RNA id: TCONS_00046144


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00046144
length 5742
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_023327
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 11058151 ~ 11069237 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AATTAAAAGTAATGTAACAGCATAATATATACATGTTCATATGCCATATCATTAAGCATTACATATCTTTCTTTTACCAATGCATCAATTGCCAGATTATTGTTAGACCCCCAAAAATAATAATGTCTTGGACCCTTACAGCTGATGACCGACTTGACCCTGAGGAAGATAAACAATTGGCAGCAGCCACCCGTGAGGCTAACCGTCTCCCAGAGCTCCGTCTGATCCTGCTTGGCTGGAGATGGCCAGGTAAAAGCCTGACTGGCAATACTATTCTGGGCCGTGAAGAGTTTCGTCTGGAACGAGCAGCTGAATTCTGTGTGAAACGTGAAACCGAGATCGATTTGCGCCAAGTAACGGTAGTAGACACTCCTGGCTGGTTCTCAGCCCAGACCACACCAGCAGACTATCAGCAGGAGATGGTACGAAGCGTTAGCATGTTGCAACCTGGACCCCACGCATTCCTGCTGGTCATACCAGTGGGCATGTTCACCGAAACGGACCGCGCTCGTATAGAAGAGAACTTGGCTTTGTTTGGTGAGGACGTGTGGAAGCACACCTTGGTGGTGTTCACCTGGGCTGAGATTTTGAAGGACAGGTCTATAGAAAGGCATATACGAAGAGAAGGTCGTGACCTTCAGTGGGTGCTGGACAAATGTAAGAAGAGATATCATGTGATCAATAACTATATTTTTGGTGAGCACCCACAGCTGCCTCAGCTGATGGAGAAGGTTGAGAAGATTGTAGCTGAAGAGGGCGGCTGCTTCATCCTCAAGCAAGacgaaataaaaacacaaaatcaaCTTCAAAGTCTAAATCTAAATTCCAATTCTGTGAAGGAGAACAGGGAACTTGGGGCTAGACCAAAACAGAATGGATCCTGCAACTCACTGCGGTCAATGGATGTGGATCCTCCACAAAATTTGGTTGAAGAAGTGAGTGACTAACGCTGTGTGAACCGATCCAGTGCTGCTGCACTCATTACCTCAATTCCATTCGCACTTAATTGTGTCTAAATTATTATTcccatatacagtttaagtcaaaattattcgccctccagtgaatcatttttctttttcaaatattttccaaatggtgtttaacagagcaaggaatttttttcacagtattttctatattattttaccctctggagaaagtcttatttgatcaatttcggctagattaaaaacattcattcattcattttcttttcggcttagtccctttaataattcaCGGTCACAGTGGAAtcaactgccaactaatccagcacgtttttacgcagcggatggaattccagccgcaacccatccttgggaaacatccagacacacttatactctacagacaatttagcctacccaattcacctttacagcatgtttttggactgtgggagaaaccggagcacccggaggaaacccacacaaacgcagggagaacatgcaaactccacacagaaacgccaactgaccaagccgaggctcgaaccagcgaccttcttgctgtgaggcaacaacactacctactgcgccactgtgttgctgATTAAAAACTACTAAGGTCAATTGTCTACAGTAAAATCCACTCTTATACAACGATTGCCtaaatacaataacttgcctagttaacctaattaacccagttaagcctttaaatgtcacttcaagctgaatactatttttttaaatatatctagtaaaattttatgCACCATACCatcaaagatgaaataaattaattattagttatataaattatttaatagaaCTATTattgttagaaatgtgttgaaaaatattgggccctatcatacacccgacacaataaggcgcaagacgtgttcgtcccgtgttgctattttcagaccaacgcaaccttTATTCTCCCATTTTcggccacgttgtttaaatagccaaTCTATtcgtgccactttgtggactcataggtgtTTCGGTCTATAAAAGAgctgtgttaaggcgcattgttggcgcataGCTACAACTACAAGTTGTAGGTCTTACAGAAGGCAAATGTCCCtttttgaccttattcttcatgtaCCATCAGGCACGGCCATTTGAATCTCTTTGGCGCgtagctattttgaggaactaataGACTAGAACTAATTGAGGaagcaatagaccagctgaaagcaggtccaatgtccagcgcagagcatgttagttgtgcgcctcacttacacattgcttaaaacacgctGGATGCACAGCAAGacagaaatatctttacatataaaaaaagaattaaaggattaaaatatttcaaaagatgttactttctacataaatataaaaacaatacctccatgccttcttcatctcgaggtgctttttttactttattcatgacaacttgcttgctatgctattattattagcagtattatttattatgtgcatatttatattttatatcaaaagcaagcttagatttgtccacttgtcaggttttggaTCATATGGGGCATTACATGTCTGTTTGGATATAACTaaattttttgaccacacttggttaatattgttcatgtattcctttgctggaaattaaaactgaatttagaaatagttttacaacaaatctttgcgcttaacaaacaaaatacttacgtagactaatggatgtctgtgcataggCTGAAACACCGTTTTCGtatccacaaaagagagaaagtaaaagtacaggCCGATTGGAGCAGGcttattctttatcctcgtgctgcagatgatctgtttaactgttttctcgctagtgaagcattcagtttttccacttacaaagtccaccatgtaaatagcaaatgcaccataggtgcaactgactcttaaagggaatgggagatgcgACTTTGGTtgattctcaaaacacacccataactcattaagagaataagctcaaccctgttagaccatgcgctgcggCGCAGAGCAtaattttccatccttaaaatagcaaaagtgggttGGGACACGCCTTTGTGCCCTGCTCTTTAGACTTTGCTCCTAGATCATTAGAAATAGAGTCCATTATTTTTGTTAGAAATTGGCGAAAAAATATattgaggggctaataatttacggggagctaataattttgacttcagctataTCTATAAACCAGTCCAGACAACTTCAAGTTGTAGGGCTAACAGAAGGCAAATGTCCCtttttgaccttattcttcatgtaCCATCAGGCACGGCCATTTGAATCTCTTTGGCTCGacacttccagtctcattcacttcctttcatttttagacgttaaaacagTATGTTATGgtacttgatgttgcaaactgatattttctaattatattatTCTGGCTTGTTTGCATTGTGTGTATAGTCATGGACACTTTTGTTTGTATCTCCCATATACAACTGAATTAGAGGTTCTAAATCAATCcccaaaaacgagcgcacttccgcattgaaaaataaggtcaatgtttaaactcggttctggaggaccggtgtcctagAGAGTATAGCTCCAACCCAAATctaaacacacatgaaccagctaatcaCGCTGTTACTAGATAtattagaaacttcctggcaggtgtgttaaagcaaattggagctaaactcagcaggacaccggccctcaaggaccgagtttggacaagtTGTATTTCTCAACCAATAGAGATACAACAGCACAAATTGCTGTCATCAAAAGTCAAATATGTGCAAGTAAATCAGTATACTTCATTCTTTTATCAAATGCATTTGTAAATGATTGTATATCAATATTTTAGTTACACACTGACTGAGTGAGCCACGTCTCTACACTGTGGGATACACTGATGCAGAAATCAATGAGGTAACGGAGTCATTAGTCGAACAGAAACACTTCTTGCTCATCAATTATTTGCACTAATGAGTTAGCAGTTTGGAAAATGCCTCAACCAATGCACTAATAGTTATCAGAGACTCAGATAACTGAGAAATGTCAGATAATCTGAGTCTGTTGTGCTCATTATACAATAGCATGCGTAAAAAAAGTTTCAGAAGTAGTAAATGTCCCCAATCCTCatcaaacttttttcacattcatgattttttttttgattatttttgctGCATATTATATGAGTGAATGAAATATTTACATGCCTTGAATGATGTTTTTAAGTTACTGATTTTTTTTAGGATTGCTGGgatgttttctttctgaatgtttTAATCATATGTCAAGTAAAAGTTGTTACAAATGGTTTTTGAATGCTGTAAGCAGTCTAAATATCATCATTTTCCTTGGAAGGTTTGAGTTCTTATGATTTTTGAGTGTCTGCTATTTACTGATTTACATGAATGCATTCCTTTTATATATGCTGACATTTCTGAAAGCCATAAAGAATCTTCTTCCTTGATGCCTGTGACCTTTTTTTATTATAAGCTCTCTTTATCATGAGAAGataatttatttcattcagtTTCCCTAACCTTCTAAAGCTGCAACAGATAAGTTGTTGCTGATAGGGTGAGTTTTACCGTGTTTTAATTGTTTCctccatttaaaaatatatttagcattCATTTAAATTGATCTTTTAGGTTAGTTTTTGTACACATTTTTGTtgttaatagtattaataattcaatgttaacacttttacattacattttacatttaattaaataaaaataaaatgtacatttaataaatggTTTAATTTAATTGCATTTGTGCTATAAATGTACAAAACTGTACATTTGTGACTACATTAATATATACAGCAATATACTGTATAACTACAGCACCAAGTTTCTGATTATTTCTGAAATTAATTAATAAGCATTTCATTGGTATATTCAGAGAAATGTAATCAGCCAAGAATAATATAAATGTGTTGTGTTGAAGgtatagttcacccgaaaatgtaaataatttactcactttttacttgttttaaatctttatgacatttttttcttcctttgttaaacacagaagaagact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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000190602

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00046143 lncRNA downstream 6811 11048860 ~ 11051340 (-) True XLOC_023322
TCONS_00046847 lncRNA downstream 558249 10497369 ~ 10499902 (-) True XLOC_023320
TCONS_00047159 lncRNA downstream 782493 10269856 ~ 10275658 (-) True XLOC_023318
TCONS_00046846 lncRNA downstream 1061673 9995132 ~ 9996478 (-) True XLOC_023313
TCONS_00047158 lncRNA downstream 1074352 9982279 ~ 9983799 (-) False XLOC_023312
TCONS_00046848 lncRNA upstream 806057 11874337 ~ 11875212 (-) False XLOC_023335
TCONS_00047160 lncRNA upstream 806070 11874350 ~ 11874811 (-) True XLOC_023335
TCONS_00046160 lncRNA upstream 1060225 12128505 ~ 12129456 (-) True XLOC_023337
TCONS_00047161 lncRNA upstream 1528258 12596538 ~ 12601729 (-) True XLOC_023339
TCONS_00047162 lncRNA upstream 1673656 12741936 ~ 12744908 (-) False XLOC_023341
TCONS_00046135 mRNA downstream 846 10897768 ~ 11057305 (-) False XLOC_023322
TCONS_00046136 mRNA downstream 7424 10902136 ~ 11050727 (-) False XLOC_023322
TCONS_00046133 mRNA downstream 8081 10897768 ~ 11050070 (-) False XLOC_023322
TCONS_00046134 mRNA downstream 8081 10897768 ~ 11050070 (-) False XLOC_023322
TCONS_00046132 mRNA downstream 8081 10897768 ~ 11050070 (-) False XLOC_023322
TCONS_00046146 mRNA upstream 1830 11070110 ~ 11076400 (-) True XLOC_023328
TCONS_00046147 mRNA upstream 43833 11112113 ~ 11325849 (-) False XLOC_023329
TCONS_00046148 mRNA upstream 56253 11124533 ~ 11127493 (-) False XLOC_023329
TCONS_00046149 mRNA upstream 82496 11150776 ~ 11309477 (-) True XLOC_023329
TCONS_00046150 mRNA upstream 282050 11350330 ~ 11446166 (-) False XLOC_023330
TCONS_00046142 other downstream 9591 11048446 ~ 11048560 (-) True XLOC_023326
TCONS_00046141 other downstream 46600 11011436 ~ 11011551 (-) True XLOC_023325
TCONS_00046140 other downstream 110006 10948064 ~ 10948145 (-) True XLOC_023324
TCONS_00046137 other downstream 152865 10905172 ~ 10905286 (-) True XLOC_023323
TCONS_00046123 other downstream 681150 10349147 ~ 10377001 (-) False XLOC_023319
TCONS_00046151 other upstream 343542 11411822 ~ 11411941 (-) True XLOC_023331
TCONS_00046161 other upstream 1086827 12155107 ~ 12156644 (-) True XLOC_023338
TCONS_00046184 other upstream 2541318 13609598 ~ 13609714 (-) True XLOC_023354
TCONS_00046187 other upstream 3465562 14533842 ~ 14536411 (-) True XLOC_023357
TCONS_00046200 other upstream 4145591 15213871 ~ 15213985 (-) True XLOC_023362

Expression Profile

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