RNA id: TCONS_00047827



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00047827
length 201
lncRNA type lincRNA
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_024107
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 23170301 ~ 23177833 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


TTTGATGTTTAGGTCATATTCTATTTAAACTTTTCTTAAGTTTCTCTTTATGTATTACAGCATCTGCAGCCAGTGCAAGCTCTTCTACAACTGAGTCTCAAACAGCAGAACCTACAACAGCCTGTGCCACAACAAACACTCCTTCAACTGAGACTCAAACATCCATCACTTCTTTAAGTGAGTAACTATAATTATCTTAGC

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194628

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047824 lncRNA upstream 3722 23165191 ~ 23168230 (+) False XLOC_024106
TCONS_00047825 lncRNA upstream 3722 23165567 ~ 23168230 (+) True XLOC_024106
TCONS_00047823 lncRNA upstream 6928 23164476 ~ 23165024 (+) True XLOC_024105
TCONS_00047822 lncRNA upstream 7233 23163952 ~ 23164719 (+) False XLOC_024105
TCONS_00047821 lncRNA upstream 8581 23160372 ~ 23163371 (+) True XLOC_024104
TCONS_00047828 lncRNA downstream 15031 23187376 ~ 23188515 (+) True XLOC_024108
TCONS_00047829 lncRNA downstream 27721 23200066 ~ 23201809 (+) True XLOC_024109
TCONS_00047830 lncRNA downstream 29666 23202011 ~ 23228721 (+) False XLOC_024110
TCONS_00049044 lncRNA downstream 33323 23205668 ~ 23206162 (+) True XLOC_024111
TCONS_00047831 lncRNA downstream 35947 23208292 ~ 23212267 (+) False XLOC_024110
TCONS_00047808 mRNA upstream 317089 22853718 ~ 22854863 (+) True XLOC_024097
TCONS_00047804 mRNA upstream 322792 22719852 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047806 mRNA upstream 322792 22730490 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047807 mRNA upstream 332137 22821376 ~ 22839815 (+) True XLOC_024096
TCONS_00047803 mRNA upstream 467719 22683640 ~ 22704233 (+) True XLOC_024095
TCONS_00047837 mRNA downstream 107875 23280220 ~ 23296524 (+) True XLOC_024114
TCONS_00047838 mRNA downstream 163965 23336310 ~ 23347677 (+) True XLOC_024115
TCONS_00047839 mRNA downstream 186579 23358924 ~ 23450962 (+) True XLOC_024116
TCONS_00047840 mRNA downstream 317634 23489979 ~ 23495448 (+) True XLOC_024117
TCONS_00047841 mRNA downstream 341368 23513713 ~ 23544998 (+) True XLOC_024118
TCONS_00047805 other upstream 322766 22730407 ~ 22849186 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047798 other upstream 577171 22587296 ~ 22594781 (+) False XLOC_024094
TCONS_00047785 other upstream 932960 22225802 ~ 22238992 (+) True XLOC_024087
TCONS_00047756 other upstream 2567940 20603896 ~ 20604012 (+) True XLOC_024067
TCONS_00047755 other upstream 2579355 20592483 ~ 20592597 (+) True XLOC_024066
TCONS_00047842 other downstream 374234 23546579 ~ 23546696 (+) True XLOC_024119
TCONS_00047848 other downstream 878703 24051048 ~ 24052227 (+) True XLOC_024124
TCONS_00047852 other downstream 1195631 24367976 ~ 24368090 (+) True XLOC_024129
TCONS_00047853 other downstream 1426431 24598776 ~ 24608014 (+) True XLOC_024128
TCONS_00047862 other downstream 2034280 25206625 ~ 25206753 (+) True XLOC_024136