCAAGATGATCAAGAAGATCCAGAAGATAAAGAAGACCCAGAAGAAGAGGAGCCTTAGTATCTCCTGGCTGGGAGCCTTTTGGGACGTTTCCTGTGTGAAATGTATCACTGTGAAAGACAGACGGATCTTTCGTGGATCCTCTTCCTTTTCACTCAACAATCGCATATGCCTTTTCCAGCAGATGTCCTTTTCTGATGGCTTCACACTCACGCAGTCcaaaactaaaatagatttcCATGTGAAGCACTTGTGTACTAGTTAATTTAACACAATACTAAGATGATGTTAAATGTGTTTTGAAACTGTACTGTTTTATCATTAACACACTGatgtctttttaaaattatttcataaTCTTTTTttcacgctttttttttttttgcaagtgttaagttttggtaacactttataataactgcataCTATCCATGATCTATTtaacattagcaaatagttaatttgtaATTCGTTAAGCACTAACTCTACACTAATAGACATTATTAAGCAGTTTCTAATTaaacagctacaaatgctgcCTTCTTGACTTATATAAGCACATATAAAAGGCAGTTTTCAacactaaattaagtattgcattatttacaaaccatttattTGGGAgttgttggtggtttttaagatcatttagaatgagtaagtacattaataataaactattcaaacgtacagttgaagtcagaattattagccccctttgaagttttttcatttttaaatattttccaaattatgtttaacagagcaaggaaactttcacagaatgtctgatcaactttttcttctggaaaaagttttatttgttttatttcggctagaataaatacagttttaatttttttttaaaacattttaaggtcaatattattactcccTTTAGCAATttcttttcaatagtctacagaacaaaccattgttatacaatgtcttgcccaattaccctaacctgcctaattaacctagttaagcctttaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttaaaaatatcaaaatattatttattgtcaacatgaaaaagatcaaataaaacagttattagacatgaggtattaaaactattatgcttagaaatgtgttgaaaaaatctttcagttaaacagaaattgggaggaaaaaataacaacccaggctcattgtggaaacgtagtcccgtggacgtttccgCAGACCGCGGAATACATCCTGGTGGGTAcatacggctgcagtttttgtttttgcgaatccgtgagaggccgctgttgtgcgctttttcgcacctcagatgcctctcgcgagtgcagttcgcgcctgcgctgttctcgcatgaacccaccagaggccactgtccgactgaccggatgattgactgcgcgaccggccaatcggccgacccgccctcctccttccctgaacccaaccaatccctaaacccaagcaacagtttacaaaagccgtccaaaaaaataaaagccctaatttttttttttattctaccgcgttttcggatttcaccgcattctcaccctgttacgaaacacgttcacttaatttttgggattctgtttttgttttacctgattgctggaaccgctcttccccggactcgaaacctgtcgccgtggtcaactcctctctgcatctcgagcctgcagACGTatacggtgagctgagtggacaaacgggttgcagcggggaagccctccacaaggaggtaaggcaagcgcaaaagggaacatcgtcacaccgccccgcagcgttcgcttgaaaagaATTAACGCAGCCATACGTACCCCCCAGGACATATtctgctgtctccagaaacgtccgctggactacattttcagaatgagcttgggttgaagaataaacagggggggctaataattctgacttcaactgtacatttatacATCTTATTTTTCAGGCATAGTAATAGttaataatgcttttttttcattatttactgTAAGCtcatctaaagtgaggactatgtaaatcccttataaatgacaattaaatgctcggaaaaaggggaaaaaaaatctaaacattgcGATCCTATCGAAAAATAAAAGTACTATCTTTCATATCAGTGAATAACTCGAATCCTTTATCATATTGTTAAATTGTACAATTATTGTTGCTTTGgacaatgcagtggcgcagtaggtagtgctgtcgcctcacagcaagaaggtcgctggtttgagccttggctgggtcagttgacatttctgtgaggTGGGGTGGGGTGAGTCGTAATTCAAGGAGGACGAAGTGTCTTTGTCCAGTACTTTACAGAGGCTGGAAAAACCTACAAGTGTGGGAGGGGGTATCTGTGTCCAGTATCGTTCAGAGACTTTACAgaggctggaaaaaaaaaaacagggggtgCCTGGTCAGCTGTCCTATGCGCAAGGCACTGGCTACCATCGGATTATTCGGCAATCCAGGGTGTACTAGATGTACCAAACACTTGAGGACCAGGAAATGGACTGACAATTCTGGGAGTTTTTGGGGAGAAATGACAaaatgggagatgggtctgaaatatggcaGACTCCCcacgggaaaaacgggagtgttggcagataTGGTACACAAATACATTGCCTACAGTATATGCTATAAAATTGCAAGTTAAAAATGCTGTTGaaatatattaacttatatttgattgtaactaTAACTCAGTTTTATGGTAATGCAATTATAGTCagcttttgtaaagctgctttgaaacaattattataaaaagcatacacaaatcaacttgaattgaattggacATCAAATATGTGCGTAGAAATCAAGCATCTGCAGCTGTattagaagtggtgttagtgaggccagcagggggcactcaacctgctgtctgtgtgaaTCGTAATGCCCCAGAACAGCGAAAGGGACATTATACTGTCAGcgagtgccgtctttcagatgagactataaaccgaggtcctgactctctggtcATTAAAATCTCatagcacttcttgtaaagagtaggggtgtaaccttggtgtcctggccaaattccatcAATTGGCCCTtaccaatcatggcctcccaattataCTCAcacactgaattggctctatgactgtctctccactccacctatagctagtGTGTAGTAAGCGCACTGGTGGTGTTATCCTGTGGCTGCCGTGGCATAATCCAAGTGGGtgctgtacactggtggtggtgtggataGACCCTCCTCATGAATGTGAAGAGCTTTGGGTATATGGCCATACATgagtaatgtgctatataactacacattaaattacattacataattCTAAACTGCTTACTTATGTTTATTAATGTACAGTTAATGCTTTAGACATTGTGAGCAAACTATTTGCTTATGCTTAGTAAATTATTCATAGTGTGCAATTACCTACTTTTTTCTGGACATCTTATTGTCTAGTTGGAATGTTTTTTTGTAGAAACAGACTGAATCAAACCTGACCATGTGACTTATTATCCAGGACACTGTCAAAAGCTATTCCAAAGATTGCCATGATGCATTTTTAATAATACTCACAGGTAGAAAATAAATGATGAGCCATCGGCAGCTGTCCATGGGCATGGTGGAATAATTCACTCAATGAAAAATCTACTTTACTTCACAAAATGTGAGTACATGATTAAATTTTATACAATGGAGATTGAAATTGGAGAACCACCTACACTTTTCATGTTTggatttcaaatatataaaatgtatgtgtTATTTTCAACATGTatgttaaaacattgtaaaatggccatttacgtatatttttaaaacattgcagctggaaaaaaattgcaatccaggctcattctaaaaatgtacctctagatacatttctggagatgggGAAATACGTCTTGAGGTACTTTtttgcggtttttgttttcgcaaatccaccagagggtgctgtgtatgctttttgagatctcaaatttctctcatgagtgccattcgcacctgctgtcaTCGTgaaaacccaccagaggccgctgttgactaaccgattgactgacccatcctcctacttccctaaacctaaccaattttattgattgacccgTAAAACccacttcccaaaacccaaccaaacattttcaaaagcaatccagaaaaagaaaagcccttgtctgatttttaccacgttttcagattttaccacattctcaccctcttatttacttgtttattttattttttggattctgtttttgtcttacctgctttctggaatcattcttcaCCGAACTCGAACGCTGTCATCGTGGTTAacatctcaagtccgctgaaGTACATGGCGAGCTCAGGgaacaaactggttacagcgggaaagctgtccatacgga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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000155118

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00041272 lncRNA downstream 32142 13218865 ~ 13244551 (-) True XLOC_020986
TCONS_00041943 lncRNA downstream 32462 13218865 ~ 13244231 (-) False XLOC_020986
TCONS_00042358 lncRNA downstream 32551 13201478 ~ 13244142 (-) False XLOC_020986
TCONS_00041271 lncRNA downstream 38022 13218865 ~ 13238671 (-) False XLOC_020986
TCONS_00042357 lncRNA downstream 88361 13187861 ~ 13188332 (-) True XLOC_020985
TCONS_00041276 lncRNA upstream 72212 13422568 ~ 13431304 (-) False XLOC_020988
TCONS_00041275 lncRNA upstream 72212 13422568 ~ 13431304 (-) True XLOC_020988
TCONS_00041944 lncRNA upstream 255925 13606281 ~ 13607563 (-) True XLOC_020990
TCONS_00042360 lncRNA upstream 288494 13638850 ~ 13649604 (-) True XLOC_020991
TCONS_00042361 lncRNA upstream 318629 13668985 ~ 13693627 (-) True XLOC_020992
TCONS_00041269 mRNA downstream 111507 13046270 ~ 13165186 (-) True XLOC_020983
TCONS_00041268 mRNA downstream 233701 12979213 ~ 13042992 (-) True XLOC_020982
TCONS_00041265 mRNA downstream 350952 12911236 ~ 12925741 (-) True XLOC_020978
TCONS_00041264 mRNA downstream 385772 12870275 ~ 12890921 (-) True XLOC_020977
TCONS_00041262 mRNA downstream 414278 12831675 ~ 12862415 (-) False XLOC_020976
TCONS_00041277 mRNA upstream 108379 13458735 ~ 13544244 (-) False XLOC_020989
TCONS_00041278 mRNA upstream 112628 13462984 ~ 13466246 (-) True XLOC_020989
TCONS_00041279 mRNA upstream 288230 13638586 ~ 13649588 (-) False XLOC_020991
TCONS_00041287 mRNA upstream 495774 13846130 ~ 13857729 (-) False XLOC_020994
TCONS_00041288 mRNA upstream 496780 13847136 ~ 13851297 (-) True XLOC_020994
TCONS_00041270 other downstream 164371 13101736 ~ 13112322 (-) True XLOC_020984
TCONS_00041266 other downstream 342104 12933485 ~ 12934589 (-) False XLOC_020979
TCONS_00041252 other downstream 650588 12617149 ~ 12626105 (-) False XLOC_020970
TCONS_00041253 other downstream 650614 12624266 ~ 12626079 (-) False XLOC_020970
TCONS_00041251 other downstream 665392 12607333 ~ 12611301 (-) False XLOC_020970
TCONS_00041280 other upstream 361078 13711434 ~ 13716397 (-) False XLOC_020993
TCONS_00041282 other upstream 361078 13711434 ~ 13716585 (-) False XLOC_020993
TCONS_00041281 other upstream 361078 13711434 ~ 13716585 (-) False XLOC_020993
TCONS_00041283 other upstream 362236 13712592 ~ 13716020 (-) False XLOC_020993
TCONS_00041284 other upstream 365020 13715376 ~ 13716067 (-) False XLOC_020993

Expression Profile

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