RNA id: TU1718044


Basic Information

Item Value
RNA id TU1718044
length 1859
RNA type TUCP
GC content 0.39
exon number 3
gene id G1502566
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 88550366 ~ 88552831 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

CAGCTAGATAATGTTCTATCTACAGTATGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAgataatgttgtatctacagtatggtCCAGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAgataatgttgtatctacagtatggtCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGACCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGACCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATAATGTATCTACAATATGGTCCTGTCTAAGGAGTGATCAGCTAGATAATGATGTATCTACAATATGGTCTTGTCTAAGGAGTGATCAGCTAGATAATGATGTATCTACAATATGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAgataatgttgtatctacagtatggtCCAGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAgataatgttgtatctacagtatggtCCAGTCTAGTGAGTGATCAAATAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATGATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCATGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTATAATGAGTAATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAgataatgttgtatctacagtatggtCCAGTCTAATGAGTGATCAGCTAgataatgttgtatctacagtatggtCCAGTCTAGTGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGGTAATGTTGTATCTCTGATTCTGTCTAATGAGTAATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAAGGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGCATTGCTGGTCCTGTCTAATGAGTAATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATATTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTAATCAGCTAGATAATGCTGTGTCTTTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTAATCAGCTAGATAATGTTGTGTCTTTGGTCCTGTCAAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTGTCTTTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTTGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTACTGAGTGATCAGCTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCAGCTAGATAATGTTTTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTAATCAGCTAGATAATGTTTTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGCTCATTTAGATAATGTTGTATCTCTGGTCCTGTCTAATGAGTGATCCGCTAAACGTTGGTGACTGCATCAAGTCAGTCAATGGCATCAACC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1718039 lncRNA downstream 7093 88542888 ~ 88543273 (-) True G1502561
TU1718016 lncRNA downstream 14902 88484936 ~ 88535464 (-) True G1502539
TU1718013 lncRNA downstream 66681 88482851 ~ 88483685 (-) True G1502537
TU1718008 lncRNA downstream 77266 88472857 ~ 88473100 (-) True G1502533
TU1718003 lncRNA downstream 98596 88451510 ~ 88451770 (-) True G1502528
TU1718054 lncRNA upstream 17561 88570392 ~ 88570597 (-) True G1502576
TU1718072 lncRNA upstream 51344 88604175 ~ 88605272 (-) True G1502587
TU1718074 lncRNA upstream 57881 88610712 ~ 88611461 (-) True G1502588
TU1718086 lncRNA upstream 80045 88632876 ~ 88633098 (-) True G1502599
TU1718090 lncRNA upstream 84233 88637064 ~ 88638415 (-) True G1502603
XM_021570146.2 mRNA downstream 304861 88233684 ~ 88245505 (-) True zgc:171566
XM_021570147.2 mRNA downstream 366609 88181683 ~ 88183757 (-) False LOC110494815
NM_001165127.1 mRNA downstream 375021 88162116 ~ 88175345 (-) False dnsl3
XM_036950920.1 mRNA downstream 391362 88144616 ~ 88159004 (-) True LOC110493297
XM_036950913.1 mRNA downstream 1042778 87494104 ~ 87507588 (-) True LOC110495200
LOC110493292 mRNA upstream 320089 88872920 ~ 88877452 (-) False LOC110493292
XM_036950931.1 mRNA upstream 349027 88901858 ~ 88907612 (-) False LOC118940510
XM_036950929.1 mRNA upstream 349027 88901858 ~ 88907675 (-) True LOC118940510
XM_036950943.1 mRNA upstream 1024741 89577572 ~ 89658569 (-) False pcbp4
XM_036950944.1 mRNA upstream 1024741 89577572 ~ 89725807 (-) False pcbp4
TU1717937 other downstream 124861 88358152 ~ 88425505 (-) False G1502489
TU1717938 other downstream 124861 88418999 ~ 88425505 (-) False G1502489
TU1717411 other downstream 375020 88162278 ~ 88175346 (-) False dnsl3
TU1717412 other downstream 385824 88162278 ~ 88164542 (-) True dnsl3
TU1717031 other downstream 1154531 87394780 ~ 87395835 (-) True G1501745
TU1718207 other upstream 319944 88872775 ~ 88874526 (-) True LOC110493292
TU1719190 other upstream 1023130 89575961 ~ 89578851 (-) True pcbp4
TU1719292 other upstream 1133584 89686415 ~ 89686877 (-) True G1503624
TU1721876 other upstream 3562462 92115293 ~ 92170717 (-) True G1505789
TU1722385 other upstream 3785222 92338053 ~ 92339443 (-) True G1506160

Expression Profile