RNA id: TCONS_00047818


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00047818
length 543
lncRNA type lincRNA
GC content 0.34
exon number 2
gene id XLOC_024103
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 23157622 ~ 23158887 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tttctaattttaatatgtttacatATTTCAGCAACGCATGCAAGTACAAGCCCTTCCGAGTCTCAAACAGCAGAACCCACAACAGCCTTTGCCACAGCACACTCTCCAACAACTGAAACTCAAACAGTCACAAAACATTCAAGTGAGTAACCATTATTATCTTAGCACAGTGGCAAAATATGACACTATATGATAATGATTTTGTGCAAAACgctcatttttttcatttttgtggaGCTTAAATTTAAGCTTCTATTTTTAAACACCTCTAAATATTTCAGCACCACCTGCAAGTACAAGCCCTTCTACAACTCAAACAGCAGAGCCTACAAGTAAGTAATAAACATGTACAGCTGTCTGAATCctgttgtgtttatattttatttgataaattgtTTCTAATACACTACATTTAAATGTTCAGCACCTCCTGTCAGTACAAGTTCTTCTACAACTGAGTCTCAAACAGCAGAACTCACAAGTAAGTCATGTATATGTACTAAACAATTTCATGCTTAGATTTCACATATATctaaatcttat

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194070

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047816 lncRNA upstream 6571 23147602 ~ 23151051 (+) False XLOC_024102
TCONS_00047817 lncRNA upstream 6571 23150794 ~ 23151051 (+) True XLOC_024102
TCONS_00047814 lncRNA upstream 11041 23145370 ~ 23146581 (+) False XLOC_024101
TCONS_00047815 lncRNA upstream 11041 23145669 ~ 23146581 (+) True XLOC_024101
TCONS_00047813 lncRNA upstream 12153 23140524 ~ 23145469 (+) False XLOC_024101
TCONS_00047820 lncRNA downstream 1189 23160076 ~ 23162216 (+) False XLOC_024104
TCONS_00047821 lncRNA downstream 1485 23160372 ~ 23163371 (+) True XLOC_024104
TCONS_00047822 lncRNA downstream 5065 23163952 ~ 23164719 (+) False XLOC_024105
TCONS_00047823 lncRNA downstream 5589 23164476 ~ 23165024 (+) True XLOC_024105
TCONS_00047824 lncRNA downstream 6304 23165191 ~ 23168230 (+) False XLOC_024106
TCONS_00047808 mRNA upstream 302759 22853718 ~ 22854863 (+) True XLOC_024097
TCONS_00047804 mRNA upstream 308462 22719852 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047806 mRNA upstream 308462 22730490 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047807 mRNA upstream 317807 22821376 ~ 22839815 (+) True XLOC_024096
TCONS_00047803 mRNA upstream 453389 22683640 ~ 22704233 (+) True XLOC_024095
TCONS_00047837 mRNA downstream 121333 23280220 ~ 23296524 (+) True XLOC_024114
TCONS_00047838 mRNA downstream 177423 23336310 ~ 23347677 (+) True XLOC_024115
TCONS_00047839 mRNA downstream 200037 23358924 ~ 23450962 (+) True XLOC_024116
TCONS_00047840 mRNA downstream 331092 23489979 ~ 23495448 (+) True XLOC_024117
TCONS_00047841 mRNA downstream 354826 23513713 ~ 23544998 (+) True XLOC_024118
TCONS_00047805 other upstream 308436 22730407 ~ 22849186 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047798 other upstream 562841 22587296 ~ 22594781 (+) False XLOC_024094
TCONS_00047785 other upstream 918630 22225802 ~ 22238992 (+) True XLOC_024087
TCONS_00047756 other upstream 2553610 20603896 ~ 20604012 (+) True XLOC_024067
TCONS_00047755 other upstream 2565025 20592483 ~ 20592597 (+) True XLOC_024066
TCONS_00047842 other downstream 387692 23546579 ~ 23546696 (+) True XLOC_024119
TCONS_00047848 other downstream 892161 24051048 ~ 24052227 (+) True XLOC_024124
TCONS_00047852 other downstream 1209089 24367976 ~ 24368090 (+) True XLOC_024129
TCONS_00047853 other downstream 1439889 24598776 ~ 24608014 (+) True XLOC_024128
TCONS_00047862 other downstream 2047738 25206625 ~ 25206753 (+) True XLOC_024136