RNA id: TCONS_00049222


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049222
length 3849
lncRNA type inter_gene
GC content 0.33
exon number 1
gene id XLOC_024031
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 18920543 ~ 18924391 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATCATTTTTCTTTATATCGTCAGAAAGTAAATCTGGAGCATCTGGTCACAGTTAAAATCCATTTGTCAAATTACTGTTTGATGTTTTAATCTTTTATTGAAAGCAATCTTTACCTCAGAAAATACAGAGAGATATTGGTGGGATTCTGTTTTAGGATAATCATTTGTATATGGTTATTGACATTCAAAAAAATAAGGAAAGTAAAATCACAAAACAatcaattataattaatttgcttacatttgtaataaataaaatacacttcAAATAAAGGTTTTAAACATCCAGCCATCTGAACAAGTACCATTCAGTATCAAAAAAAACAATCTAACAAAACAAATCTGTTCGTGTGCGTTCTTCATTTTGACAAAGCCAAATAAATCCCCTTTAATACGtgacttcaaaacaatattcATATATAGTCTACACCACTTTCAATATACTGAAATGATACAAACatcaaaaatatgtttaacatCAGCAAAAATGCCCTACAGACAAACATGTCAAACAAAAAGGAATACAATATGCTCTTTCAGTGTAAAAGTCACAAGAATCTCTTATATGTTGCTATAATGTTGATTTATAATCATATACACACTGTCGACATCTGACTAAAGCACACAATAGACTTCAAAAATCTGAAACCACGATTCAGAATCTAATTTAAAGCAGGAAAGCTTTAGGATTTTTAAacattggattaaaaaaaatctagtgtGTATTTAGATGAAACATTTGACACATTTTTATATGCtgaatgtacttttaaaaatatcatCACGACTGCTGAGTTACTGGATTTCCTTACTAATAGGTCTCAGAGGGTTAGGGTTAACAGTATTCTGTCAGATCCTATGACTATCACCACAGGGGTGTGTTCTTTCTCCTCTCCTTTACATCCTATTCACAAATGAGTTTCGTAGTCCCTTTAAAAAAATGGTACATTTGTAGGTTTGCAGATGACATCGTTATTGTAAGTTTGTTGGTTGGTGAGGAGGAAGAACATGGACCTGTCGTTGAGTATTTTACAAATTGGTGTCGAGAGGCTGATCTAAATTTGAACACAGAGGAGATGTGCATTGACCTGTGGTGGAAGCAAGAATTAGTTCTAGGTAATATACTGTAGTTGACAATCACcagataataaattaaatttgaatgaaAATACTGAAAGACTATGTAGGACTGGCCAACAAAGTCTTTATTTTCTGCAAAAATTAGCAAAGTTTAATATTGATTGGACTCTTATGGTGGCATTTTATAAGGCCAATAGAGAATCCATTTGAACCTTTTCAATGATTTGTTGGTTTGCTTTTTTAAAGGTTAAATAGAAGAACTAAAAACCTGAACTTTAAATACCTGCAGTAAAGTATTAGGAGTAAAAGTGCCAGGATTATCCTATTTGTAAGAAATCCAGgtggtattgaccttattctccgccgacgagtgggtgctgccatttgaatctttttggcttgagatcTCCGGTCTCAttcatttccattcatttttagacattaaaaactgctcattatgctgcttgatgttgcaaattgatattttcttgttattttattctacttggtctgtatagtcatgcaaacatttgtttgtagagcaagtagtttgaccgttttctgccgtttattattcctagtcatttctcccattggtgactgaatcggaagttctaagacaatcgcgaaaacaggcgcacttccgcattttagaataaggtcaatagaaagCCCATCAGATTACATCTGATATATCCCATCCTCTTTTTGATTCATTTCAAATCCTTCCCTCAGGATCTCGGGTACCTTTGGTAAGGATCACCAGATTTAAATGGTCATTTGTTCTTCGTGCGATTGATTTGCTGAATTTTAATGGGAAGGTAGTTGCTGCTTTTAGTactattaatgttgtttaatgtttgtctTAAGTGTGtggttttttatgtgttgtaaatttattatGCTGCAGAACAAATCGCCCCAAAAggggacaataaagtttacagtaacaGTAAATCGCTTAATGTAGGcctacttttaaaaacaaaaataatgaatgtaaaaaaaaaatcaataatgaaaaGATATTTAATAGCGAATTTCAAATTTGAACaggatttaaataaatacataaatattgattaaaaaatgacgtaaacttttgaacagtagtgtgtATTTTTGAGTGGTCTCATATTTTTGAAGCCTAATGTACATTAAATATACACTGCTAAACAAAACATGTAAggctttttaaaactttaaaacaccAAATTACTTTCCAATAACCTTAAGACGAATATATAGAGTCTAACTGTCTGTCTTCCTGAGAGTTTCCTGTTTGGTTCAAACAGAATCTGTTCTTCATTAGTTTTCTAAGAAAATACTGCATAACCCTATACAGAATCTACTAAACTCCTCAATATGTACATTCAATCCCATATTTTCTGTCAAGTATATTTTCTCGTAGTTTTTCGATAAGGTGGATGTATAAAGGCAAGCGATTACACTAAGAGGCACATTAAAACAACAAGTTCCTCAAGTACTCTGGTAAATGTAAAGTCCATTCTCAACCAttgtacatataaaaataaagtatggACAGTTTGAATGGACCACAGCACAGATCTACAGTTGAATTGCATTATTTTGAAGTGACTTGCCcacatattttatgttgttttatacCTGCGAGACattttttcatctttaaataaCACATgattatatgtttaataaaatctGAGAGATTTCTTCTCCATTCAAAAGTCTGCTCACAGAAACGtagagctgtggtgaaaaatcATTCGAGAAATCAACTCTGAgatctttaaaggggtggtccagaatgtaattttaaggcttggttgtgttaataagatgcaaatcaatgtgtgctcatgtCTCACTTAAAAGAAAttgcgttattttttcataaatctcactttgattatacacagctactcagctaacatgaaaacgactgtcaaatttcctagttcctctgaaaagaccgccctcaagtgactctgattggtcatcatcataatgtaCTGCAATTCGCGGATCGACACCACGTCACGCCCGTACAAGCAcatgcttttctgctgtgtaaacagtcagtcaacctcctgcctgctcactaaaataaaatctgagaagtgtctgtaacgagtgaaaatggggtacggctcctttaagagagtttccctttgtgtgtgtgtgtaaatgtgttaaCTTTCTATCACAAGCGCATGTGTGCgggtctttctttttctttttttctttattttaggtTCAAGTGGTATTTGTAAAAAAGTGGTTGCTAGCAGAGTACGGCTGTCTCGCATTTTTGAGTAGCAGACTCGAGATTTTGACACCCTTGCGAAAAGAGGGGACcaggctcattgttcacattaacacactcataattACATGACTTAAAATGACAAAGACTGAGATTCTACTTGCAttttatctttttgttttgtaatgattgatatgagcatattaatacaagctcaaatgagattgttgtgTACTTGACTCAATTTATATAACaattgctggttaaatgtgttaatttttgtcatagaatatatTTTTCATGCACACATTCACGATTTCACGAAGATTTGTGGTTTCAtcaagttttatgatgattgatctgtatattctaaaagcagTGCAAATTAGATTAGTGTAAATTTGAATGAATTATAAACTTcaagaattatttttaatgtgttgatattaatttttaattttatttataaataattatataaaatctTATATTCTCcattgtaaaaatattacattattgtta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047684 lncRNA upstream 34974 18884678 ~ 18885569 (+) True XLOC_024029
TCONS_00049221 lncRNA upstream 175514 18744021 ~ 18745029 (+) True XLOC_024027
TCONS_00049220 lncRNA upstream 559255 18359028 ~ 18361288 (+) True XLOC_024020
TCONS_00049218 lncRNA upstream 605616 18309315 ~ 18314927 (+) False XLOC_024019
TCONS_00049219 lncRNA upstream 605616 18309359 ~ 18314927 (+) True XLOC_024019
TCONS_00049224 lncRNA downstream 431953 19356344 ~ 19362087 (+) True XLOC_024040
TCONS_00049225 lncRNA downstream 519560 19443951 ~ 19445512 (+) True XLOC_024041
TCONS_00047713 lncRNA downstream 627935 19552326 ~ 19556276 (+) True XLOC_024044
TCONS_00047728 lncRNA downstream 809769 19734160 ~ 19739965 (+) False XLOC_024051
TCONS_00047734 lncRNA downstream 946481 19870872 ~ 19883530 (+) False XLOC_024054
TCONS_00047685 mRNA upstream 13672 18889332 ~ 18906871 (+) True XLOC_024030
TCONS_00047682 mRNA upstream 31542 18877675 ~ 18889001 (+) False XLOC_024028
TCONS_00047683 mRNA upstream 32158 18878249 ~ 18888385 (+) True XLOC_024028
TCONS_00047681 mRNA upstream 199246 18711804 ~ 18721297 (+) True XLOC_024026
TCONS_00047679 mRNA upstream 241472 18583877 ~ 18679071 (+) False XLOC_024025
TCONS_00047687 mRNA downstream 29184 18953575 ~ 18964191 (+) False XLOC_024032
TCONS_00047688 mRNA downstream 29365 18953756 ~ 18957652 (+) False XLOC_024032
TCONS_00047689 mRNA downstream 29798 18954189 ~ 18965502 (+) False XLOC_024032
TCONS_00047690 mRNA downstream 40391 18964782 ~ 18978083 (+) False XLOC_024032
TCONS_00047691 mRNA downstream 41039 18965430 ~ 18976633 (+) True XLOC_024032
TCONS_00047675 other upstream 431537 18482906 ~ 18489006 (+) True XLOC_024022
TCONS_00047672 other upstream 822682 18097747 ~ 18097861 (+) True XLOC_024017
TCONS_00047663 other upstream 1041911 17862368 ~ 17878632 (+) False XLOC_024013
TCONS_00047656 other upstream 1311812 17605479 ~ 17608731 (+) True XLOC_024009
TCONS_00047645 other upstream 1649977 17244573 ~ 17270566 (+) False XLOC_024003
TCONS_00047695 other downstream 170911 19095302 ~ 19111808 (+) False XLOC_024035
TCONS_00047707 other downstream 565159 19489550 ~ 19492620 (+) True XLOC_024042
TCONS_00047732 other downstream 850168 19774559 ~ 19774675 (+) True XLOC_024053
TCONS_00047755 other downstream 1668092 20592483 ~ 20592597 (+) True XLOC_024066
TCONS_00047756 other downstream 1679505 20603896 ~ 20604012 (+) True XLOC_024067

Expression Profile

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