RNA id: TU1509919


Basic Information

Item Value
RNA id TU1509919
length 2042
RNA type TUCP
GC content 0.47
exon number 2
gene id G1322725
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 70843945 ~ 70847944 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

GCTGTCGACGCCtcatgacatcacagaggaagtGAGTCATCATGAGAAGACGAGCAGACCACCCTGCTGCGCCCTCATGGCGGTACGATGTCGATGACACATCCCACAGCGTCAGACAGTGAGCTAACTATATAATAAACGGTTTATCTCTATGGAGCTAACTAGCCAACAGtcacaacaacatggaggaatgTGTCACACAAACAAGATGTCTGCTGTATCAAATTTAATCACTTGAATGAGCCGTAATGGACGGGCATAACATAGAAGGAACGAACAGGAACTATggtaccaggaacagagttatgggccgatgggaacagtaacTATGGTACCAGGAAaagagttatgggccgatgggaacagtaattatggtaccaggagcagagttatgggctgataggaacagtaattatggtaccaggaacagagttatgggccgatgggaacagtaattatgggaccaggagcagagttatgggctgataggaacagtaattatggtaccaggaacagaggtatgggccgatgggaacagtaattatgggaccaggagcagagttatgggccaatgggaacagtaattatggtaccaggaacagagttatgggctgatgggaacagtaattatgggaccaggaacagagttatgggctgattggaacagtaattatggtaccaggagcagagttatgggctgatgggaacagtaattatggtaccaggaacagagttatgggctgatgggaacagtaattatggtaccaggaacagagttatgggctgataggaacagtaattatggtaccaggaacagagttatgggcTGATGGGACCAGTAATTATGggaccaggaacagagttatgggctgatgggaacagtaattatggtaccaggagcagagttatggtccgatgggaacagtaattatggtaccaggagcagagttatggtccgatgggaacagtaattatggtaccaggagcagagttatgggccgatgggaacagtaattatggtaccaggagcAGAGTTATGGtccgatgggaacagtaattatggtaccaggagcagagttatgggccgatgggaacagtaattatggtaccaggaacagagttatgggccgatgggaacagtaattatgggaccaagagcagagttatgggccgatgggaacagtaattatggtaccaggaaAATAGTTATGGGCTGATGGGAACAGTAACTATgggaccaggagcagagttatgggccgatgggaacagtaattatggtaccaggaacagagttatgggctgatgggaacagtaattatggtaccaggagcagagttatgggccgatgggaacagtaattatgggaccaggagcagagttatgggccgatgggaacagtaattatggtaccaggaacagagttatggtccgatgggaacagtaattatgggaccaggaacagagttatgggccgatgggaacagtaattatgggaccaggagcagagttatgggccgatgggaacagtaattatggtaccaggaacAAGAGTTATGGtccgatgggaacagtaattatgggaccaggaacagagttatgggccgatgggaacagtaattatgggaccaggaacagagttatgggccgatgggaacaATAATTACACACCACACTCCCTTCCTTGACGGGCTTTTTGTTGAGATGTTCGACGATGCCATAGATGCAGAGCGGCCCGGCGAAGCCCAGCAGATCCGCCAGGTAACGGAAGGTACTGCTGAGGAGGATGGGTCGGCCAAACGCCCGGTACATAGAGCGCCAGATGGATGGAGCCTTCTCTGGGTCCTCGGCATTCTGCTAGGAGGGGGAGGGGACAGGGATGGAAGGGTTACAACTACACAGGAGAGTTCCACTACAATGAACCTTCATCTCAGAGTGAAGATGAGACTACCTGATTACAGAGTCTGGTTCGCCAGactacattatttatttatttaacctttatttaactaggcaagtcagttaagaacaaattcttattttca

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1509909 lncRNA upstream 5846 70837614 ~ 70838099 (+) True G1322722
TU1509895 lncRNA upstream 15282 70828374 ~ 70828663 (+) True G1322717
TU1509890 lncRNA upstream 20454 70822489 ~ 70823491 (+) True G1322713
TU1509864 lncRNA upstream 60047 70783530 ~ 70783898 (+) True G1322694
TU1509831 lncRNA upstream 80571 70734169 ~ 70763374 (+) False G1322676
TU1509922 lncRNA downstream 1867 70849811 ~ 70850022 (+) True G1322728
TU1509923 lncRNA downstream 2710 70850654 ~ 70851036 (+) True G1322729
TU1509924 lncRNA downstream 4024 70851968 ~ 70852198 (+) True G1322730
TU1509925 lncRNA downstream 4602 70852546 ~ 70852850 (+) True G1322731
TU1509932 lncRNA downstream 12708 70860652 ~ 70860862 (+) True G1322738
XM_036945187.1 mRNA upstream 190062 70649032 ~ 70653883 (+) False LOC118938837
XM_036945188.1 mRNA upstream 190062 70651155 ~ 70653883 (+) True LOC118938837
XM_036945189.1 mRNA upstream 190065 70649046 ~ 70653880 (+) False LOC118938837
XR_002468737.2 mRNA upstream 274221 70565901 ~ 70569724 (+) False LOC110490670
XM_036945186.1 mRNA upstream 293416 70547485 ~ 70550529 (+) True LOC110490651
XM_036945206.1 mRNA downstream 29200 70877144 ~ 71062055 (+) False LOC110490812
XM_036945207.1 mRNA downstream 309097 71157041 ~ 71158063 (+) True LOC110490701
XM_036945213.1 mRNA downstream 447481 71295425 ~ 71400412 (+) True LOC110490712
XM_036945214.1 mRNA downstream 610863 71458807 ~ 71475849 (+) False LOC110499746
XM_036945215.1 mRNA downstream 613538 71461482 ~ 71475849 (+) True LOC110499746
TU1509218 other upstream 940287 69900944 ~ 69903658 (+) True G1322161
TU1509173 other upstream 1044083 69798196 ~ 69799862 (+) True G1322119
TU1507783 other upstream 2047964 68794598 ~ 68795981 (+) True G1321053
TU1507521 other upstream 2556677 68285896 ~ 68287268 (+) False G1320834
TU1506911 other upstream 3299464 67544041 ~ 67544481 (+) True G1320366
TU1509976 other downstream 88281 70936225 ~ 70937145 (+) True G1322763
TU1511441 other downstream 1342479 72190423 ~ 72191137 (+) False G1323962
TU1511439 other downstream 1342609 72190553 ~ 72191163 (+) True G1323962
TU1511542 other downstream 1608273 72456217 ~ 72474419 (+) True LOC110531894
TU1511705 other downstream 1894269 72742213 ~ 72826040 (+) False LOC110490361

Expression Profile