RNA id: TCONS_00042868


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00042868
length 272
RNA type mRNA
GC content 0.51
exon number 2
gene id XLOC_021596
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 18134313 ~ 18145233 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTGAAGCCGGGCACCTGTGAGGTAGTGGAGGCTCATCGCTGTTGCAATAAGAATAAGATAGAAGAGAGGTCTCAGACGGTCAAGTGCTCCTGTCTGCCTGGACAGGTTGCTGGGACCACCCGCACAAAGCCTTCATGTGTCGATGCATCTATGGTGCGGATGAAGTGGTGGTGTCATATGAAGCCATGTTTGGATGATGAAGACTGTAAAGTATTGCCTGACCTCACCGGCTGGTCCTGCAGCTCTGGGAACAAAATCAAAACTACCAAGGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000114983

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044809 lncRNA upstream 2295 18134562 ~ 18136294 (+) False XLOC_021597
TCONS_00044810 lncRNA upstream 2295 18134759 ~ 18136294 (+) False XLOC_021597
TCONS_00044670 lncRNA upstream 2421 18135571 ~ 18136168 (+) True XLOC_021597
TCONS_00044669 lncRNA upstream 3092 18134466 ~ 18135497 (+) False XLOC_021597
TCONS_00042866 lncRNA upstream 6266 18129860 ~ 18132323 (+) True XLOC_021595
TCONS_00042874 lncRNA downstream 543161 18688354 ~ 18691482 (+) False XLOC_021600
TCONS_00042876 lncRNA downstream 543532 18688725 ~ 18691482 (+) True XLOC_021600
TCONS_00044811 lncRNA downstream 779277 18924470 ~ 18929002 (+) True XLOC_021604
TCONS_00042882 lncRNA downstream 906292 19051485 ~ 19066987 (+) True XLOC_021606
TCONS_00042883 lncRNA downstream 960353 19105546 ~ 19119441 (+) False XLOC_021607
TCONS_00042865 mRNA upstream 23699 18103080 ~ 18114890 (+) True XLOC_021594
TCONS_00042863 mRNA upstream 144926 17981127 ~ 17993663 (+) False XLOC_021593
TCONS_00042862 mRNA upstream 145140 17980875 ~ 17993449 (+) False XLOC_021593
TCONS_00042864 mRNA upstream 152390 17981250 ~ 17986199 (+) True XLOC_021593
TCONS_00042861 mRNA upstream 190464 17939611 ~ 17948125 (+) True XLOC_021592
TCONS_00042871 mRNA downstream 381835 18527028 ~ 18543358 (+) False XLOC_021599
TCONS_00042870 mRNA downstream 381835 18527028 ~ 18543358 (+) False XLOC_021599
TCONS_00042872 mRNA downstream 382015 18527208 ~ 18543358 (+) False XLOC_021599
TCONS_00042873 mRNA downstream 382042 18527235 ~ 18543359 (+) True XLOC_021599
TCONS_00042877 mRNA downstream 577522 18722715 ~ 18757078 (+) False XLOC_021601
TCONS_00042854 other upstream 264442 17874072 ~ 17874147 (+) True XLOC_021587
TCONS_00042853 other upstream 264991 17873526 ~ 17873598 (+) True XLOC_021588
TCONS_00042843 other upstream 355048 17783413 ~ 17783541 (+) True XLOC_021584
TCONS_00042836 other upstream 637161 17501314 ~ 17501428 (+) True XLOC_021579
TCONS_00042829 other upstream 926783 17187884 ~ 17211806 (+) True XLOC_021571
TCONS_00042869 other downstream 143881 18289074 ~ 18289201 (+) True XLOC_021598
TCONS_00042875 other downstream 543164 18688357 ~ 18691482 (+) False XLOC_021600
TCONS_00042879 other downstream 586129 18731322 ~ 18731399 (+) True XLOC_021602
TCONS_00042887 other downstream 1032698 19177891 ~ 19182388 (+) False XLOC_021608
TCONS_00042896 other downstream 1072335 19217528 ~ 19218940 (+) True XLOC_021613

Expression Profile

//