RNA id: TCONS_00044968


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044968
length 3892
lncRNA type intronic
GC content 0.33
exon number 1
gene id XLOC_022198
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 13561718 ~ 13565609 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTTTGCTACAGCAgcaaaacacactgtaaaaaatccaacttgcAAATTGCTAACTCAAATCAAAATTGTAAGTTGGGTGGACATATTTTGAGCCCAGTGTTgagtttacttttaaaaatgagttaactGAAGGTTTAAAACTGGTTTGTTCAATGAAAGTAAATACTTAAGTTGAGCAGACTTTACATTTTGAGTTCTTCACTGGATCATCTACTTCCCGTCTTTGCACATGCTCAGTCTGTCTTCGGGTGCCATTTTGCACGAGGTGTCCTCTCACCAGCAGCAGCTGCCATCTCCTGATTCAGGTAAGCTTTGTTTTAGCTTTATTATCAAAATTAATCTAAATAGCGTGCAAAtctaaagtaaaatgtaatgttatgttcCCAAAAAACTAAGTTACATCGTGTGAAGATCATTTCTGACAAGCTCGGGCTAACAAGCTAGCCACCTGTGAAGTTTGCTTCATTTGAAGGACTGTTTAACGTTAATTTGCTTCTTAAACTGGAGGGAAATGTAGTGAAATATTGTTGTTGCAAACAGACATATCTGAGCGGCTGGTCACCACTGTATTGTTAACCCTGTTGTGTCTGTATTAAAACAGCAATGCGGTAacattaaaaccacttcaaaataATATTTAGCATACCACTTTAAATATACAGTCACTAGTAGTGTACATATAGTATTCCAGGAGCTTgtggtttttatgattatttatttggcATACATTAACCATTTATGAGTTAAgtaacatgtatgtatgtattatttaaatcttctctttttatgtttgcaatatttattttatattgtgctttttaaaaacatcagtttaatttatgaaaacaatttgacctgcaatgttacatttttatttacttttttataggtTTGGAATGCAGTGTAAGTTTTGCAAATTTGTAAACAGTAGCTGAGAAGTTACACTACAGACTACATCGCTATCAAGGACCATCCTGGCAGCAGCCTTGTTTGTTCGCAGACTGCTTCTGCACTTTAAAGACTGTAGGTGCATTAAAATCACATTTGACATTAGCACATTAACAGTCCGCTGCAGTTACTgactatttgatttttttaacctCCTGTAGCTGATGTCCGAAAACAGTGGCCTGCATGTTTTTGGGAGTTTAGGCAAGTTTGCATTTgagattatttatttcaaaatgtataaccCTTGTTCACAATTCAtactattcatttttttatggtCTGTTTGTAGGTCTATGCTGAGTTTTACAGGATTACTCAAACCAACCTCAAAGATATCTTCTCTTTTTCGGATGAATACGCTATCAAGTTTTATGGATCATGTGGTGGGCGATATGGAGAGATAATAAGAACCGCCCTGGACCAACTGGACAATCAAGTAATTATTTAGCATTCAATCATATCACTGATTAAAGGGGGGCATATTAAACTTTATGGAGTTTACCATGGAGTTTCTCTTTTTGTGTGCAATATTGGAATTCATGCAGGTCATTAATCTTTGAAGTTACAAAACAGTTTGTTCCCTAAAAGAAAAGTTTGTAGCACTGTTTTCACCTCTGTAAAGGATGCTACATTTTCATCACTTAGTCTTTAGTAGAACAACCATGACTGAGTCCGGCTGACCAGGGAGTGAAAACAGGTGCtgcaacaataattataaagcaaatttcatttttaataattaaaacatgttgGGAATTTCTGATCAAAATGACTAACCTGTGAATAACCATAATTAATGCCCTTCAATTGTAAAGTGGTGCCACCTGTCATCTCTCAGGGTCTGAGCATCTGGTTTAATGTGACAATAGCTGATGacctatggcaagccgttttaacttttattctatagcccgtactagtatctattttcttGTTACTAGTACTTATCCATTTTCTTAGTTCTTTTCCATTAAGTACtaactagtacttatttattagttactagtacttatttattagatactagtacttatttatttgttactagtacttatttattagatactagtacttatttattagatactagtacttattaaatagatactagttcttatttattagttactagtacttatttattagatactagtacttatttattagatactagtacttatttattagatactagtacttatttatttgttactagtacttatttattagatactagtacttattaaatagatactagttcttatttattagttactagtacttatttattagatactagtacttattaaatagatactagttcttatttattagttactagtaactattctgttgttactcgtaatgaattaaaaattttccCATTCATTTCTATGGGATCTCTAATTGAGATATcaactattcagttttgactagtatgtaTTCCAGCTGTGACTAGTGCATATTTTTATCTACTAGTAGTTAATCATGAGGTACTAGTACCTATTACTGAGATGCTACTACCTaattaatagatactagtacttatgtaTTAGATATTAGTCCTTATTCATTtggtactagtatctatttaatagatactagtacttatttattagatactagtacttattaaatagcttactaatgtttattcatgtagagttgatgcttaacggataatcaattcactatttgctaatgcttaataaatgattcattattataaaagtgttacctgaaatgttttataaatagaaGGTATATAAATGACTGTGTTACTGACATTACTACCTTCAGTTTCCAAATTAAGTTGCTTTTTTTTACCTTGCTTTTTGGAGATGTTTGTGATTTAGCAGTAAAAATAGTTTTTCATCctctttttatgtttctttttactGCAGGACACAGAGCCAGAAGATATTTGCACAATAGAGATGGAGATGGACATCCTTAGCACTGTTGCCACTCTTCAGACCAACCTAAATGTAAGGTGCCTGTCTGTGGTTCTGGAAGAGCAAATCGTGCTGGAAAAGATCTTCCGACAGCTGTTGTTCTCCTCTTTGGTTTGATTAATTTCCTGAACTACCCCAAAGAACTGAAACACATCTTTAAAACTATTCAGAAAGTGTTTATTGGCCTTGAATGCATTTGTTTGTACACTGAAATTGTGTTACTCTTGGTGTTGTCACCAAActtaaattcagttttgattttacattttccaattttaaaaacatccatttcccaccAATTGATAGATTGGCTGTTGTGTTCAAGCgctcaacataaatgactgtgattggctgagaagtTCACCATTTCACTGCTCTTCACTGATGTTCatggagtgcaaacacagatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagcgtacCACTTGTGTCAGCTTATACACAGACCAGTTGATCAATGTGAAATTCttaagtgtccctgtatctgtggttacactcagtaaacagcagtgagtttggtgaactgatgatcttcacGCCCAATCAgtcttttctgttgagcatgtgaacacaatggcaatatAACAGTGTTTAAAACATGGTCAAcaacgctcaaatgttagcaggaaatggacgtttttaaaattataGAACTGATgggtaacaaaattaaaatatcgtGACAAAACTAATTACTCTTgcactttgaaaaaaatgttgatagTGCAAGCATTTGAAATATTACTTTTGCTTAACTCGAGCACTTAAAAGGCAATATAGGATTTGAGGATTTACCTTTTTGTTGCCTCTTTTCCTTCTCTGGACTGCAGTACATTTCATTTGGACAGAAAACTGTTTGCAGAATTGTCAATAAATATATTCTTTGATATTGTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044967 lncRNA downstream 728835 12676302 ~ 12832883 (-) True XLOC_022193
TCONS_00044966 lncRNA downstream 731439 12674328 ~ 12830279 (-) True XLOC_022192
TCONS_00043822 lncRNA downstream 774329 12741575 ~ 12787389 (-) False XLOC_022194
TCONS_00043816 lncRNA downstream 1315822 12233100 ~ 12245896 (-) True XLOC_022189
TCONS_00044965 lncRNA downstream 1541107 12017717 ~ 12020611 (-) False XLOC_022185
TCONS_00044969 lncRNA upstream 57910 13623519 ~ 13625585 (-) True XLOC_022199
TCONS_00044970 lncRNA upstream 240750 13806359 ~ 13809597 (-) True XLOC_022202
TCONS_00044971 lncRNA upstream 252898 13818507 ~ 13824192 (-) True XLOC_022203
TCONS_00043844 lncRNA upstream 842279 14407888 ~ 14415213 (-) True XLOC_022210
TCONS_00044972 lncRNA upstream 1008889 14574498 ~ 14583539 (-) True XLOC_022211
TCONS_00043829 mRNA downstream 265795 13289083 ~ 13295923 (-) True XLOC_022197
TCONS_00043828 mRNA downstream 630025 12926092 ~ 12931693 (-) True XLOC_022196
TCONS_00043826 mRNA downstream 648587 12900424 ~ 12913131 (-) False XLOC_022195
TCONS_00043827 mRNA downstream 648591 12904410 ~ 12913127 (-) True XLOC_022195
TCONS_00043825 mRNA downstream 655490 12900424 ~ 12906228 (-) False XLOC_022195
TCONS_00043833 mRNA upstream 266738 13832347 ~ 13840433 (-) True XLOC_022204
TCONS_00043835 mRNA upstream 277373 13842982 ~ 13875252 (-) False XLOC_022205
TCONS_00043834 mRNA upstream 277373 13842982 ~ 13875252 (-) False XLOC_022205
TCONS_00043836 mRNA upstream 279311 13844920 ~ 13877898 (-) False XLOC_022205
TCONS_00043839 mRNA upstream 375349 13940958 ~ 14059085 (-) False XLOC_022206
TCONS_00043813 other downstream 1493484 12068120 ~ 12068234 (-) True XLOC_022187
TCONS_00043805 other downstream 1974186 11587417 ~ 11587532 (-) True XLOC_022183
TCONS_00043804 other downstream 2029248 11532340 ~ 11532470 (-) True XLOC_022182
TCONS_00043794 other downstream 2880265 10663942 ~ 10681453 (-) False XLOC_022175
TCONS_00043776 other downstream 3708708 9852896 ~ 9853010 (-) True XLOC_022167
TCONS_00043831 other upstream 70184 13635793 ~ 13635907 (-) True XLOC_022200
TCONS_00043832 other upstream 148777 13714386 ~ 13714500 (-) True XLOC_022201
TCONS_00043837 other upstream 289360 13854969 ~ 13857517 (-) False XLOC_022205
TCONS_00043838 other upstream 295811 13861420 ~ 13874600 (-) True XLOC_022205
TCONS_00043841 other upstream 423755 13989364 ~ 13989482 (-) True XLOC_022207

Expression Profile

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