RNA id: TCONS_00044675


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044675
length 443
lncRNA type antisense_over
GC content 0.46
exon number 5
gene id XLOC_021742
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 28139759 ~ 28277430 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTCAGTTTGCATTTGTTAAAGAAGATTCCTCCGCTTGGTTCTGGGTACTCTTTCCTCCATTGACGTCCGGATTCTGACAACACAAATAACAGATAGATACATTTATGTGAGATGCAGATTGGGATGGAAATATTCTACCAGATATGATGCTTATTTCAAGAACAAACGATGTTTGGACTTCATCGCAGGATGTGTTGATCCACAGGAGACCATCACTCCTAGTGTTCAGGGCAGACCCAGCTGCCTACAACAACAAGGGCAGGTCGGAGTTCCAAATAGCTGGTTTTCCCAAAGAGCCACATCCTGGGAGTATCAATGAGAACACCATAGGGCTGTTTATTTGGAGCATGCTAGGGTGGAGGGCCCTGCTGCTGAGAGGATGACGACAGGAAGAGGATGCCTTAACGTGTTTATCAGGAAGGGAGAAAATCAAATGGGTAAGG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044834 lncRNA upstream 267090 27870739 ~ 27872705 (+) True XLOC_021738
TCONS_00043124 lncRNA upstream 420632 27703754 ~ 27719163 (+) True XLOC_021734
TCONS_00044833 lncRNA upstream 623522 27508870 ~ 27516273 (+) True XLOC_021731
TCONS_00044832 lncRNA upstream 627693 27508867 ~ 27512102 (+) False XLOC_021731
TCONS_00044831 lncRNA upstream 1540384 26591692 ~ 26599411 (+) True XLOC_021722
TCONS_00043143 lncRNA downstream 162725 28323089 ~ 28325053 (+) True XLOC_021743
TCONS_00043150 lncRNA downstream 217079 28377443 ~ 28382983 (+) False XLOC_021744
TCONS_00044838 lncRNA downstream 230305 28390669 ~ 28420584 (+) False XLOC_021745
TCONS_00044837 lncRNA downstream 230305 28390669 ~ 28420584 (+) False XLOC_021745
TCONS_00044839 lncRNA downstream 230321 28390685 ~ 28420584 (+) False XLOC_021745
TCONS_00043135 mRNA upstream 3056 28092083 ~ 28136739 (+) False XLOC_021741
TCONS_00043138 mRNA upstream 3329 28128453 ~ 28136466 (+) True XLOC_021741
TCONS_00043136 mRNA upstream 3331 28125649 ~ 28136464 (+) False XLOC_021741
TCONS_00043137 mRNA upstream 8221 28125692 ~ 28131574 (+) False XLOC_021741
TCONS_00043134 mRNA upstream 48686 28077953 ~ 28091109 (+) True XLOC_021740
TCONS_00043141 mRNA downstream 162622 28322986 ~ 28325846 (+) False XLOC_021743
TCONS_00043144 mRNA downstream 214094 28374458 ~ 28381403 (+) False XLOC_021744
TCONS_00043145 mRNA downstream 214189 28374553 ~ 28383247 (+) False XLOC_021744
TCONS_00043146 mRNA downstream 216996 28377360 ~ 28388513 (+) False XLOC_021744
TCONS_00043147 mRNA downstream 217029 28377393 ~ 28388224 (+) False XLOC_021744
TCONS_00043115 other upstream 1135814 26979174 ~ 27003981 (+) False XLOC_021726
TCONS_00043112 other upstream 1210937 26928743 ~ 26928858 (+) True XLOC_021724
TCONS_00043098 other upstream 2144654 25995027 ~ 25995141 (+) True XLOC_021714
TCONS_00043095 other upstream 2242786 25879768 ~ 25897009 (+) False XLOC_021712
TCONS_00043091 other upstream 2277498 25861398 ~ 25862297 (+) True XLOC_021710
TCONS_00043142 other downstream 162716 28323080 ~ 28325841 (+) False XLOC_021743
TCONS_00043158 other downstream 375997 28536361 ~ 28536457 (+) True XLOC_021747
TCONS_00043159 other downstream 376301 28536665 ~ 28536778 (+) True XLOC_021748
TCONS_00043161 other downstream 454463 28614827 ~ 28614942 (+) True XLOC_021750
TCONS_00043169 other downstream 637062 28797426 ~ 28797548 (+) True XLOC_021755

Expression Profile

//