RNA id: TCONS_00044834


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044834
length 376
lncRNA type antisense_over
GC content 0.56
exon number 2
gene id XLOC_021738
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 27870739 ~ 27872705 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTCAACTGTAACGCCCCTCTCCAGAACTCTACGCAGGGCCGCAGCATTGTTCTTGGCACAGGCTTGGTACAAGGTGTTGGCAGGGCCTCCACTGGCATCTTCCCGCTCATAGTTCGGGAGCACGGAGTCATCAGAGAGCACACTCCCTGAGTCTGAATCATTCTCCGAAACTGACAGCTCAGAGGCATCCTCGTCTGGACCCGAGCCCAGATCTGGATCCTCCTGCACCGCGACTTTAACCCCAGCCATCTGGCCAGCACGAGCCAGGACTCACACGCTCAGCAGGCACTtcgtcatcatcatcttcatcctcacTGCTTCCTCTCTGAAGTCTATGACGTGGAAGAGCAGCAGATTACACCCAGAAAGAATGAAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00043124 lncRNA upstream 151576 27703754 ~ 27719163 (+) True XLOC_021734
TCONS_00044833 lncRNA upstream 354466 27508870 ~ 27516273 (+) True XLOC_021731
TCONS_00044832 lncRNA upstream 358637 27508867 ~ 27512102 (+) False XLOC_021731
TCONS_00044829 lncRNA upstream 1245606 26591551 ~ 26625133 (+) False XLOC_021722
TCONS_00044835 lncRNA downstream 267054 28139759 ~ 28160364 (+) False XLOC_021742
TCONS_00044836 lncRNA downstream 267054 28139759 ~ 28277430 (+) False XLOC_021742
TCONS_00044675 lncRNA downstream 267090 28139795 ~ 28160364 (+) False XLOC_021742
TCONS_00043139 lncRNA downstream 267121 28139826 ~ 28249645 (+) False XLOC_021742
TCONS_00043143 lncRNA downstream 450384 28323089 ~ 28325053 (+) True XLOC_021743
TCONS_00043131 mRNA upstream 76862 27789795 ~ 27793877 (+) True XLOC_021737
TCONS_00043128 mRNA upstream 77548 27778670 ~ 27793191 (+) False XLOC_021737
TCONS_00043130 mRNA upstream 86676 27782071 ~ 27784063 (+) False XLOC_021737
TCONS_00043129 mRNA upstream 90215 27779452 ~ 27780524 (+) False XLOC_021737
TCONS_00043127 mRNA upstream 101746 27756984 ~ 27768993 (+) True XLOC_021736
TCONS_00043132 mRNA downstream 39374 27912079 ~ 28007307 (+) True XLOC_021739
TCONS_00043133 mRNA downstream 205248 28077953 ~ 28090885 (+) False XLOC_021740
TCONS_00043134 mRNA downstream 205248 28077953 ~ 28091109 (+) True XLOC_021740
TCONS_00043135 mRNA downstream 219378 28092083 ~ 28136739 (+) False XLOC_021741
TCONS_00043136 mRNA downstream 252944 28125649 ~ 28136464 (+) False XLOC_021741
TCONS_00043115 other upstream 866758 26979174 ~ 27003981 (+) False XLOC_021726
TCONS_00043112 other upstream 941881 26928743 ~ 26928858 (+) True XLOC_021724
TCONS_00043098 other upstream 1875598 25995027 ~ 25995141 (+) True XLOC_021714
TCONS_00043095 other upstream 1973730 25879768 ~ 25897009 (+) False XLOC_021712
TCONS_00043091 other upstream 2008442 25861398 ~ 25862297 (+) True XLOC_021710
TCONS_00043140 other downstream 267612 28140317 ~ 28148953 (+) True XLOC_021742
TCONS_00043142 other downstream 450375 28323080 ~ 28325841 (+) False XLOC_021743
TCONS_00043158 other downstream 663656 28536361 ~ 28536457 (+) True XLOC_021747
TCONS_00043159 other downstream 663960 28536665 ~ 28536778 (+) True XLOC_021748
TCONS_00043161 other downstream 742122 28614827 ~ 28614942 (+) True XLOC_021750

Expression Profile

//