RNA id: TCONS_00047820



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00047820
length 257
lncRNA type lincRNA
GC content 0.42
exon number 3
gene id XLOC_024104
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 23160076 ~ 23163371 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


tcATTTACATCTATTTCTTCATCAAAATGTCCCATCAGCCTCTGCCACAACAAACTTTCCATCTACTGAGTCTCCCACATCGGTTCCTTCAAAATCTCCTGCCAGTCCGAGTGCTTCTACAGCTGAGACTCAAACAACAGAACCTACAACACCGTCTGCAAGTGCAAGCCCTTCAGATTCTCAAACAGCAGAACCCACAAGTAAGTAATACACAAGTACAAATGTATGTAAAGTATTCCAGGAATGTTTAACCATTC

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194601

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047818 lncRNA upstream 1189 23157622 ~ 23158887 (+) False XLOC_024103
TCONS_00047819 lncRNA upstream 1189 23158136 ~ 23158887 (+) True XLOC_024103
TCONS_00047816 lncRNA upstream 9025 23147602 ~ 23151051 (+) False XLOC_024102
TCONS_00047817 lncRNA upstream 9025 23150794 ~ 23151051 (+) True XLOC_024102
TCONS_00047814 lncRNA upstream 13495 23145370 ~ 23146581 (+) False XLOC_024101
TCONS_00047822 lncRNA downstream 1736 23163952 ~ 23164719 (+) False XLOC_024105
TCONS_00047823 lncRNA downstream 2260 23164476 ~ 23165024 (+) True XLOC_024105
TCONS_00047824 lncRNA downstream 2975 23165191 ~ 23168230 (+) False XLOC_024106
TCONS_00047825 lncRNA downstream 3351 23165567 ~ 23168230 (+) True XLOC_024106
TCONS_00047826 lncRNA downstream 8085 23170301 ~ 23177833 (+) False XLOC_024107
TCONS_00047808 mRNA upstream 305213 22853718 ~ 22854863 (+) True XLOC_024097
TCONS_00047804 mRNA upstream 310916 22719852 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047806 mRNA upstream 310916 22730490 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047807 mRNA upstream 320261 22821376 ~ 22839815 (+) True XLOC_024096
TCONS_00047803 mRNA upstream 455843 22683640 ~ 22704233 (+) True XLOC_024095
TCONS_00047837 mRNA downstream 118004 23280220 ~ 23296524 (+) True XLOC_024114
TCONS_00047838 mRNA downstream 174094 23336310 ~ 23347677 (+) True XLOC_024115
TCONS_00047839 mRNA downstream 196708 23358924 ~ 23450962 (+) True XLOC_024116
TCONS_00047840 mRNA downstream 327763 23489979 ~ 23495448 (+) True XLOC_024117
TCONS_00047841 mRNA downstream 351497 23513713 ~ 23544998 (+) True XLOC_024118
TCONS_00047805 other upstream 310890 22730407 ~ 22849186 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047798 other upstream 565295 22587296 ~ 22594781 (+) False XLOC_024094
TCONS_00047785 other upstream 921084 22225802 ~ 22238992 (+) True XLOC_024087
TCONS_00047756 other upstream 2556064 20603896 ~ 20604012 (+) True XLOC_024067
TCONS_00047755 other upstream 2567479 20592483 ~ 20592597 (+) True XLOC_024066
TCONS_00047842 other downstream 384363 23546579 ~ 23546696 (+) True XLOC_024119
TCONS_00047848 other downstream 888832 24051048 ~ 24052227 (+) True XLOC_024124
TCONS_00047852 other downstream 1205760 24367976 ~ 24368090 (+) True XLOC_024129
TCONS_00047853 other downstream 1436560 24598776 ~ 24608014 (+) True XLOC_024128
TCONS_00047862 other downstream 2044409 25206625 ~ 25206753 (+) True XLOC_024136

Expression Profile


//