RNA id: TCONS_00042853


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00042853
length 73
RNA type snoRNA
GC content 0.37
exon number 1
gene id XLOC_021588
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 17873526 ~ 17873598 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTCTTGATGATGATTTGACAATTTGACTTTCGTTCTTCTGAGTCTGATGAAGCCAAATTTTGTCCTGAAAGAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000117743

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00042847 lncRNA upstream 30766 17839340 ~ 17842760 (+) True XLOC_021586
TCONS_00042842 lncRNA upstream 90482 17782508 ~ 17783044 (+) True XLOC_021583
TCONS_00044808 lncRNA upstream 97181 17770424 ~ 17776345 (+) True XLOC_021582
TCONS_00042841 lncRNA upstream 214424 17656836 ~ 17659102 (+) True XLOC_021581
TCONS_00044807 lncRNA upstream 322873 17547112 ~ 17550653 (+) True XLOC_021580
TCONS_00042860 lncRNA downstream 56511 17930109 ~ 17932506 (+) True XLOC_021591
TCONS_00042866 lncRNA downstream 256262 18129860 ~ 18132323 (+) True XLOC_021595
TCONS_00044669 lncRNA downstream 260868 18134466 ~ 18135497 (+) False XLOC_021597
TCONS_00044809 lncRNA downstream 260964 18134562 ~ 18136294 (+) False XLOC_021597
TCONS_00044810 lncRNA downstream 261161 18134759 ~ 18136294 (+) False XLOC_021597
TCONS_00042851 mRNA upstream 171 17866080 ~ 17873355 (+) False XLOC_021587
TCONS_00042846 mRNA upstream 24619 17839187 ~ 17848907 (+) False XLOC_021586
TCONS_00042844 mRNA upstream 58273 17800717 ~ 17815253 (+) False XLOC_021585
TCONS_00042845 mRNA upstream 58748 17800839 ~ 17814778 (+) True XLOC_021585
TCONS_00042839 mRNA upstream 324381 17522867 ~ 17549145 (+) False XLOC_021580
TCONS_00042855 mRNA downstream 5371 17878969 ~ 17881327 (+) False XLOC_021589
TCONS_00042856 mRNA downstream 5408 17879006 ~ 17881328 (+) False XLOC_021589
TCONS_00042857 mRNA downstream 5446 17879044 ~ 17881327 (+) True XLOC_021589
TCONS_00042858 mRNA downstream 25628 17899226 ~ 17907404 (+) True XLOC_021590
TCONS_00042859 mRNA downstream 52681 17926279 ~ 17933143 (+) False XLOC_021591
TCONS_00042843 other upstream 89985 17783413 ~ 17783541 (+) True XLOC_021584
TCONS_00042836 other upstream 372098 17501314 ~ 17501428 (+) True XLOC_021579
TCONS_00042829 other upstream 661720 17187884 ~ 17211806 (+) True XLOC_021571
TCONS_00042828 other upstream 662252 17146561 ~ 17211274 (+) False XLOC_021571
TCONS_00042827 other upstream 726535 17146315 ~ 17146991 (+) False XLOC_021571
TCONS_00042854 other downstream 474 17874072 ~ 17874147 (+) True XLOC_021587
TCONS_00042869 other downstream 415476 18289074 ~ 18289201 (+) True XLOC_021598
TCONS_00042875 other downstream 814759 18688357 ~ 18691482 (+) False XLOC_021600
TCONS_00042879 other downstream 857724 18731322 ~ 18731399 (+) True XLOC_021602
TCONS_00042887 other downstream 1304293 19177891 ~ 19182388 (+) False XLOC_021608