RNA id: TCONS_00005892


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00005892
length 6391
lncRNA type sense_over
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_002121
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 23099365 ~ 23215879 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

catgtacataagtattcacagcctttgctcagtattttgttgatgcacctttggcagcaattacagcctcaagtctttttgaatatgatgccacaagcttgtcatgcctgtctttgggaatttttgcttcattcctctttgcagtacctctcacgctctttcaggttggatgggaagtgatggtgtacagccattttcagatcactccagagatgtttaataggatttgagtctgggctctggctgtgcTCATAGGAACTttaagagcagcagaaatttttctgtaaccttccccagccttgtgcctcaagacaattcTGTCTCgtggtctacagacaattcctttgtcttcatgcttggtttgtgctttgacatgcactatcaaccctgggatgccttttcaaatcatgtccaattaactgaatttaccacaggtgaactctaattaagttgctgaaacatctcaagaatgatcagtggaaacagaatgtacctgagctcaatttagagcttcacggcgaAGGCTGGGAACATTTGCGTACATgggatttttcaagttttttatttgtaataaatttgcaacaacttcaaaaaaaatctcttttttacaTGTGTTTTTCATACACAAGTATTTTTGACTAAATGAAAAGAATGACAGTGAATGCATATCACTAGGGTAATAAATGGTGCATTTTAAATGCTTCCTAAATACGCTGTCTGTTTTCTGCCTTTTTGATAtaatcccagcaaacaattttgtgtttaatagacgtctaattgacatctaaacatagacagctctGCTAAAACAAGGCTTAATTTGGGCTTCAGTGAAAATAgaatctaaatctaaaatctgaatctaaaaatagcccaaaactagactagtcgtcaaatagataaattagacagactttacatgTGTAGTCATTCCTTTGTGTTTatctgatgactagtctagttctgGCCTATTCGTAGACGTCTtagattagattttcactgacagccaaaATTTAGCCATGTTTTAGCCTAAATGATATGttcagacgtctattagacatctattagacatcttttaaaaacaaaaaaacgcttgGTGGAATCTGTCTGCTATTTGGTACAGTCTGTATGTTATAATCTATTAGGAGGAGAAACAAGCCAGCAGGTGTTTTATGTGGACATATCccagcaaacatttaaaaaaaaaaaagaggtctaatagatgtctaacagACGTCTAAACTTAGTTGTCTTGACTTTAACAAGGCTAAACTGTGCTGaaattgggctgtcagtgaaaatctaatagatgtctaagaataggccagaactagactagtcataaaacaaacattaatgaatgactacacaaagTCTGCTAATCTgcttatttgatgactagtctagtttgggGCTGTCCTTAGATGTCTATTGGATTTTCACTAACAGCCcaggtttagccttgttttagccaagctgtcttcTTTTCTATGTCTATTAgacatttattaaacacaaaattgtttgctgggtatgGATCCTATTTTCAGAATATAATGTTCAGTCGGTATCCAAAACGGTGACGAAACAGTTGAACAACAATTGTtgtcataaaatgtttttaacaaaCCAAATAAGGGATTTGTTCCAAAACCTACCACGCTGTCTTAATAGATAGCGTCCTAACTGTTACATAACCTCTGTGTGATCCTTTGGAACAGTTTCTGTCACTAATGCACGAATGAAATACTGTTGCTGACCAAAATTTTgcattgtacactgtaaaaacaaatcctGGTGGCCTTAAatatttaagctgaatcaaattaacctcatgagtccattgaacttatattgttaaactgacttaatacagcttgcataacttataaaattaagttggaACATGATTATCTTAGTTTAGTAAGTTACAATGATCTATAAACATATGCTGTcgggactaattgatcatataatgcTTTAGCAGTGTACAAACTGGGGTTAAATTGTTCCGAATTCAATAAGTTCAAAGCACATTAGTAATACAGACTTgagattttattaatgttttttaaagtgtaaGCTAAATGCGACTAAATAGGTTGATGAATATTAAACTGTAGCACACTGAATAGGTAAACTCGTCTACTCACTAGTCACTAGTGTTCAGTTTAGATTGAAGAAACAGGGTCAGAAATAAAGACTACTTTTGTACAACAGAATGTACAATCACAGATTTTCttcagcattttcatttttataataaacaaCTTGAGAAATAAGATACAAAGCTTTCCAGCAAACAATTATgggtttaatagacgtctaatagacattaaaatgtagacagcttggctaaaacaaggctaaatttgcgctgtcagtaaaaatataatagacataaaaaaatagaccaaaactagactagtcgtcaaataggcAGATTAGACAGACGTTATATGTGTAgtctttcatttctgtttatttgatgactagtctagttttggcctattcttagacatctattagattttcactgacggCCCAAattaagccttgttttagccaagatgactatgtttagacgatTATTAGTCATTTCATATCAGACATTTGCTTGCTGGGTTCAAACTTATATTAACCTAATTGTAAGATGTTAATTTGTAAAACGCAACACTGTCTGACTGAATAAATCCTAAGATTTGTCATTTTAACTATGAACCCTTCATAAAATACTCTGCAATCACTTTTTGGTggtgcattaaaataaagtgaataggGTGATGATACAACATGCGGCATTTAAAAGGCGAGTTTGAAGGAAATAAAACAAGCAGGCATTTTTGTGACAAGAACCCATACGAAACAGCATGAAGCTCCCACTACAAACACAAAGGCAATTATGGTGATTAAAGAAGCTGATTTATTTGTTCTTTGAAACGTCGAGTACGGGTCAAAATCTGAGCAAGCGGATGTAGTTTCCTCATAATAGCATGTGATTTACTGACCGTGAAGGCAGCATGAGGTCAGTGTCACAATAAGACAGACAAATACCAAAAAACTTAGCAGTGATTATGCCTGACAGACGGCATCGAGCCAATCCACAGAAAGAGGGAAAGTAGCAGGGATAGAGAATAGAAATTAACAGTAATCGTGGCTTGATGTCAGCACGTTTCATTTCGTAAGgctaaaactgattttttttttttttttgtgcactgaTAAACGGTTTGGCCTTAAGAAGTAAGAAGTGACTAGCTATTAAATATTTCACACATATTAAGGATACATGTGACGAGACAATTAGACTTGAGTAGCATATTGTTTATGTAAATGATATGCTATGTTATTTTGGTGACTGAAATGAAACAATCTGTTTGAGATATAGCAATACAAATTTAAAGCTTgaccatttattgttttttttaagcatgtgtgATGTATTTCTTATATGAGAACAGAGCCAGATTGTGGAAGCAATGCTGGTAGCAAATTATGAACAGTAATAGTCATCATTTACAGGAAACAAACAGCAGGTAAAAGTGTTTTAGGGCATGTTTATCTGACTGTGTGGTTTTGGAAAGTTTTTAGCACAGATGATGATGTGGTTAAAATTAGGGATGCCCAGATCCAATCATGTCATCAGAAATCGGGCCCGATCACGTAGTTTCAGACTCGATTGGAATCGGACGTTACCTTTCgatcatatatatgtatatatactcttatatatatgtatatgtggcacagagttagacctctttcttgacttcacacagaaacagcaatgcatttggcatgacatcactttgttgcagagacgctataatgctggcaaagtagaacacagaaACAGCTTGAAGCAAAAATTGTGAATATGTCTGCAGTCTGAAGGTATTATAAAAGTTGTTGATGAGATATTTAAActtgagatatgtaaacttgggattgcctgccaggtattttaagttgaggtgctatttgtaaAGAATTTATGTTacttattacttgattgttcaagctacctcacagaagtgctctgtttgttaacagagttgttgaatgttaaaataaattaaataaaaaataaggaacatcctggatctgtttcgtCACAGTATCAGTAGACACTCAAAATCAAATTATTAAGACTtggactcaagggcaaaaaaaccCGATTGGGACATCCCTATAGTTAAAATGATAGTAATAtgtatgccaggccagtaggtggCAATGTCACTTTGTGAAGAAACATTACACTGATGCACAAAGATGGTCCTGAAGTCCACAATTGTTATTTTGGTTCGTAAGTACATATTTATAGACTACATATAACACACGTGCGCATGGTGTCGCCTTTTTaccacaaaaaagttttttttttttttgtaatttttgtagTATAGACCATtctgagggatgtaaacaataacaatggtcctgtCGTATTTTccgttttacattttaaatttccatagcttctgaaGCCgtttttccactgcacacgacaagcgacagattGGAAGTAATTTATTTCCAATGGACAGTAGTGCAAGAGTTGCGTCGAGTTCCAATCATCTTCATATACAAAAAAATTTGGatccgatttgagctgcggataTGTTGAAGTATATTTGAACTTCTGCGACAAGACCGTCTGCTCGAGATaagaaataaattttattttcgTTAATTCTTTAAtcaaaaaaaaagtctatattaaaaaaaaatttatattcataaatgagtaataaaaaatataatttttttatattgtctcTACATTCCCTTCAAATGTTTTAGCAGTCTGTGAGTCTCTTGCATTGTATTCTTTCAGCCATGGTGAATGCACGAAGAGTAAAGGCCCTTGCTCTTGCAtgcctttatttcggacaccgcgAGAACAGTTTCTCTCCCATGATgcacgacaaaactgaaaattcggtgtgactgccacaagggggcgtaatCCAACAGTCATTTACAAATGcagtgtg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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03009 Ribosome biogenesis
ko04121 Ubiquitin system

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00004113 lncRNA upstream 102006 23034329 ~ 23039290 (+) True XLOC_002119
TCONS_00005891 lncRNA upstream 175870 22960289 ~ 22965426 (+) True XLOC_002117
TCONS_00004111 lncRNA upstream 184926 22938231 ~ 22956370 (+) False XLOC_002116
TCONS_00005890 lncRNA upstream 185459 22942413 ~ 22955837 (+) True XLOC_002116
TCONS_00005888 lncRNA upstream 302815 22834311 ~ 22838481 (+) False XLOC_002110
TCONS_00005708 lncRNA downstream 326738 23542617 ~ 23544066 (+) True XLOC_002128
TCONS_00005893 lncRNA downstream 372796 23588675 ~ 23591058 (+) True XLOC_002131
TCONS_00005894 lncRNA downstream 767428 23983307 ~ 23992917 (+) False XLOC_002132
TCONS_00005709 lncRNA downstream 774754 23990633 ~ 23992917 (+) False XLOC_002132
TCONS_00005710 lncRNA downstream 880360 24096239 ~ 24096470 (+) True XLOC_002134
TCONS_00004116 mRNA upstream 2436 23099890 ~ 23138860 (+) False XLOC_002121
TCONS_00004114 mRNA upstream 71973 23060391 ~ 23069323 (+) True XLOC_002120
TCONS_00004112 mRNA upstream 114767 23022263 ~ 23026529 (+) True XLOC_002118
TCONS_00004110 mRNA upstream 215257 22918384 ~ 22926039 (+) True XLOC_002115
TCONS_00004109 mRNA upstream 221692 22918338 ~ 22919604 (+) False XLOC_002115
TCONS_00004118 mRNA downstream 225609 23441488 ~ 23443074 (+) True XLOC_002123
TCONS_00004119 mRNA downstream 286147 23502026 ~ 23505767 (+) True XLOC_002124
TCONS_00004120 mRNA downstream 295937 23511816 ~ 23519898 (+) True XLOC_002125
TCONS_00004121 mRNA downstream 305073 23520952 ~ 23523315 (+) True XLOC_002126
TCONS_00004122 mRNA downstream 321697 23537576 ~ 23541888 (+) True XLOC_002127
TCONS_00004107 other upstream 234376 22891183 ~ 22906920 (+) True XLOC_002113
TCONS_00004103 other upstream 293892 22847272 ~ 22847404 (+) True XLOC_002111
TCONS_00004086 other upstream 1105049 22035161 ~ 22036247 (+) False XLOC_002097
TCONS_00004078 other upstream 1160631 21980547 ~ 21980665 (+) True XLOC_002095
TCONS_00004071 other upstream 1328718 21804772 ~ 21812578 (+) False XLOC_002083
TCONS_00004117 other downstream 201954 23417833 ~ 23417947 (+) True XLOC_002122
TCONS_00004125 other downstream 776502 23992381 ~ 23992699 (+) True XLOC_002132
TCONS_00004130 other downstream 1137871 24353750 ~ 24353866 (+) True XLOC_002137
TCONS_00004134 other downstream 1206352 24422231 ~ 24442358 (+) False XLOC_002140
TCONS_00004135 other downstream 1211050 24426929 ~ 24435439 (+) False XLOC_002140

Expression Profile

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