RNA id: TU1322558


Basic Information

Item Value
RNA id TU1322558
length 5467
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 4
gene id G1159715
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 28458999 ~ 28468307 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tattatgacagaccagctagatctattgtagctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactgtccatattaaattatgacagaccagctaaatctactgtctctactatattatgacagaccagatatatctactgtacgTTCGatagtattacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagacgatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactggctctcctatattaagacagaccagctaggtctactgtctctattatattagaacagaccagctagatcaaacttctatactatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactggctctactctattatgacagaccagctagttctactgtctctattatattagaacagaccagctagacctactggctctactatgttaagacagaccagctaggtctactgtctctattatattagaacagaccagctagatcaaacttctctactatattatgaaagaccagctagatctaccttctctactatattatgaaagaccagctataCCTACTTTCCcttttaaattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagagcagctagatctactgtctctattatattactacAGCCCAGAAACATTGACtctctttattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtagctattatattatgagagaccacttagatctactgtatctattatattatgacagaccagctagatctattgtagctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacataccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttctctactatattatgacagatcagctagacctactgtccctaataaattatgagagaccagctatatctactgtctttactatattatgacagaccagctagatctacggtctctattatatcatgacagaccagctagatctactgtagctattatattttgacagtccagctagatctactggctctactatattatgacagaccagctagacctaccttctctactatattatgaaagaccagctagacctactttcacttttaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctatacctactgtatctattatattatgacagacaagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagatctactggctctactatattatgacagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctaatgtctctagtatattatgtcagaccagctagatctactggctctactatattatgacagaccagctagagctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctaatgtctctagtatattatgacagacaagctagatctactggctctactatatcatgacataccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactggctctactatgttaagacagaccagctaggtctactgtctctattatattagaacagaccagctagatcaaacttctctactatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgaaagaccagctataCCTACTTTCCcttttaaattatgacagaccagctagatctactgtatctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattactacAGCCCAGAAACATTGACTCTCTTTATTATATtactacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagacagctagatctaccttctctacaatattatgaaagaccagctagacctactttcccttttaaattatgacagaccagctagatctactgtctctagtatattatgacagaccagttagatctattgtatctattatattatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacataccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacataccagctagatctactgtctctattatattatgacagaacagctagacctactggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctatacctactgtccatattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtatctattatattatgacagagaagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagatctactggctctactatattatgacagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctagtatattatgacagaccagctagatctactggctctactatattatgacagaccagctagacctactttccctattaaatgatgagagaccagctagatctactgtctctagtatattatgacagacaagctagatctactgtatctattatattatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacataccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactggctctactatattaagacagaccagctaggtctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctactgtctctagtatattatgacagaccagctagatctactggctctactatattatgacagaccagctagacctactttccctattaaattatgagagacgagctagaactactgtctctagtatattatgacagacaagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactggctctactatgttaagacagaccagctaggtctacagtctctattatattagaacagactagctagatctattgtatctattatattatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacataccagctacatctactgtctctattatattatgaaagaccagctagacctactggctctactatattatgacattccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccaactagacctactggctctactatattatgacataccagctagatctacagtctctattatattatgacagaccagctagacctactgtccatattaaattatgacagaccagctagatctactgtccctactatattatgacagaccagatatatctactgtaagtTTGATAGTatacagaccagctagttctactgtctctattatattatgacagacgatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctccactatataatgacagaccagctagacctactggctctcctatattaagacagaccagctaggtctactgtctctattatattagaacagaccagctatatctaccttctctattaaattatgacagaccagctagatcgactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatgtaccttctctaatatattatgaaagATCAGCTAGACCTGCTTTCCcttttaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtatctattatattatgacagacaagctagatctactgtctctactatataatgaaagaccagctagatctactggctctactacattatgacagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctagtatattatgacagtccagctagatctactggctctactatattatgacagaccagctagacctattttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctagtatattatgacagacaagctagatctactgtatctattatattatgacagaccagctagacctactggctctattatattatgacataccagctagatctactgcctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagatctactggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagatagatctactgtacgTTCAATAGGtttacagaccagccagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactggctgtactatattatgaaagacccgccaaatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtatctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagatcagctagacatactgtccctattaaagtatgacagaccagctatatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacagacgagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttctctactatgttatgaaagaccagctagacctactttcACTATTaaatta

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1322561 lncRNA upstream 5943 28446555 ~ 28453056 (+) True G1159717
TU1322562 lncRNA upstream 12534 28438577 ~ 28446465 (+) True G1159718
TU1322563 lncRNA upstream 20937 28412541 ~ 28438062 (+) True G1159719
TU1322559 lncRNA upstream 26922 28411566 ~ 28432077 (+) False G1159716
TU1322560 lncRNA upstream 36498 28415788 ~ 28422501 (+) True G1159716
TU1322586 lncRNA downstream 10717 28479024 ~ 28494896 (+) True G1159741
TU1322589 lncRNA downstream 15539 28483846 ~ 28485979 (+) True G1159742
TU1322630 lncRNA downstream 76239 28544546 ~ 28550485 (+) True G1159779
TU1322632 lncRNA downstream 83535 28551842 ~ 28552803 (+) True G1159781
TU1322675 lncRNA downstream 161992 28630299 ~ 28632208 (+) True G1159821
XM_021593186.2 mRNA upstream 110463 28338501 ~ 28348536 (+) False LOC110513252
XR_005035513.1 mRNA upstream 121674 28336680 ~ 28337325 (+) True LOC118938258
XM_021559289.2 mRNA upstream 257405 28180784 ~ 28201594 (+) True LOC110487363
LOC110487371 mRNA upstream 381397 28074969 ~ 28077602 (+) True LOC110487371
XR_005035510.1 mRNA upstream 394331 28061766 ~ 28064668 (+) True LOC118938252
LOC110487355 mRNA downstream 4026 28472333 ~ 28500669 (+) False LOC110487355
XM_021559308.2 mRNA downstream 127658 28595965 ~ 28603570 (+) True LOC110487378
XM_036940702.1 mRNA downstream 136282 28604589 ~ 28608693 (+) True LOC118938254
XM_036940706.1 mRNA downstream 239388 28707695 ~ 28713789 (+) False LOC110487366
XM_036940703.1 mRNA downstream 248511 28716818 ~ 28721736 (+) True LOC118938259
TU1322524 other upstream 201025 28252530 ~ 28257974 (+) True G1159684
TU1322442 other upstream 333361 28119665 ~ 28125638 (+) True G1159631
TU1321052 other upstream 593292 27863508 ~ 27865707 (+) True LOC118938246
TU1322233 other upstream 672834 27780222 ~ 27786165 (+) False G1159435
TU1322370 other downstream 4369 28472676 ~ 28499206 (+) True LOC110487355
TU1322806 other downstream 350427 28818734 ~ 28819448 (+) True G1159924
TU1325076 other downstream 830451 29298758 ~ 29299656 (+) True G1161908
TU1325047 other downstream 895745 29364052 ~ 29370947 (+) True si:ch211-126j24.1
TU1325585 other downstream 1026055 29494362 ~ 29494902 (+) True G1162364

Expression Profile