RNA id: TCONS_00047817



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00047817
length 173
lncRNA type lincRNA
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_024102
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 23147602 ~ 23151051 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


TTTCAGCATCTCCTGCCAGTACAAGCTCTTCTACAGCTGAGTCTCAAACAGCAGAGCTTTCAACAGCCTCTTCATCAACTGTATCTCCAACATCAGCTCCTTCAAGTGAGATTTTAAAAATTTCTACATTATTGtgtgaacatttaaattgaaaaatttCATTTATAGGTCCA

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194826

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047814 lncRNA upstream 4213 23145370 ~ 23146581 (+) False XLOC_024101
TCONS_00047815 lncRNA upstream 4213 23145669 ~ 23146581 (+) True XLOC_024101
TCONS_00047813 lncRNA upstream 5325 23140524 ~ 23145469 (+) False XLOC_024101
TCONS_00047811 lncRNA upstream 19655 23128698 ~ 23131139 (+) False XLOC_024100
TCONS_00047818 lncRNA downstream 6571 23157622 ~ 23158887 (+) False XLOC_024103
TCONS_00047819 lncRNA downstream 7085 23158136 ~ 23158887 (+) True XLOC_024103
TCONS_00047820 lncRNA downstream 9025 23160076 ~ 23162216 (+) False XLOC_024104
TCONS_00047821 lncRNA downstream 9321 23160372 ~ 23163371 (+) True XLOC_024104
TCONS_00047822 lncRNA downstream 12901 23163952 ~ 23164719 (+) False XLOC_024105
TCONS_00047808 mRNA upstream 295931 22853718 ~ 22854863 (+) True XLOC_024097
TCONS_00047804 mRNA upstream 301634 22719852 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047806 mRNA upstream 301634 22730490 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047807 mRNA upstream 310979 22821376 ~ 22839815 (+) True XLOC_024096
TCONS_00047803 mRNA upstream 446561 22683640 ~ 22704233 (+) True XLOC_024095
TCONS_00047837 mRNA downstream 129169 23280220 ~ 23296524 (+) True XLOC_024114
TCONS_00047838 mRNA downstream 185259 23336310 ~ 23347677 (+) True XLOC_024115
TCONS_00047839 mRNA downstream 207873 23358924 ~ 23450962 (+) True XLOC_024116
TCONS_00047840 mRNA downstream 338928 23489979 ~ 23495448 (+) True XLOC_024117
TCONS_00047841 mRNA downstream 362662 23513713 ~ 23544998 (+) True XLOC_024118
TCONS_00047805 other upstream 301608 22730407 ~ 22849186 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047798 other upstream 556013 22587296 ~ 22594781 (+) False XLOC_024094
TCONS_00047785 other upstream 911802 22225802 ~ 22238992 (+) True XLOC_024087
TCONS_00047756 other upstream 2546782 20603896 ~ 20604012 (+) True XLOC_024067
TCONS_00047755 other upstream 2558197 20592483 ~ 20592597 (+) True XLOC_024066
TCONS_00047842 other downstream 395528 23546579 ~ 23546696 (+) True XLOC_024119
TCONS_00047848 other downstream 899997 24051048 ~ 24052227 (+) True XLOC_024124
TCONS_00047852 other downstream 1216925 24367976 ~ 24368090 (+) True XLOC_024129
TCONS_00047853 other downstream 1447725 24598776 ~ 24608014 (+) True XLOC_024128
TCONS_00047862 other downstream 2055574 25206625 ~ 25206753 (+) True XLOC_024136