RNA id: XM_036947698.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036947698.1
length 6798
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 20
gene id LOC110492786
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 70541550 ~ 70754162 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

CAGTCGCACTTGCGTTCAGGCAGTAGCCTATGTGAAAGAATGCAGAAATGGGTGGAGTTGTTCGTTGTGAGATTTTACTTTTTCAAACGCTCGCCAGTAGATATCACTTACTCtgcctgaagacagagagagaagagcacaCTGTGACTTGGTTTGAACTGCACCATTATAAATCAATTGACCAAACAGTTACTTTGCGTTTCCATTAGATACGAGCTTTCTGTATAGTGGTGTATATATCGAATGGAGAGCACTTCACAGATTTGGCTGAACTTCGGATCTCCTGTTCTCATCTGCTCATCCACTGAAGGTTGGTCCCTCTTGTTCTCAGTGGAAAGGTCGCTGCGGACTCGCGCCTGGCTTAGGGACCGCGTGAGAATTGGTGAAACGCTCGAGAGTGATAGACTTGCACCCGGTCAGGCTGAGTGAACAGGGGAGTTGTCCCGGGTCTCCCGCGCGCATGGAGGGAGACGTAATGGACAAGCTGGATAGCATGGCTGCGGTGTGTGACTTCGATCCCATTGCGGGAAAAATCCCGGCAACCAAGGTGGAGATCACAGTGTCATGCAGGGATCTATTAGACAGAGACACATTCTCCAAATCTGATCCATTGGTGGTGTTGTACACTCAGGGGGTGGAGACCAAACAGTGGCGAGAGTTTGGGAGAACGGAGGTGATTGACAATACTCTGGATCCAGACTTTGTCAGGAAGTACATCTTGGACTACTTCTTTGAAGAGAAGCAGAATCTACGCTTTGACGTATATGACATTGATTCCAAAAGTCCAGATCTGGCAAAGCATGACTTCTTGGGGCAGGTGTTCTGTACCTTGGGAGAGATTGTAGGATCACCCGCCAGTCGACTGGAGAAACCTCTGGGTGGTATCCTTGGGAAGAAATGTGGCACCATCATCCTGTCAGCCGAGGAGTTGGGGAACTGCAGAgaAGTTGCCACCATGCAGTTCTGTGCCCACAAGTTGGACAAGAAGGACTTCTTTGGGAAGTCGGACCCCTTTATGGTGTTCTATAGGAGTAATGAAGATGGGACGTGTACTATTTGCCATAAGACAGAGGTTGTGAAGAACACTTTGAACCCAGTTTGGCAGGCCATCTCCATCCCTGTCAGAGCACTCTGCAATGGAGACTTCGATAGGACAATCAAGGCAGAGGTGTACGACTGGGACAGAGATGGAAGCCATGACTTCATCGGTGAATTCACCACCAGCTACCGAGACCTGTCCCGGGGCCAGAGCCAGTTCAATGTGTACGAGGTGGTGAACGCCAAGAAGAAGTTCAAGAAGAAGAGATACATCAACTCTGGGACGGTGACTTTGCTGTCTTTCACGGTGGAGTCAGAACACACCTTCCTGGACTACATCAAAGGAGGAACCCAGATTCACTTCACAGTGGCCATTGATTTCACTGCATCCAATGGTAACCCGTCCCAGTCCACCTCTCTACACTACATGAACCCGTACCAGATGAATGCATACGCCATGGCCCTGAAGGCTGTAGGAGAGATCATTCAGGACTATGACAGTGATAAGATGTTCCCTGCTCTGGGGTTCGGGGCCAAGCTGCCCCCTGATGGACAAGTCTCCCATGAGTTCCCCTTGAATGGCAACATAGAGAACCCCTACTGCAACGGAATGGAGGGGATTCTACAAGCATACCATCAGAGTCTAAAGACTGTACAACTCTACGGACCCACCAACTTCGCTCCGGTTGTCAACCACGTGGCAAAGTACGCAGCGGCCGTACAAGACGGTTCTCAGTACTTTGTCCTGCTCATCATCACAGACGGAGTCATATCAGACATGGCCCAGACCAAGGAGGCCATTGTCAACGCTGCTAAGCTTCCAATGTCTATCATCATTGTTGGAGTCGGCCAAGCTGAGTTTGATGCCATGGTGGAGCTTGACGGTGATGACATCAGAATCTCCTCGCGAGGGAAGCTGGCAGAGAGAGACATTGTACAGttTGTTCCGTTCAGAGACTACATGGACCGGACAGGAAACCACGTGTTGAGTATGGCCCGGCTAGCCAAGGACGTCCTGGCTGAGATTCCTGAACAGCTCATCCTCTACATGAAGAGTAGAGGCATCAAACCCTGCCTCCTGCCTCCACTCAATGAGGAACCAGGCCCTGAAGACCAGGACCACGCCCAGACCACCCCTGTCTGAGCCCCAGACCTACCCCCATCTGAGGCGCCTACCCTGGGGAAGGAGGTCGCGGTAGGATGGGTGGTAGACTGGATGGTGGACCCCCCTCATGGAGGGATGCAAAACGTAAATGTGAAAATGCTTACAAGgcacttttttttctttctcatgcTGAACAAATTGATAAGACTCCATTTTGTTTGGCGTCGAGACTGTTTTGAGGGAAAAAGATGAAGATCAGGGAGTTTTCCTTTTGAGTTTCATCTCCTGACGGAAGGGCAACGAGGGGGATGAGAATTGGAGagtcacagaggaggaggagtagacggGAGAAAAACAGAGCAGTGACGTAAACTAATGTTAGACGTTGGCAGTCAGAGCTGTCAAAGTGGCGACGTAACAGGTAGCATGTTTTAGACGGAGAGGGTGTTTTTGAGTACATTAATTATTAGAGCGTGCCAGTTTGCATCACGTTTGTGTATATGATACATTCTAGAGTGGTGGTGTATGTTGGACTAAGGCATCACCTGTATAATGTCCTATCTATTGTAAGAAACTACAGCATCTATTCATGTTGGGGATAATATTTGttcttttattattatttattaatatTTTACCATCACGCTTTtttggggggaggagggggatcaATGCTATAAATGATTGTTAATTTATACTTTGAAGAGTACTGTAATATAAAGCATGTGGTAGATAGAAACTATCCAACTGTTTAGGAATAGTTGTAAAAGATCCAGATGAATGCTTTTACCTTTTGGATTGTGACAGTTTGTTTACACAGATGATCGGATGTTTGTATGATCGTTTAACGTCAGGCACCCTGTACAAGACATACTTACCCTATATATTTACAATAGGCATCAACAAAATGCACTAACAGTCCAAATAAAAAGCACAAAGGTCATATTCAATACATATATTGATCAAGTGAAATATATACCACAATTATATACTAGCGACCAACAGTTACCCCTCAAAGACAATGGAAAGGATTGCACAGCAACAAAATGTCTTCCAGTTCTAGAACGTTGTCATGAATGAGAATGAATCTAGAATCTAGTTTACTTCACATTCTGCGTTATTATTGTTTACACATCCCCTCGTACAACGACCAGAGCCACATCTTCAAAAGGCATAGTATGTCCATAGTATTAGTATGCAGCGATGTATGTCgtctagctagctgcattcacaCATATATTGGTTGGTATAATCCTTCTCGTTGTATTTTGTATAATCCTTCTCGTATGATGTTGTTGATTCTGTTTGATTCTTTCTTTAACCTCTGCACACCGTGCCATGGAAATTCTTAGTGTATATAGAGCACAGAGAAGGCAACAGATGTTGATGAAACACCTTTtgattactagaaacaaacttGGTTTACCCTTTTATCAGTGGAtgaattgtcagagtagaggaccttgtgcatttcaggtaaaataacaatccaatgtttatatcccaggacaaattagttagcaacagcaagctagctagctaaattgctatgaatgtttaatgcttttcaaactgtccccaaattaatagaGTTGGTTCAAACTTCGTTTTGAATATTTCAAACTGCGTGTCATGATCGCTCGCGTCTGGTGTGGATAGACAAGATCAACATGCACGATGGCGTACTCGGACAAACGCGCGTgcccggtctagtcagcatgtaaGAAGTCATTAAAATGGAGTCGATAGAAACAGTAACTGCATAAAGAGCAGTTGATACAGTGTACAATCTATTTTACTCACTTCATCTGGACTACTGATACTGATTTCAAACTTGCTGCCAGGGATGTATTGCCATCTTTAATTTAAGTTGTTGATATATATGTGACCGACTGGGGTTCAAATCTGGGTTTCCTATAcaccacaagactgtgttagcccgctGAGATAAAGCAGTTAGCTCAAGTAGCCAACGCAAGTCTTCAAGTTTCGGACAAGGTTACTCATCGTGTGTGCGTTGTTCCAAAACACATTTGAcgttttttgtcatttagcagacgctcaaGAGCAATTATTGACAgctttttcacctagtcggcttggggattcgattCCAGCGTCATTTAGGTCTCTgccccaacgctcttaactgctaggctacctgccgccctgttATATCTAGTCACGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTATTGATGTAGTTCCACGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCACGTTTAAGTTATTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTATTGATGTAGTGCCACGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTGCCACGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCACGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTATTGATGTAGTGCCACGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATCTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATCTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTTCCATGTTTAAGTTGTTGATGTAGTT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K24523 CPNE5_8_9; copine 5/8/9

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1606046 lncRNA downstream 75288 70463670 ~ 70466262 (-) True G1406100
TU1606043 lncRNA downstream 79027 70461689 ~ 70462523 (-) True G1406099
TU1606042 lncRNA downstream 82998 70455694 ~ 70458552 (-) True LOC118939579
TU1606039 lncRNA downstream 85327 70453887 ~ 70456223 (-) True G1406097
TU1606033 lncRNA downstream 88232 70452235 ~ 70453318 (-) True G1406091
TU1606195 lncRNA upstream 595 70754757 ~ 70754978 (-) True G1406238
TU1606201 lncRNA upstream 3499 70757661 ~ 70757947 (-) True G1406244
TU1606232 lncRNA upstream 30594 70784756 ~ 70785451 (-) True G1406274
TU1606240 lncRNA upstream 37638 70791800 ~ 70792201 (-) True G1406282
TU1606251 lncRNA upstream 44838 70799000 ~ 70799216 (-) True G1406293
XR_005036615.1 mRNA downstream 82991 70457921 ~ 70458559 (-) False LOC118939579
XM_021567100.2 mRNA downstream 115515 70423905 ~ 70426035 (-) True tmed4
XM_021567099.2 mRNA downstream 115516 70422429 ~ 70426034 (-) False tmed4
XM_036947691.1 mRNA downstream 259311 70229839 ~ 70282239 (-) True LOC110492649
XM_036947694.1 mRNA downstream 262530 70229839 ~ 70279020 (-) False LOC110492649
trnat-agu-43 mRNA upstream 249189 71003351 ~ 71003424 (-) True trnat-agu-43
trnah-gug-30 mRNA upstream 250209 71004371 ~ 71004442 (-) True trnah-gug-30
trnat-agu-44 mRNA upstream 250565 71004727 ~ 71004800 (-) True trnat-agu-44
trnah-gug-31 mRNA upstream 251585 71005747 ~ 71005818 (-) True trnah-gug-31
trnah-gug-32 mRNA upstream 252961 71007123 ~ 71007194 (-) True trnah-gug-32
TU1605893 other downstream 320294 70219877 ~ 70221256 (-) True LOC110492660
TU1605761 other downstream 446009 70078657 ~ 70095541 (-) True G1405917
TU1604821 other downstream 1023437 69517755 ~ 69518113 (-) True G1405172
TU1604630 other downstream 1261191 69277827 ~ 69280359 (-) True G1405016
TU1604570 other downstream 1334392 69203286 ~ 69207158 (-) True G1404974
TU1606514 other upstream 506160 71260322 ~ 71260817 (-) True G1406514
TU1606849 other upstream 748317 71502479 ~ 71527677 (-) False G1406752
TU1606887 other upstream 774917 71529079 ~ 71545845 (-) False G1406752
TU1606851 other upstream 780403 71534565 ~ 71544501 (-) False G1406752
TU1606876 other upstream 782150 71536312 ~ 71545845 (-) False G1406752

Expression Profile