RNA id: TCONS_00044784


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044784
length 7750
lncRNA type antisense_over
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_021497
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 9938245 ~ 9952826 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CACAGGTAAAAGAACAACTGATGGTAGAAAGAATTTACAATAGCTTCAAATAGCCAGCGCGACCTGTGCAAGACTTAACAAAATAATCTACACTGTATCACAGCCACACGTACGTACAAAACACAGAGCACAACAGTGAACTACAGCAAAAAATAAGACCAGTATATCTGTATGAATGAACGCTTAAGAGATCTGAACACACTCTGACTACGAAATGGCAGgggaaattatttttaatttagaggGTGGATCATAATTACCAAATTTGGTCTGTACACCagtcaaacacaaaataaataaataaatacatttaaaaatcaataaaaacgtAAAACAAAGCGAGCGATGCACAGATATTACAGAAGCTGAATTTAGTCCACGTTAAAATGTGCATTCAGTGTTCAGCTcagagttaaaaataaaaaaaaagtgcaagtcATGACCTGATTGCCAAAACAAGCCAAGCATTAAGAGTGTGACACTAGTCGCAGAAAAGCAAAAATTGCTCATAATCgcacaaataataacaaaaatgtcTACTTTAGCCAAGTGTGCAGAGATGTACCGCAGATATACGTATTCGGGAACGTAAACTCAAAAAAAACCCCATCAAAAAGCACACACTTTAACATGGAAAATCAATGATTATGAACAAATATACAACTGAGCCTTGTGAACGTTACATGAACACCTACTCACCTAAATCAAGTGTGTTAATCGGGTTAACCTGCCATTTACAAAACCATAATCgacaataaaacacacacacgcttgcGACAACGTATGTGCCAACTTAAAATCTCTGAATTAACAGTGAGTTATCCATGCATATTAATGTTTATAATACTGTAGTCATGTGAAAACAGGTCCCTTAAACCAGTGTTTTCCATTTAGCAAATAAAACTCAAATAAGATCACAGAACTAAACGTCTATGGGAATACGGAGCAAGAAAACTCATATACTTGTCCTTTTTTAAATCCTTTTCAgctccttattttttttttaagacaaaggCTGCAATATAaagcacatcatcatcatcatcatcatcatcatcatcatcacaccaAACGCTTGAATGCGCAGTTTCATAAAGAATCCCCCAAAAAGTTAGTCGGTCCTCGTAagacttcttcttttttttacatacagAAAAGATGGCGCTCAAGCATGCTTGAAAGGTCGCAGATAGCAACCCTAGCAAATCCAACGAAGCACTTCTCCGCCAATAACAGCAGTCACTTTTTGTGTTGGCGGATGAAAACAAAGCCTCTTAGTGTTAAGCAGAGACACAGAGAGCAGCAATAATGAGTGTGTGACGTCCTCTTCAATCTGGCAATGCCGTCTTTATTTTATccctctcaaatgttctctgttCTCCTTGGCGCTCTGGAGAGTTCAACAAGTACGAGGTCTCTGTGCTTTCACTGGTTTTGTCTGTTTGGAGTGTCTATGTGAGGTTACAGGTCAGAGATCAGTGACTTTATTCTCCACAGCGGCGGCGATCTGTTGGAGTCTGTAGCCCAGCTGCATCTTCTGAGCAGTGGAGTCCTCTTCTAAAGCGGTGATGATCTgaccacacaaacaaacaatcttATGGGTCTTAGGGGATGGAAATGGcacaattaataacagaattttcacttttgggtgaactaacccttttaatTAACTACTAAATTAGACTTTTGCCTCCGATAAACATCTAATTTTCTGCTctattaattattagttattaatgtgCTGTTAAATTTAGGTATGAGATAGGAAAATACTAATAAACATTCAATTATCAATAATGTTCTAGTAATAAGCAAGTTATTAATAATGAGAGTTGGCCCTTAAACTGAAGTGTTAAGGCTTTCCTAACCTGTTTGTTTTCCATATGTGGATTGTCTCCGGGTCTGTAATGTTGTGCTGTGCCGCCTGATCATCCAACAGATCGAAGAAATACTTGACAGCTAGTGGAACCGGCCGACTGGTGCTCAGAATCACAGTGAACAGATCATCCACAAACTTCTGCAGTGTACCCTAAAACACACATAACAACAAGGTTACTTTCTGAAACTAAAGGTGAGATTTAAAACTCAGAAATTAAGTTTCATTAACAAAAAGGCTTAAATGAAACTAAGAacttttattgaaaaattaactgaaataaaaaaatactttgacaaaaagtatttgtaatattaataaacacacatgCGTTTCTTGTACATTGGGTGGAAAAACCAAAAACATCAATCAAATGTATGTTCATGTCGAAAAAACGTTaactacacatatacacatatgggGGCAAAAAGTATCGaacatttatttagatttgcAAACTTATAAttactaaaactgaaactaaatatgtATAAAACTTAATTCAAAATgtgattacaaaataaaaactaaactaattttACAAAACCAGCAATTAAACTAAAACCAAACTAAAATGTATagcatatttcttaaataataCTGAAATTATTTTACTATCTTAAAACCTAATAACTTTGCAGTACAGCGAAGCagaattttctatttaattaatttttttaaaaatacctttttaaacagaataattttactattttctaataactaatttattttatttttatcgtgatgacagttcataatattttaatagatatttttaggacactagtatacagcttaaagtgcaattttaagGCTAATATAGgttaataggttaattaggcaggttagggtaattaggcaagttattttataatgatggtttattttgtagacaatcgaaaaaaatactgcttaagggggTAATAATACTGACTAAAGCTGTGTGATTAATCAAAATCGATTCACAATCACGGTTTTAAATATTGCTATTAGCTAATTGCAAGAGGCtgtgatataaaaaaatattattatacttcCCAGAcattcccagtgatggattgcggctggaagggcatccgctgcgtaaaacatatgctggataagttggtggttaattccgctgtggcgaccccagattaataaaaggactaagccgaaaagaaaatgaatgaatgaatgaatgaacatcccACActcagagcaaatgcatgacctccgtcttactagccaattgagttaGCAAACTTTCTTCAACCCAATCAGAGTTGCGCAACCAAACTATGCggaacgcccacaataaaaaacaaacaggaaagcacgGACAAGTGGGATCTGGCGTCTACCACTTCAGAAGCATTATTAGActaattaatattaaagaaaaacagcacGTCGGTAATACCTAAAAGCACCTAAAAAAGTACCACAGACAGTCATACGAGGagcgtcttgctaaaaagtctAATAAAAGTAGTGCCAGTTGACACATCGTTGTTGATCTATGtcttcatcctcttcattttaTTGGTCTTTTAGCCTTTTGGTCTTAGTCTTCATCTTTGTCTTTGTCTTCTTGTTCTTAGTTGTTGTCTTCTTTGTCTTCATCTTCTTGGTCATCTTGCTCTTGGTTTTCGTCTTCATGGTTGTCGTCTTGGTCTTCTTCGCagtctttgtcttgtttttcttgTTCGTTTGTGAGAATCGGGaatagaacccaggtctctggcATAAGAGGTGAGTCACGAAACCATTGAGCTACTCAGAGCTAAAGAACCCAATCAACGAAAGGCAGCTGGCTTCTTTGGGGATAttcatcaacaacaaaaaaaaataaaaatcttcagtAAGAAACTAAGTTATGTAAGGCAAAACCGGAGTCTTCCAATaaacaacagcaaagtacaatttcagagatgTTTGCTAATATAAGGTAATGTCTTTTAAGTTCCCTTttaaactaacactcactgcattttagcagtaagaagctacaatacagattattgagctgaagcttgactacaaaattaaaacgAAAATCCAATCAAAATcgcaatatgtaaaaaaaaaaataaaaatgcaaaaataaataaataaataaataaataaaaatcacaatttgaTCTTTTCCTAAgatcgcacagccctaatactgaccctaaaatggtttatttatagaaaaatgcttttattttagccaaaatgaaacaaatatgaaaaaatattattgggaatactgcgaaaaattccttgctctgtaaaacataattaaagAAAATCcgcaggaggactaataattttaacttcaactgtatacaagtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatgtacctTGACAGACAGCAGGCGTGTGAGGTAGATCTCTGGGATGGCCTTGGCTCTCTCACGCTCTTTGTCTCTCAAACTGCCCCGTCTGTGTTTGGGAAGCTCTGCCTCTTCATTGGCTTTCACCAGGTGCCACTGCTTCACTCCTCCTTCATCTCCATCTTCCAACATCGGCGTCTCTGAGAGAGAAATAAACTAGATGGTTAGATGGTCTGAAACGTTTTGTTTTAGatacaataatgttttttcaaaaaAGTTTGGTTCCTTAGTTATACATGAACATTGGAAACAAGTCCACTAAAGTGATTCAGTTGAGATGAAACAACAGACCAACAAATCGCACTGTATCGTGGTGTGCTAAATAAAGCAACTGAGTCTGATTCTGTGATTGAGCAGATTAATTAATAGTTTGCAAAACAGTCAGCATATGCAAAATCCTACGTCTAAATGTCATGTGGAATGTTGTGATGTTCTTCAGAAGTTGTCCACAATGAAACTCTCATTGGTACTAAATCATAACTCACTCTCTCCTGGTATGTAGTCATGGCTGTCATGGTGGATCTGCTTGGATTGTCGTGACACCAGTGTTACTGTCGCTCCGTCTGGAACCTGCAGagggacaaaaacaaaataatacatcAACAATCACTCAcctaattaaataaagtaattatttacaCAAAATGAAGTCATTAGACTGAAGAGCATCTTCAGAGACCTTATAGTGCTGTAAAGTGTTGAGGCGTTTCCAGG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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044658 lncRNA upstream 72336 9865701 ~ 9865938 (+) True XLOC_021495
TCONS_00044782 lncRNA upstream 534657 9396668 ~ 9403617 (+) True XLOC_021490
TCONS_00044657 lncRNA upstream 1126620 8809359 ~ 8811654 (+) True XLOC_021479
TCONS_00044781 lncRNA upstream 1126697 8787995 ~ 8811577 (+) False XLOC_021479
TCONS_00042690 lncRNA upstream 1238281 8687571 ~ 8699993 (+) True XLOC_021478
TCONS_00042721 lncRNA downstream 193788 10146614 ~ 10156528 (+) True XLOC_021498
TCONS_00042733 lncRNA downstream 861204 10814030 ~ 10814497 (+) True XLOC_021504
TCONS_00044786 lncRNA downstream 1271298 11224124 ~ 11224605 (+) True XLOC_021505
TCONS_00042736 lncRNA downstream 1394610 11347436 ~ 11374684 (+) False XLOC_021506
TCONS_00042740 lncRNA downstream 1895922 11848748 ~ 11851894 (+) True XLOC_021507
TCONS_00042718 mRNA upstream 48944 9867483 ~ 9889330 (+) True XLOC_021496
TCONS_00042712 mRNA upstream 370968 9560991 ~ 9567306 (+) False XLOC_021492
TCONS_00042719 mRNA downstream 193716 10146542 ~ 10165033 (+) False XLOC_021498
TCONS_00042722 mRNA downstream 395025 10347851 ~ 10351754 (+) False XLOC_021499
TCONS_00042725 mRNA downstream 400095 10352921 ~ 10355552 (+) True XLOC_021500
TCONS_00042726 mRNA downstream 444016 10396842 ~ 10453077 (+) False XLOC_021501
TCONS_00042727 mRNA downstream 444063 10396889 ~ 10449449 (+) False XLOC_021501
TCONS_00042717 other upstream 210842 9727410 ~ 9727432 (+) True XLOC_021494
TCONS_00042716 other upstream 319939 9618213 ~ 9618335 (+) True XLOC_021493
TCONS_00042706 other upstream 629713 9307574 ~ 9308561 (+) True XLOC_021488
TCONS_00042675 other upstream 3112472 6825688 ~ 6825802 (+) True XLOC_021466
TCONS_00042666 other upstream 3634000 6277175 ~ 6304274 (+) True XLOC_021459
TCONS_00042720 other downstream 193726 10146552 ~ 10158901 (+) False XLOC_021498
TCONS_00042723 other downstream 395051 10347877 ~ 10350429 (+) False XLOC_021499
TCONS_00042724 other downstream 398065 10350891 ~ 10351573 (+) True XLOC_021499
TCONS_00042731 other downstream 648498 10601324 ~ 10606546 (+) True XLOC_021503
TCONS_00042741 other downstream 1982758 11935584 ~ 11935700 (+) True XLOC_021508

Expression Profile

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