RNA id: TCONS_00044848



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00044848
length 5621
lncRNA type antisense_over
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_021767
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 29840859 ~ 29846879 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


GACAATAGTAGTTTTGGGATCTCAAAGTGGCTTTTGAGATTTATACTTTTACTGTTCCCATGTAAAGCAAAAAAACGCTAATTTATGAAATAGCATAAATGCATAGGCATGTAAAATTGATTGACTAACCAAAACAACAATGCCAAACCACAAGACTACATTAGCACAGGTACTTTTTGTTTCTTTACAAAGCAAGAAAGTCATATCGCCGTCCACTGGCCTGGCATGCACAAGACATTGTTTCAGTCTTTTTTGTCGATGATTGAGAACAAGAATCATTCACGCAAACTTCAGTACATCACCCTCATATAAACGTACCCTgattctagtttaaaaaaaatgccaAACACAGTTTGGATTTTGTAAGTGTTTTATTTCACTTTCATAATAGGGTTAAACAATACAAGGTATAAAAGAATCCAATACAATCCAATCTTAGTACAGCGATTACTCCAACATGCTGCTttactccaattataaaacaacaacaacactccAAAGACATCATAACAAACTTTAGCTTACGTTTCTGGACGGAAATGGTTTCACACTATTCAGCATTGCAATTCACATTATATCTGAGAGGTCAGGTAAAGAACTAAAAACACTGATCTGGGGTTGATGGTATACCAGAAAGAGCAATGGCAAAAAAATATTCTGACTAGAGGTTTCTATAAATAGGCCTATTTGTAATGAAGAACCAAAAAGCTCAAATGAATGTTTTAGATCTGTAATGGTCAACGGCCAAAACAGGCTCTAGGTGCTGTTTACACCTCGTATTAGGATACATTCTTGCCAATCAGATAAAAAGTGGACTCCTTCAGAGGTATTCAAAATGCCCTAATTAGACTGCTTTCATAGTGTAAATGCTCATGTGCTCAATGCATACAAACTGAAGCGAAACAAAAACGACCTAATTTCACCTTAATGATGTGATGAGCTTCAAGaaagcaaatcaaaacaaaagctCTTACAATCAAAATATTGGTTTCCATTCAATTTAGTTTCAACCACTCGCTTTCGCACTTACTTgtCCACACACAGATCTCCGCAGATTTCTAGCTTACCAAGTGTATTTACTTACATGTGTACATTATCTATTCAGCTTTTAAATCAATTTCAGTATTATTGCCTAATATGAAATTGATCaattcacaatacagtttgtaaagttatattttctgtcttttagtagatatattagatgagagacttgatttgtttactaaataagtgaatctaaatggatttgcagtgaaaagaaaaaagttattattttttatttaatatattaggtgtttagttatgatactctcgaAATATTTTAGCCTAAattgtgcagaaatagcaaaaaatgccaGCAGATTCTGCCTGGCCCTACTTATAAGCTATGTAACGTGGGTTTATTAATTCATCCGTACACTCACAAGAAAAGTGATGGAGAGCATAATGAAATACAACAAATGTTCTCTATGAAATCTGAATATAATTTACAACATTAAATCCATATGAACACGTTGATACCAGGCGAAGTTTAAAGGTTTAAGGGTACCATAATTGCTTATAAGCACTAAACTAATCCAAATCTAACCCTTTAATTGACCTCAACAGTAGACATTATCAACAGAAACCCATTTACTTTTATGACTTTAATATCACCATGCGCCTTCTGATACAACAAGCACAGACCTGTATTTTCAGTCTTACCTTATAAATCCTTAGTGTTAAATTCAGCTTCATTCAGTTACACTCACAttctatattaaataatataaagttgGGGAGGGAGACATGAGGtgacattacaaaaataaaataggtAGTCAATGAAGTATTGAGTATACTTACAAAATAGTCTACTGTGCTACAtaaatgttttacattattttgagATACTAGTATTAATGTCAGATTCAAATACACACTATTAGTATTTACCAACCAACTTTGGTAAAAACATACTATGATGACGAGGAATATGAACGTCTAcagtaaaatacttaaataacagaaatgtgccacaaacagatcACATtatcataacaataaaaaaattcgGTCCTCATTTGTGCTCTATCCAGTCTTTTCTTTGGCTGAACACAGATGAACGTGTTTTTGAAGAGCATTGATAACCAGAAAGTAGACGGAAACCtttgatttccacagtatttttgtTCATGCTATAGAAGTCAGTGATGACAGAGCTTTAACTAGAGCTTTTTACATAGGCACATTTCAATTTTGGCAGTTTGAAATTCTAAATATGTAAAAGCTTGTTGAGAACCTTACAGTTTGTCAAAAGTGGACAAGTACCACTAAATCTGCATGGACTAAAAAGTTtgtacacccaaaaatgacaattctgtcattatttactcaagtCTTCAAAATTTTATGAAATTTCTTGtgacaaacacaaaataagatgtaaAGAATGAGATCCTTATAATAACTCAGTAGAGACGTCAACAATTTGGTTCTGCATGTTCATGAaaacatcatcttttgtgtttagcagaagataGAAACATTTGGAATATTCGAGCTTGCATAAAATGAAAGTTAATTTCTGGGTGAACCATCCCATTATTACACATGAGTGCTTGGTAAACTCACAAAATTTGAAAAAGACTTGATTTGAATAACACAAAAGCTGCAGACAGTTAATGTCTAAGTCACATTAATAAGCACTTTGATCACAGCAAAAAATGAACTTCACAGCATACGCCACATGCATACAGTAACTTGGGAAATACAGTGATgcaaacctacagaaacatacaACCTATAGTCATACACTCATATGATGTCACACTCTAAAACAGCAAACACATTACAATACATAACCAACAGGTAAAAGAGGCttttcattttaaagctttaaaaaacatatataaacaaacattagTGGAACGTGGAGGCGACGTTACAGCGCTTTAGTGTGGTTAGCAGAATTCAAACTAAATAGCGTGTAATAAAACGAAGTGCATTTTTCtaattttacagtgtaataaatatATGGTGCACAATACAATAAGCAGTGCCAAGCAACGTACTTCGTTAACTGATTTCTGTGTCAGTAAACTAAACATTGCATCTGTTCTGGATTGATGTAATAATCAGGGCCCAGTTTTTCCAAAGGTAATCCAGTCAGATTTTGGATCatggattggatcaaatcttgaaaattagTTTTTCCAAAGTAACAGAGGGCTTTTGAATTAAGATCAGACCATCCAATCTTACATCTGATTAAGATCAAGCCTGCCCTTTGGGTTATTCAAAATTTTGAACTCAAATTGGGATCTATTTGATCCAAAAAACAGGATTATCCTGATCCCGTCAGAAGGGTGGACtcagttttgacttttttttaccaaagaaaataaaaaagtcacgAACTTGACATACAATATATAAATTCCTTTATATTTAAAGCCTATATGAAGCATGTCACATCTAATGAGAtatggtaaacaacaacaacaaaacagtaTCAAAGCAGTATTGCTTTAGAAcaaactagggttgggcgatgtcgaccaatttggcattgtacgatgtctaatataAAACATCACGATGGACGATAGCATCATCGTCGTAGGTGGCggtgaattcattatttatgaataattaattaattaataattaattaattatttgaagcctaccgtttcaactacctgacccacatggcgTTTGTTTTACCCATGAccaaatcataaacaaataaagataagttacacacaaattgccacctgtcaatcactttttctgcgggactctggcatgaatagacagagtgatctgtgtcgttactATGGCtttgacaaacttggttggtaaaaaggtgCAAAACAAACAGGAtacaaccaacagtatctaaggtttttcgctaaaattacaagcgtgaaagcgaaagattaaagcagtgtactgacgctgtgagcCTGTaactgactgctggagctcagatgttCGCATACGCTGCAGCGTGACAGAGTGTATGTGCGTTTTCAGTGCTTTCAGGGCTTTTCAGAAATTAGGTTAAACGCCAGTGTGGGTGTGGaacattttcgttctaaaatgccaatttaaaataaagatgtattagtgtaaatggggccatgCGGTTTTTTTCCGCAAGCGGATTGCCGCTGCGACAGGGGCGGGGATCACGATTCCGGCTCAGCATCGGGATGTCTATCGGCCATTGGcaatggatgatggcatcatctatcgaccCAACTCTAGAGCAAACTAAAAAACGTACAATGTTTGTTGATTGCAGTGTTCCTGTTTTTTtaccattaaaacaaacaatggctgTTTGTTGCCACTGTTATTTTGCCTACCTGTTGTTCTTTGCTTAGCCAGTAGGCTACACTCTTGGTTCCATTTAAGGCTCTGGTAAACAGGGTTTGGTAAACCTGAAATTTGGTATTTGGATCACACTGATCCAACACTCTGAATAATTTGATCCAGttgacatttttttgaaaatCTGGGCCCAGAAAATCTAATTGTCCCACAAGGCTTTAAATTAGGATTAAGAATCTACACAACTAAACATACATATTTGACACAGACACTCCCAAATCTGGCTTGTTGAAGCTTACCACAAAAAAATAGCTTCAACTAAAGTATGTCAGCAAATAAATACTGATTTTACGGTTTAAGTGAGATTGCATATAGGCTTTGAGCGATAAAACAATGTCTATTACAGTTGAGCATTGGGTATAGTTACGTTATATCTTGTAATTTTTAAATGCCAATTCCATACTGCAACAGTCAAATCAGTGGTAGAAAACAAAAATCCCAAATCTCCCACCACCATCCATAAAATGGCACCACTATTTCTTTATGCACAAGAAATCTTGCATTGAGTCATACAATATTAATTCAAATACTAGGCTGTATCTTCAGTAGCCTTAAACCCAAATTTAACCAGtataaaactaaatgtaaaatgtctgAAAGTAAAGTGTCAAATCAGAGGCACACTGGACATTTTAACACTAGACTACAAAAAAGGTAATAAACACTCCTTTTCTAGTGTTCTGAGCTAAATAAATCAAAGCAAGCACCAACACtgatcttttaaaaaatagtattttgttgAGGGCCTAGTTGGCAAGTACCCTAAAGccgtgtttcccaaccctgttcctgaaggcacaccaacagtacacatttttatttctttcattttcacattttccCTAAACACATTCACACTTGAATTaacagaacattagaagagactccaaaacctaaaATTAATGGGATCCAAAATATGTACAGTTGGTGTGcatccaggaacaaggttgggaaacactgccctAAAGGCCATGGAGGTTTATAAATGAGTGCATTAGTTTGTTAgtgtaaattgaataaaatgtttGGAAGAATAATGTACCAATCTGGCAAAATCGAACCCTTGATTCAATATGTCCCAAAAGGGTCTTGGCTTACAGATCCCATTAAATATCTTAGCTTAGTGTCACTGCTCAGATTCTGACCTGCGACCTCTGGCTCTTCTCTGACTTGTGGATTTGCGTGTTGCCACAGCGGCAGCGAATCCCACCAGACAACACACAGAAGTGATGCCAAAC

Function


GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044847 lncRNA upstream 257580 29580543 ~ 29583279 (+) True XLOC_021765
TCONS_00043183 lncRNA upstream 266505 29572078 ~ 29574354 (+) True XLOC_021764
TCONS_00044846 lncRNA upstream 438763 29396181 ~ 29402096 (+) True XLOC_021763
TCONS_00044845 lncRNA upstream 479994 29358666 ~ 29360865 (+) True XLOC_021762
TCONS_00044843 lncRNA upstream 880550 28944448 ~ 28960309 (+) False XLOC_021761
TCONS_00043195 lncRNA downstream 159327 30006206 ~ 30009399 (+) False XLOC_021772
TCONS_00043197 lncRNA downstream 159327 30006206 ~ 30010042 (+) False XLOC_021772
TCONS_00043198 lncRNA downstream 159357 30006236 ~ 30009190 (+) True XLOC_021772
TCONS_00044849 lncRNA downstream 555435 30402314 ~ 30433385 (+) True XLOC_021774
TCONS_00043203 lncRNA downstream 917408 30764287 ~ 30772886 (+) True XLOC_021777
TCONS_00043182 mRNA upstream 265168 29570386 ~ 29575691 (+) False XLOC_021764
TCONS_00043181 mRNA upstream 266115 29569893 ~ 29574744 (+) False XLOC_021764
TCONS_00043177 mRNA upstream 479241 29357790 ~ 29361618 (+) False XLOC_021762
TCONS_00043180 mRNA upstream 479690 29358188 ~ 29361169 (+) False XLOC_021762
TCONS_00043176 mRNA upstream 479994 29357790 ~ 29360865 (+) False XLOC_021762
TCONS_00043185 mRNA downstream 36337 29883216 ~ 29887477 (+) False XLOC_021768
TCONS_00043186 mRNA downstream 36337 29883216 ~ 29887478 (+) False XLOC_021768
TCONS_00043187 mRNA downstream 36342 29883221 ~ 29887272 (+) False XLOC_021768
TCONS_00043188 mRNA downstream 38140 29885019 ~ 29888793 (+) True XLOC_021768
TCONS_00043189 mRNA downstream 42210 29889089 ~ 29895258 (+) False XLOC_021769
TCONS_00043184 other upstream 252301 29588444 ~ 29588558 (+) True XLOC_021766
TCONS_00043178 other upstream 478014 29357790 ~ 29362845 (+) False XLOC_021762
TCONS_00043179 other upstream 478326 29357952 ~ 29362533 (+) False XLOC_021762
TCONS_00043174 other upstream 914819 28925923 ~ 28926040 (+) True XLOC_021760
TCONS_00043173 other upstream 937403 28903330 ~ 28903456 (+) True XLOC_021759
TCONS_00043209 other downstream 1132506 30979385 ~ 30979499 (+) True XLOC_021782
TCONS_00043219 other downstream 1586394 31433273 ~ 31433348 (+) True XLOC_021790
TCONS_00043220 other downstream 1586700 31433579 ~ 31433663 (+) True XLOC_021791
TCONS_00043223 other downstream 1820550 31667429 ~ 31667543 (+) True XLOC_021793
TCONS_00043229 other downstream 2086796 31933675 ~ 31940874 (+) True XLOC_021797

Expression Profile


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