RNA id: XR_005036213.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_005036213.1
length 8607
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 5
gene id LOC110499794
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 72210976 ~ 72225125 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

caggtcattttagttcaatgaacaaatgctcttagctttatgtgtattgtatccaagcaattggaaaaaagtgttagaGTTTTGAAAAGTTTGCATTTTGACATTGGTTGTGTTTTGTGTATAGAGTTTTGGAAAATGACATCAAGGTTCCGAAATTAGTGCTAAAGTGATTGTAAATAACTGTAACATCTAAATGCAGAATGGCAGTTCCACCGCCAAGCGCAAGAGGGCAGTGTCATTTGGACACTGAGCCACAACTTACGTGCCGCAGCCATAGAGTAGAGGAAGACCGAAAGACTTCCGCGTACAGACGTTTAATGTATTTTCAGGTGAAATATGCCCCGTTACTGTGCTGTAAAACTTTGCAAAAATCGTGGAGGAACACCCTCTAAAGAAAACAAGAGAATAAGCTTTTACCCGTTCCCTTTGCAAGATGAGGTCAGGCTACAGATATGGGTAGACAACATGAAGCGAGAGGAGTGGACCCCCAGCAGACACCAGTACCTGTGTAGTGAACATTTCACTGAGGACTGCTTTGACCTGCGATGGGGGATCCGGTACCTGAAACACACGGCCTTCCCTACCATCTTCCCTCACACACACGATGACGAAGATAAAACCGTTTCCACCAGTAAGAACACCACCAAGCCCAAAACCAGGATATGCGACGCCAACATTGAACTCATccgctccccctcccctcctggcAAGAATACACCTCTGATTCTGAAAAGGACAGTCAGAGTGGAACCAGTCATGGTGAGTGTCACTCCTGTCCCTAACCCTGAGGATGCCAGTGAATCTACGGTCACTACACTGTTATATGAAAGACCACTTGTTTCAGACACAGAGGCCTCTACTCCTAGTGAAATGGTCCTGGGGGAGGTGATGCTCTCAGAGACCCAGGCTGCAGTGTGTGAGGTGAACAGAGAACTATCTGGAGACAGTGGTGGGATACTGACAGCCTCATGCTTGAACCTGTCTGGTGAGACACAGACACTGCAGCAGCTGGATACACTGGACTCCACTGTGACTGTGCTCTGCTGTGAATCCGTCGTCCCTGTCGGTCGTTTCTCTGAATGTGAAGCCACGGTGGACGCCCTCCACGTGGCCCTCGGTCAGACGTTTAGGATCTTCCCTCTGGAGCTGCGGAGGGAGGAGTGGGTGGGAGACCGGGAGGAGGGCCCCGAGGAGGGGGGACACATCTCTGTGTACGAGCACTCCTACTCCAAACAGGACACGGACCAGGAACAGCTGTGGAGGAAGACAGCCAGCCTCCACACCAAGATCATGGAGCTGGATAGGAGAGAGGAAAGTACCATGGCTAAAATACGATCGCTTAAGAGCGAGATGGCACATCTGAAGAAGAGCAACGTTGttttaaaagaaaagcagaaATTACTAGAGGACTATATTACTTCTGCGTTGCTCTGATGTCTTAACCTCAGTGCTTTGTTTCCATTAACAACGGTCTTTCTAATGAGATGTATTTTGTCTAGTTATTACAGGGTTATTACAGGGTTATTATAGGGTTATTACAGTCTCAATCACTTGTACTTATTTATTATCTGTTTACATGTTTCACCAGAGTTATATTACTTACTAGTAGTGAAGCCCTTCTCAAAGAGCGTTGGCCAAGGCTACAATCTGTTCTCCAGCTCGTTCTAGCTCTTCCGTTTGTCTCCGCTAGGTGGCACTGTGTCTTTAGGACAGGCCCTGGCACGATGCACTACTGTTTCATGTTTCGACATCACTGACTGACATATTGTCAATATTAGTGGTGTAATTTGGAGCGTTTTAAGGGACGTGATATTCCCTATTCTTGTGCTACAGATGGCTGCTTGTTTTATTCAATGGTATAGTATtcgtatatcaaatcaaatctactGTGCGGTCATACGGATCCTTACTGGTTATTAATGTATAAAAAGGTGTTTTTCACTAATGTTTTATGTTTATTTGGATAATAACAAGCAGCCTGCGGTACGTAAGTATCCGAGTGACTGAGACGACTACACCGTTTTAGGTGCATCTTCTTGGTTCTAATTAAATGGTTGAATAGGAAAATGTGCAATGCTTGCTCactattcaaaatatattttttatccaAGCAACTATTAAAAGCTTGACGTTTCGGGTCTTCGGCAATTTCCTTAAATAGACAGGTTCTGATAAATGAACCGGTTCTGGTGAAGACCATTGAAGGCCGAAACGTCAAGCTTTTAATACTTTCTCAAATAAAATCATATATTTGAATGTTAAACAAGCTTTGCACCTTTTTGATGATGTAACTGGTTGCTCCTTGACTCCCATTGGTTGGGCGTCCTCTACTTCTTTCCATAAAGAAATTAAATGGTCAACTGATTTCTCATCACTGAAAATGCAACACTGCGGTCCTCTTTCTTGATGGAAATGGCTTACATTACCTGCAACCCTTTTATCAATGCAATGACATCACACGTGTCATGATGAAGctgatggtgctttcaagacaactggggggggtcaaatcatgacgtcagtgagcTTCATGTTGGAGCTTTATGCAGCTGGGGGGGGTCTAGCTCCGACTCTTTCTGGAGCTCCGACCTTCCTACCTGTGGATCGCTGACATTATGATTTGACCTTATATTTTATGGAGTTCCCGGGCTtcagaggcctgagttcccgagCTTCAGAGGTCTGAGTTCCCGGGCTtcagaggcctgagttcccgggcttaagaggcctgagttcccgggcttcagaggcctgagttcccgggCTTCAGAGGTCTGAGTTCCCGAGCTtcagaggcctgagttcccgggcttcagaggcctgagttcccgtgcttcagaggcctgagttcccggtgcttcagaggcctgagttcccgggcttcagaggcctgagttcccgggCTTCAGAGGTCTGAGTTCCCGGGCTtcagaggcctgagttcccgagcttcagaggcctgagttcccgggcttcagaggcctgagttcccgggcttcagaggcctgagttcccgggcttcagaggcctgagttcccgacttggaattccgagttgaacgaccgttcaaaactatttttcccagAGCTCGGAGCTCGTTTTAATCCAAATTCACAGAtgttttgaacgcactgaagtctgagatttccgagttcaCAGTTGTTATGAACGTGGCGTAACCTCAAACCAGAACTGACCGTTTCATTTCACTTGTAGTGAAACATAATGTGAGCAACCACTAGCATTCCAAAAGGAGCAACAGTAGAGAGATATAGCAGACACATAaagcagaatagaatagaagggCTGCTTGTAGGAAGGGCTGCTTGTAGGAAGGGCTGCTTGTTGGAAGGGCTGCTTGTAGGAAGGGCTGCTTGTAGGAAGGGCTGCTTGTAGCAAGGGCTGCTTGTAGGAAGGGCTGCTTGTAGCAAGGGCTGCTTGTAGGAAGGGCTGCTTGTAGGAAGGGCTGCTTGTAGCAAGGGCTGCCTGTAGGAAGGACTGCTTGTAGCAAGGGCTGCCTGTAGGAAGGGCTGCCTGTAGGAAGGGCTGCTTGTAGGAAGGGCTGCTTGTAGACTATTGTGAGATGAAGGGAGCTCTAATCACAGTGGAGACGACACGCTGTAATTTGGACCTGAGATCTATAAGAGAAACGTCACACGCCTCACAGAGCCACTCTGAAGACACACGACATTGTCACTTTCCCAGTTTATTGATCTCGGGTAAAAAGAACAGCATGTACACTGAGATGACTGATTGATTACTAGTCTGCAATGCTACAAAGTCAACTTCACAGCAATGTTATTGATATCCGAGAAGAACTTTTGAGCAGTAATGAAGAAGCTTGGGACTTCACTGACGATTTAAAATCATATAGGTTGACTTTGATAATGTAAAGATTGGCCTATAGGTCCTGTCTTTGGCTCTAGATGATTGGCCCACGCccttgttctgtctctgtccaatAGAATGTAGCAGCAGCACAAATACAAGGACACAACAACCAATCATGTCGGTGATAGGAAAACAACATTTATTCAATTCCAGATGTTAATTGCTGTGCTTGTGTGTTTCAATGCAGTACCTTTGTGTTCGCAACACATCTAATGAACTTTATATTACATTAGAACATGGCCCTCAAAATGCTCTCAGCTCTGTCTGTTGCCAAGTGATAGTCTCATCCTGTTTGTATCCTAGATCCTATGCAGAATGCAACCTGCCATCGGGCAGGCGTAATGTCTGCACTGCACCAACCCAGCGGGGTATTTCAGACAGCAGGATTGTTAacttagccagctaactttgattAGCAGCCACATGTAACTGTTGATGTTCTGGTTGATTAAGAAAGCTATTTTTTTTATTGGTTGTTTTTATTGGAAATATTGTTTTTATTGGAAACTTCAGAACTGTGAAGTTATTTCAGGCCGTTTTGGACAGTTAGCTGCTAACTCATTGATCCATGTTTTTGGAGCAGCAGCCGATTCACAGGGTTTGTGTGGATACAGGGAGAACTCCAGGTATGGTTGAACTGAACATCTAAGCACTGACTTTTTGCCCTAGAAAAGCACTTACTTTAATTGTAGCCGTAGTCATAACAAAAGACAAGTGGTTGTTAGGTTTTATCAATGCTAATTATATGCTGATGCATTCGTCATAACTGACCTTTCTAAAGGCTATCATTAGATGCCAAATGTTCACTTAGTCTCCCGGTGACATCGCTGCACGACTACGTCAACATTCGTTAGGATTCACCCCTGCATCTTTCTGCCTCCATCCCCTGAGAGAAACGCCTTCCATCCCTGGGACCCGAGGCCTGGTCTGCTTCCCAAAGGGGCTGTGTAACACACTACTCTGGCCCATTTGGAACACGCTCTCTGACTGCACTTGCCTGAACGACTCGTGTGAATAAATGAGGTGTTTAGCATTATTCCAACGCATCAGTCAAGACTCTAAACAAACAGACTTAATGGGGGCCATTGTTTGTTCTGTACTTAGAGTCT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1512179 lncRNA downstream 5243 72203864 ~ 72205733 (-) True G1324489
TU1512177 lncRNA downstream 9232 72201515 ~ 72201744 (-) True G1324487
TU1512172 lncRNA downstream 17558 72193077 ~ 72193418 (-) True G1324484
TU1512170 lncRNA downstream 28803 72181695 ~ 72182173 (-) True G1324482
TU1512082 lncRNA downstream 46539 72164009 ~ 72164437 (-) False LOC110490626
TU1512186 lncRNA upstream 6946 72232071 ~ 72250594 (-) True G1324495
TU1512188 lncRNA upstream 7668 72232793 ~ 72234586 (-) False G1324497
TU1512189 lncRNA upstream 7668 72232793 ~ 72234586 (-) True G1324497
TU1512192 lncRNA upstream 10482 72235607 ~ 72260832 (-) True G1324499
TU1512190 lncRNA upstream 10940 72236065 ~ 72236725 (-) False G1324498
XM_036945251.1 mRNA downstream 18167 72162661 ~ 72192809 (-) False LOC110490626
XM_036945252.1 mRNA downstream 19669 72162661 ~ 72191307 (-) False LOC110490626
XM_036945246.1 mRNA downstream 59980 72027931 ~ 72150996 (-) False LOC110500989
XM_036945241.1 mRNA downstream 59986 72022817 ~ 72150990 (-) False LOC110500989
XM_036945247.1 mRNA downstream 59987 72022817 ~ 72150989 (-) False LOC110500989
XM_036945261.1 mRNA upstream 40565 72265690 ~ 72269495 (-) True LOC110499807
XM_036945262.1 mRNA upstream 46053 72271178 ~ 72281002 (-) True LOC110490622
XM_036945265.1 mRNA upstream 81741 72306866 ~ 72315124 (-) False LOC110490625
XM_036945266.1 mRNA upstream 81741 72306866 ~ 72315261 (-) True LOC110490625
XM_036945275.1 mRNA upstream 196444 72421569 ~ 72426957 (-) True fgl2a
TU1512083 other downstream 42818 72164633 ~ 72168158 (-) True LOC110490626
TU1512017 other downstream 60039 72057103 ~ 72150937 (-) True LOC110500989
TU1512018 other downstream 160805 72047964 ~ 72050171 (-) False LOC110500989
TU1511211 other downstream 288068 71857283 ~ 71922908 (-) True LOC118938840
TU1510607 other downstream 973130 71202740 ~ 71237846 (-) True G1323296
TU1512124 other upstream 15423 72240548 ~ 72260352 (-) False G1324464
TU1512208 other upstream 110235 72335360 ~ 72336984 (-) False G1324512
TU1512209 other upstream 110235 72335360 ~ 72336984 (-) True G1324512
TU1512282 other upstream 182296 72407421 ~ 72407769 (-) True G1324569
TU1512319 other upstream 255280 72480405 ~ 72481169 (-) False G1324604

Expression Profile