RNA id: TCONS_00047823



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00047823
length 162
lncRNA type lincRNA
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_024105
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 23163952 ~ 23165024 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


tctttataatttgtaatttATCTAAATATTTCAGCATCTCCTGCCAGTACAAGCTCTACTACAACTGAGACAGCAGAACCTACAaCCTTTGCCACAACAAATTTTCCATCAACTGTGTCTCCCACATCAGCTCCTTCAAGTaagtacagtatatattttttc

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194169

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047821 lncRNA upstream 1105 23160372 ~ 23163371 (+) True XLOC_024104
TCONS_00047820 lncRNA upstream 2260 23160076 ~ 23162216 (+) False XLOC_024104
TCONS_00047818 lncRNA upstream 5589 23157622 ~ 23158887 (+) False XLOC_024103
TCONS_00047819 lncRNA upstream 5589 23158136 ~ 23158887 (+) True XLOC_024103
TCONS_00047817 lncRNA upstream 13425 23150794 ~ 23151051 (+) True XLOC_024102
TCONS_00047824 lncRNA downstream 167 23165191 ~ 23168230 (+) False XLOC_024106
TCONS_00047825 lncRNA downstream 543 23165567 ~ 23168230 (+) True XLOC_024106
TCONS_00047826 lncRNA downstream 5277 23170301 ~ 23177833 (+) False XLOC_024107
TCONS_00047827 lncRNA downstream 6928 23171952 ~ 23172345 (+) True XLOC_024107
TCONS_00047828 lncRNA downstream 22352 23187376 ~ 23188515 (+) True XLOC_024108
TCONS_00047808 mRNA upstream 309613 22853718 ~ 22854863 (+) True XLOC_024097
TCONS_00047804 mRNA upstream 315316 22719852 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047806 mRNA upstream 315316 22730490 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047807 mRNA upstream 324661 22821376 ~ 22839815 (+) True XLOC_024096
TCONS_00047803 mRNA upstream 460243 22683640 ~ 22704233 (+) True XLOC_024095
TCONS_00047837 mRNA downstream 115196 23280220 ~ 23296524 (+) True XLOC_024114
TCONS_00047838 mRNA downstream 171286 23336310 ~ 23347677 (+) True XLOC_024115
TCONS_00047839 mRNA downstream 193900 23358924 ~ 23450962 (+) True XLOC_024116
TCONS_00047840 mRNA downstream 324955 23489979 ~ 23495448 (+) True XLOC_024117
TCONS_00047841 mRNA downstream 348689 23513713 ~ 23544998 (+) True XLOC_024118
TCONS_00047805 other upstream 315290 22730407 ~ 22849186 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047798 other upstream 569695 22587296 ~ 22594781 (+) False XLOC_024094
TCONS_00047785 other upstream 925484 22225802 ~ 22238992 (+) True XLOC_024087
TCONS_00047756 other upstream 2560464 20603896 ~ 20604012 (+) True XLOC_024067
TCONS_00047755 other upstream 2571879 20592483 ~ 20592597 (+) True XLOC_024066
TCONS_00047842 other downstream 381555 23546579 ~ 23546696 (+) True XLOC_024119
TCONS_00047848 other downstream 886024 24051048 ~ 24052227 (+) True XLOC_024124
TCONS_00047852 other downstream 1202952 24367976 ~ 24368090 (+) True XLOC_024129
TCONS_00047853 other downstream 1433752 24598776 ~ 24608014 (+) True XLOC_024128
TCONS_00047862 other downstream 2041601 25206625 ~ 25206753 (+) True XLOC_024136