RNA id: TCONS_00044877


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044877
length 467
lncRNA type inter_gene
GC content 0.47
exon number 2
gene id XLOC_021887
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 37026350 ~ 37038409 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ggaaaacaaagcacaaaggcagaacatttcatagACTGCTGACTCAACAGTCAccataaaaaagaagaaaaaagaagctTTGATCTGCAAAAGTCGGAGAGAAGGCTTTGGGGAACAGCGACAGGAGAATGGCGAGTCTCCGCATATTTGAAGAAGCTCTAATTTTAACAGCCGTAACACAGAGCAGAGGAGGATTCGCACGTGAGACGCAGCTGGAGGCAGAAACAGACACAGACACATGTGCTCTGGTGTCCTCGCCAAGACTGAAGCCATGACTGCTGGTGTCCCGAGGCCCAAAATCAGCATTTCGCTCAGGATGAAATGGAGAAACTACGTGCTGTTTAGTCATAGGAAGATCTGACTGAAGGCTGTGTGTGACACTCAAATGATGAACCCAAGTTGGAGGCACAAGACTTTGGTTGACACAACTTGCATGACCCGGTTTGACATGATTCATGATCCTGTTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00043359 lncRNA upstream 130981 36891729 ~ 36895369 (+) True XLOC_021886
TCONS_00044876 lncRNA upstream 180370 36842632 ~ 36845980 (+) True XLOC_021885
TCONS_00044684 lncRNA upstream 440599 36585179 ~ 36585751 (+) True XLOC_021878
TCONS_00044683 lncRNA upstream 554515 36460041 ~ 36471835 (+) False XLOC_021876
TCONS_00044682 lncRNA upstream 559907 36458347 ~ 36466443 (+) False XLOC_021876
TCONS_00044685 lncRNA downstream 74878 37113287 ~ 37118114 (+) True XLOC_021889
TCONS_00044878 lncRNA downstream 188772 37227181 ~ 37277704 (+) False XLOC_021891
TCONS_00043364 lncRNA downstream 188797 37227206 ~ 37433229 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044879 lncRNA downstream 188809 37227218 ~ 37297945 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044880 lncRNA downstream 188809 37227218 ~ 37433229 (+) False XLOC_021891
TCONS_00043357 mRNA upstream 227730 36771593 ~ 36798620 (+) True XLOC_021883
TCONS_00043356 mRNA upstream 276049 36730713 ~ 36750301 (+) True XLOC_021882
TCONS_00043355 mRNA upstream 370710 36653376 ~ 36655640 (+) True XLOC_021881
TCONS_00043354 mRNA upstream 381215 36616717 ~ 36645135 (+) True XLOC_021880
TCONS_00043353 mRNA upstream 420513 36601984 ~ 36605837 (+) True XLOC_021879
TCONS_00043360 mRNA downstream 47750 37086159 ~ 37090181 (+) False XLOC_021888
TCONS_00043362 mRNA downstream 52480 37090889 ~ 37094205 (+) True XLOC_021888
TCONS_00043363 mRNA downstream 146838 37185247 ~ 37198890 (+) True XLOC_021890
TCONS_00043365 mRNA downstream 285553 37323962 ~ 37325961 (+) True XLOC_021893
TCONS_00043369 mRNA downstream 406524 37444933 ~ 37453984 (+) True XLOC_021895
TCONS_00043358 other upstream 236018 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884
TCONS_00043352 other upstream 535116 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043345 other upstream 715932 36307661 ~ 36310418 (+) False XLOC_021870
TCONS_00043339 other upstream 896258 36130001 ~ 36130092 (+) True XLOC_021866
TCONS_00043331 other upstream 938154 36088091 ~ 36088196 (+) True XLOC_021861
TCONS_00043361 other downstream 47756 37086165 ~ 37093123 (+) False XLOC_021888
TCONS_00043368 other downstream 400425 37438834 ~ 37438950 (+) True XLOC_021894
TCONS_00043373 other downstream 454326 37492735 ~ 37492851 (+) True XLOC_021899
TCONS_00043375 other downstream 700454 37738863 ~ 37798412 (+) False XLOC_021904
TCONS_00043376 other downstream 711925 37750334 ~ 37768156 (+) True XLOC_021904