RNA id: TU1713952


Basic Information

Item Value
RNA id TU1713952
length 1547
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 2
gene id G1499225
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 84914942 ~ 84916728 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggcgtcaatatgccacacacacaatatgtaTGCGCGTGTGTACACAGAAAATTTGCAGGTGTTAAAATCTCGTTGTAAAGGTGAAAAGTGTCATGAGTCTTCTACATACCTGAGCGTTGATGctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaatACCAGTGtcatatctgagtgttgattctagtggggttaatACCAGTGtcatatctgagtgttgattctagtgcggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtgaGGTTAACACTagtgttatatctgagtgttgattctagtgcggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattatagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgggtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttataactgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaaaaccagtgttatatctgagtgttgattctagtgaggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgggtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttataactgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtggggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagtgaggttaacaccagtgttatatctgagtgttgattctagttGATTctaatcttctgtataccacccctatcttgtcacaacacaactgattggttcaaacgcattaagaaagaaagacattccacaaatttacttttaagaaggcacaccgtttcattgaaatgcattccaggtgattacctcttgaagctggttgagagaatgccaagagtgtacaaagctgttatcaatatattttgatttgtttaacactttttttggttacaacatgattccatatgtg

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1713940 lncRNA upstream 21970 84892733 ~ 84892972 (+) True G1499215
TU1713916 lncRNA upstream 78406 84827206 ~ 84836536 (+) True G1499197
TU1713897 lncRNA upstream 141773 84772884 ~ 84773169 (+) True G1499180
TU1713894 lncRNA upstream 144963 84769648 ~ 84769979 (+) True G1499177
TU1713886 lncRNA upstream 176755 84737312 ~ 84738187 (+) True G1499169
TU1713969 lncRNA downstream 40928 84957656 ~ 84958022 (+) True G1499238
TU1713990 lncRNA downstream 84959 85001687 ~ 85001910 (+) True G1499257
TU1713991 lncRNA downstream 85445 85002173 ~ 85002501 (+) True G1499258
TU1714010 lncRNA downstream 108643 85025371 ~ 85028920 (+) True G1499266
TU1714003 lncRNA downstream 113221 85029949 ~ 85033529 (+) False G1499263
XM_021570098.2 mRNA upstream 35682 84871814 ~ 84879260 (+) True aurka
XM_021570097.2 mRNA upstream 45560 84858685 ~ 84869382 (+) False LOC110494766
XM_036950824.1 mRNA upstream 45560 84859219 ~ 84869382 (+) True LOC110494766
XM_021570096.2 mRNA upstream 57473 84853325 ~ 84857469 (+) True LOC110494765
XM_021570095.2 mRNA upstream 66591 84840517 ~ 84848351 (+) True ddx19
XR_005037091.1 mRNA downstream 31617 84948345 ~ 84950742 (+) True LOC118940501
XM_036950828.1 mRNA downstream 125445 85042173 ~ 85212327 (+) False LOC118940502
XM_036950829.1 mRNA downstream 125445 85042173 ~ 85212327 (+) True LOC118940502
XM_021570101.2 mRNA downstream 312963 85229691 ~ 85241799 (+) False fam210b
XM_036950831.1 mRNA downstream 313342 85230070 ~ 85241799 (+) False fam210b
TU1713850 other upstream 103757 84810531 ~ 84811185 (+) True G1499159
TU1713884 other upstream 122442 84789132 ~ 84792500 (+) True LOC110493283
TU1713482 other upstream 229559 84677540 ~ 84685383 (+) True LOC110493280
TU1713564 other upstream 349335 84544590 ~ 84565607 (+) False G1498912
TU1713565 other upstream 360713 84527765 ~ 84554229 (+) False G1498912
TU1714100 other downstream 298065 85214793 ~ 85216073 (+) True G1499347
TU1714110 other downstream 352398 85269126 ~ 85288116 (+) False LOC110494772
TU1714111 other downstream 352398 85269126 ~ 85287417 (+) False LOC110494772
TU1714112 other downstream 352398 85269126 ~ 85288116 (+) False LOC110494772
TU1714113 other downstream 352398 85269126 ~ 85288116 (+) False LOC110494772

Expression Profile