RNA id: TU1596648


Basic Information

Item Value
RNA id TU1596648
length 3970
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G1398132
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 61808397 ~ 61812453 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

TTAGATGTGTGTTAAAACTCCAGTCCAGAAACACAACTGCCTCAAACTACTGTGAGGGTTGAGTGTTTGACAGTTGGTCATTAGTTATACACAGTCGCTGACTGACTTTTTTCAAtcctaaatagtgtgtgatatgAGAGGTAGTTTGACTGCATTTCCCGTCCATGGTATACAAAGATATTGAATGGAGtgtaaatggattaaatgtaaacGTAGCACAAATATAGCAAAACAAGAAGACAGAAATATACACAACCTGTTTTCTCCATCATTCCATCTGTAGATTGTTGATTCAACTGTGATCCATTTGAATGGTTTGTTTCATATCAGGTTTGTAGGGGTTTTGTATGAGAACCATGGATATGCTGTATTGTACAGTAATATCCTAGTGTATGTTTGGGTCTACGTTGGATTGGGGAACATTTATCCCACAATCCCAAAAGACATACACTTTTGTGCCCAAACTTTAAGATGGGGGCTTGTTCTTGAGTATTTGGAGCGTATAATTAGAATTTAGAATACTggaatggacatgaaccttcttatgatgggATGAAGGTCAGCCATTTTGATCAGGGAGTTGGTAAACCATGGTTTGCTGGTGCTGTGATAAGATAGTTGGTAAAATAATGAATATGAAGAATTTTAGAGGAATGATTCAATCATTTTTTTTCAAATTAACTACCAATatcccaacattccattcaaacaatgcagtcaatccacagccatacactTTCTGGaatcagttgatgataggacttagacaagttgtaaatgcaacaagtactgatattgtattaCATAATAGCACTCTCAGCTTTACAAGAAAACCAAAAATAAGACATTTATagtctgtttacatatattttagaggctatGTATTCTGAAAATTTGGTATAAAACCTgtataaactgtatttatttCTCCCTGATCAATAATGGCTACCATTTTCACGCCATTCTGGAACTTCAAGGTTTTATGACATAAaccctctagtaatttaataggacctctggcccctctagtaatttaataggatctttagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatctctagccCCTCTAGTAATGTAATAGGAGCTctagcccctctagtaatttaataggatctctggcccctctagtaatttaataggatctttagcccctctagtaatttaataggatatctagcccctctagtaatttaataggatatttagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatctttagcccctctagtaatttaataggatctttagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatctctagccCCTCTAGTAATGTAATAGGAGCTctagcccctctagtaatttaataggatatttagcccctctagtaatttaataggatctttaGCCCCTCTAGTAATGTAATAGGAGCTctagcccctctagtaatttaataggatatctagcccctctagtaatttaataggatctttagcccctctagtaatttaataggatctctagccCCTCTAGTAAAGTAATAGGATCTctagcccctctagtaatttaataggatctttagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatctctaacccctctagtaatttaataggatctctaacccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatgtCTAGCCCCTCTAGTAATGTAATAGGATCTctagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatctctagccCCTCTAGTAATGTAATAGGATCTCTAGCCCCTCTAGTAAAGTAATAGGATCTCTAGCCCCTCTAGTAAAGTAATAGGATCTctagcccctctagtaatttaataggacctctagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaatagggtctatagcccctctagtaatttaataggatctttagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttcATAGGAGCTctagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggacctctggcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggaactctagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaataggatctctagcccctctagtaatttaatagaaTCTATAacccctctagtaatttaattGGATCTCTAacccctctagtaatttaataggatctctatgattTGGACTTTCTGTTGCCAATTGTGTAACTGCATTGGCTGTGTCACTTTAGGAATATGATGGAGTTGCCGTAGACACTGATCTAAGCTCAGTTTTGTGTTTCATTTCTTTTAAAGTTTTGAGAAGGggcaactgatcctagatctgtgcgtAAGAGCACCTTCTCCCTGGCCCATCCCCTTCTGTTTTGTTACTATGTACCTCTACCGCCCCCTGCTGTTGAATGTGGTCATGTACACATTAAATACTGCTGAATATGTTTGTGTTCTTCACTTGAACAAATCCCTCATCTTTGTCATTTAGGCTTTCATGGCATATTGTTCATTGATAAGTTACAAAAAAACAGTTAAGGATATTTTCCATTGGCCTACTGGACAAAGGACCCATAGAAAGGTCCAGGATACTGCCCTGCATGTATGTACGTGTATATGACTATACTTCTTTATCTCCACATTATCCATGCAGTCTTATACTTAACATCGTTCAGAAGAACTAATGTATTCCTTTATTTCTGTAGCCTCTAAGctcaattgtttttattttttttataatttgtCTTATCTGCTGAGACATGAATGCAAtgatttaaccttttttttaaatcaaagctTGTTTTCTACCTTATCAAAAGAGCCTTGAACACAGAACATAGGAGGATTTGAATTTGGTTTGATCTTGTTTCCAGCAGCATCTGATCAACATGCTCTTATCCCGTGTGGTATTGTGGGTTTGGAAGACAGGCTGCTCATTTGATGATATTGAAATCACAGCTCTTTCTCGCAACTGATATGGGCTTGATAGGAATTCTATTGCAGAACGGTGGTGCAACAATGATAATAGTAAACCATGGACTGTCTCAAATGATatcctaaagtagtgcactatataggtaataggatATCATTATTTCAAGAGAGGGCAATATTAAAGAACATTCATATAGAGATGTCTTGTGCAGAATAGCCATTCTGTCATAGATATTGCCAGCTCTATACATTACATTTCCTTCTGTAATATTGTATGTTGGACTCCAGTGAGTAAACCCCAAGTTTATCAATACCAAGCTTGGCTTATCTGTCAGTACTGATGAACATACTGTAGGATCAGCTACAATTTAATAACTATAGCCAGGATCCTTATCAGAAATGAACACACACTGCGCCTCATctcttgattaaaaaaaatgaatagcTTGAAGACAACTAAAGTAATTTGATTTATGGGAACAATTCTTCCTTTTAATGCAATGCAGCCTCTCCGACAGGGAATGGAAGAGCCACACCTGGCATTAGAGTTGGTTGGGGCCTATTGTGGTGGCGTAATGGATACCACTGAAAGAGTCCACCTCTTTGTAGATAATTCTGTGTCTTTGTATAGGAAAGTGGGGGAAAAGCTTTTTGTATTTCTCTTCATTTTGTGTCCTCTGTAGTCCCCATCACATGTGACTCAATTATGTTATCCTATTTGTCC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1596641 lncRNA downstream 8660 61799318 ~ 61799737 (-) True G1398126
TU1596634 lncRNA downstream 30295 61773202 ~ 61778102 (-) True G1398120
TU1596635 lncRNA downstream 30379 61773041 ~ 61778018 (-) False G1398120
TU1596629 lncRNA downstream 45160 61762525 ~ 61763237 (-) True G1398118
TU1596627 lncRNA downstream 50507 61755971 ~ 61757890 (-) True G1398116
TU1596650 lncRNA upstream 1431 61813884 ~ 61814480 (-) False G1398133
TU1596651 lncRNA upstream 1763 61814216 ~ 61814480 (-) True G1398133
TU1596660 lncRNA upstream 16027 61828480 ~ 61828761 (-) True G1398142
TU1596703 lncRNA upstream 100749 61913202 ~ 61913587 (-) True G1398185
TU1596749 lncRNA upstream 169225 61981678 ~ 61981894 (-) True G1398231
XM_021566868.2 mRNA downstream 11682 61779118 ~ 61796715 (-) True LOC110492496
XM_021566866.2 mRNA downstream 11690 61779118 ~ 61796707 (-) False LOC110492496
XM_021566869.2 mRNA downstream 11691 61779118 ~ 61796706 (-) False LOC110492496
XM_021566892.2 mRNA downstream 119318 61687247 ~ 61689079 (-) True LOC110492507
XM_021566895.2 mRNA downstream 206974 61595093 ~ 61601423 (-) True LOC110492509
XM_021566897.2 mRNA upstream 2091 61814544 ~ 61941054 (-) False LOC110492510
XM_036947507.1 mRNA upstream 2091 61814544 ~ 61941054 (-) False LOC110492510
XM_036947509.1 mRNA upstream 2091 61814544 ~ 61943821 (-) False LOC110492510
XM_036947508.1 mRNA upstream 4102 61816555 ~ 61941055 (-) True LOC110492510
XM_036947514.1 mRNA upstream 368776 62181229 ~ 62311172 (-) False LOC110529871
TU1594840 other downstream 1053526 60753105 ~ 60754871 (-) True abhd6b
TU1594806 other downstream 1114361 60693609 ~ 60694036 (-) True G1396543
TU1594786 other downstream 1144881 60661556 ~ 60663516 (-) False LOC118939463
TU1594716 other downstream 1226362 60554756 ~ 60582035 (-) False G1396467
TU1597246 other upstream 922290 62734743 ~ 62735569 (-) True G1398619
TU1597892 other upstream 1386666 63199119 ~ 63292201 (-) True G1399235
TU1598025 other upstream 1572396 63384849 ~ 63385262 (-) True G1399367
TU1599309 other upstream 2290917 64103370 ~ 64105039 (-) True G1400503
TU1599365 other upstream 2444473 64256926 ~ 64257433 (-) True G1400552

Expression Profile