RNA id: TCONS_00047812


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00047812
length 398
lncRNA type lincRNA
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_024100
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 23128698 ~ 23131139 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AAGTATGACACTATATGATAATGGTTTTGCGCAAAATGCTCATTTTGTAGGACTCAAATTTAAGATTCTATTTTTTAATACATCTAAATATTTCAGCACCACCTGCAAGTACAAGCCCTTCAACAACTCAAACAGCAGAACCTACAACAGTCTTTGCCACAACAAACTCTCCATCAACTGTGTATCCAACATCCACTCCTTCATGTAAGTTATTATTGTGTGATCATTTTAAGGGGAAATGATAATTGTAGGTCTGACTTAATTAGAATTATGTGATTTTGTGCACtattgttttaatacatttaaatatttcagcATCTCCTGCATTTACAAGTTCTCCTACAACTGAGTCTCAAACAGCAGAACCTACaagtaagtaatatatatatatatatata

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194664

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047810 lncRNA upstream 17995 23064627 ~ 23112585 (+) False XLOC_024099
TCONS_00049238 lncRNA upstream 18076 23064654 ~ 23112504 (+) False XLOC_024099
TCONS_00049239 lncRNA upstream 19446 23064716 ~ 23111134 (+) False XLOC_024099
TCONS_00047809 lncRNA upstream 23047 23064627 ~ 23107533 (+) False XLOC_024099
TCONS_00049043 lncRNA upstream 23137 23106534 ~ 23107443 (+) True XLOC_024099
TCONS_00047813 lncRNA downstream 9385 23140524 ~ 23145469 (+) False XLOC_024101
TCONS_00047814 lncRNA downstream 14231 23145370 ~ 23146581 (+) False XLOC_024101
TCONS_00047815 lncRNA downstream 14530 23145669 ~ 23146581 (+) True XLOC_024101
TCONS_00047816 lncRNA downstream 16463 23147602 ~ 23151051 (+) False XLOC_024102
TCONS_00047817 lncRNA downstream 19655 23150794 ~ 23151051 (+) True XLOC_024102
TCONS_00047808 mRNA upstream 275717 22853718 ~ 22854863 (+) True XLOC_024097
TCONS_00047804 mRNA upstream 281420 22719852 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047806 mRNA upstream 281420 22730490 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047807 mRNA upstream 290765 22821376 ~ 22839815 (+) True XLOC_024096
TCONS_00047803 mRNA upstream 426347 22683640 ~ 22704233 (+) True XLOC_024095
TCONS_00047837 mRNA downstream 149081 23280220 ~ 23296524 (+) True XLOC_024114
TCONS_00047838 mRNA downstream 205171 23336310 ~ 23347677 (+) True XLOC_024115
TCONS_00047839 mRNA downstream 227785 23358924 ~ 23450962 (+) True XLOC_024116
TCONS_00047840 mRNA downstream 358840 23489979 ~ 23495448 (+) True XLOC_024117
TCONS_00047841 mRNA downstream 382574 23513713 ~ 23544998 (+) True XLOC_024118
TCONS_00047805 other upstream 281394 22730407 ~ 22849186 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047798 other upstream 535799 22587296 ~ 22594781 (+) False XLOC_024094
TCONS_00047785 other upstream 891588 22225802 ~ 22238992 (+) True XLOC_024087
TCONS_00047756 other upstream 2526568 20603896 ~ 20604012 (+) True XLOC_024067
TCONS_00047755 other upstream 2537983 20592483 ~ 20592597 (+) True XLOC_024066
TCONS_00047842 other downstream 415440 23546579 ~ 23546696 (+) True XLOC_024119
TCONS_00047848 other downstream 919909 24051048 ~ 24052227 (+) True XLOC_024124
TCONS_00047852 other downstream 1236837 24367976 ~ 24368090 (+) True XLOC_024129
TCONS_00047853 other downstream 1467637 24598776 ~ 24608014 (+) True XLOC_024128
TCONS_00047862 other downstream 2075486 25206625 ~ 25206753 (+) True XLOC_024136