RNA id: TCONS_00047840


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00047840
length 5470
RNA type mRNA
GC content 0.33
exon number 1
gene id XLOC_024117
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 23489979 ~ 23495448 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tattttcgtgtgaggattatccggctggacaaaacatgtaagtgtaatgaacagtgtttgaacacagagcttattatttgcaatcttcgaaaagcctatgggaaaatcctatagggattttcacgagggaaccagttttatgctagcagccgattagccttcaaagtgacgtcatagttcctccactctattcccACAGGTGCACGCGCTCTGGGAGAGCCAAGATGGCAGCGGAGTGAATGGTCACGTTTTTTAGCGCTTAGGTACTACGAGGAGTTTTAAAGTTAACAAAATGGTTATTTTGCATGTAGAATCTTAAATTTTGAAAGTGTATGTGTTCCTGAATATTTTTAACGGACATTTTAATTTCTGACGTGacaatggggaaaaaaagaaagaatcagTCCCTTCAGGAAAGTGCTATATTGGCTGGATACCTCGTGGAAGAAGGGGACATGGAGTCTGCAAACTTGGAAAATATCGATCTTGAGACAGAAATTGGTGCCAATGAAGAGGTTTTTGCAAAGCCTATTTGTTCTACTCCATCCAAGAATCATACGAGATCAAAAGGTACGGATGAAATATCCTTATCTACACTCCTTGACGCGATTCAGAAGCTAACCGCTAAAATGGATGAAACGCACGACAAAGTGATTTCCATTGACAATACGGTCGCAGTCTCCTGTGAAAAACTAGATAAATTGTCTGAAAAAGTCTCCCACATGAGTGAAGAGATCAAGACGCATGGCGTTAAAATAGCTCTAATTGAGAAGGAGAATAAAGAATTGCGGGCAGAAAATCTACGTCTAAAAGAGAACTTTGACGAAATGCAGCGCTACTCCCGGCGATGGAATCTTAAGTTACAAGGGGTTCCAGAGCGCGACGGAGAAGACACGAGAAGTGTGACGATCAGCATCCTGAAACAGGTGGTCCCTGGCATACAAGACAAGATGGAAGATGTAATTGATGTTGCTCACCGCCTGGGGCTAAGGAGGTCTGACGGAGCACCTCGTAACATCGTGATGCGTTTTACTATGCGTACCTACAGGGACATTGTATGGCGAGCTGCAAAAGAGTCTCGCTATCTAGCGGAAAACAGAATTCGCATCAAGGAGGCGTTAATCAAACAGGATGTGGATGCTAGAGCCAAGTTATGGCCTTTAGTGAAGAAGGCTCGTGAGGAAGGCAAAAAGGTTTCGTGGAATGGCCCCTATGCTTTTGTTGCTGGAAAAAAACTTGAACTTATTCCCTAAAAACTTTACGGAGCATATGTAGCCGAACGTAATTTTTTAGTTATCTAAGCAATCTCCAATTGAAGAATAACTAACGGTATATCTGAGACTTTTCTTTTTCCCTATTGACTGTCATgactatattttatatgtaatttgttCCTTCATAAGTAATTGCACTACTGGCTAAGGTTCATGTTAGCTTTATTCTCCTCTTTGCCGTTACTCGTTTACAGCGGTAAGTTCAAGAAGTGTGCATTGTTAATTTTGTTCTATTTGCATTCAACTTTATTCTAGTTTTCTCTTTTATCTCTgtttctagttattattattatttttttatatgaatgttaaaaactttGAGTTTAACTCTTTGAGTATTGTTTCGTTAAATACCCGTGGCTTGAGAGATCTTACAAAAAGAAaggctttatttttatattgtaggAAAATGAATGTTGACTTAATACTTTTACAAGAAACCCATTCTTGTGAGAATGATGTTCGTTTTTGGAAATCACAGTGGGGTGATAGGGCCTATTTTAGTCATGGGTCTAATCATTCAGCGGGTGTTATCACTCTCATCAATAAATTTAAAGGAGATATTGTTGAATCTCTAGCCTCTACAGAGGGTAGATGGGTTATTCTTGTCACTAAACTTGATAATGCAGTCTTTATAATAGTTAATATATATGGCCACAATTTAACTTCCgtcaataaagcatttatttcttCACTACAGATAAAAATTGAagctttaaagaataaatatcATCAGGCTTTTGTTATATTTGCTGGAGACTTTAATGAGGTTTTAGATAATTCATATGACCGATATCCCCCAAAAATGAGTCGCAGTAATGACATTATTTATACTCTGTGTGATTATCTTCAAATAACAGATGCTTGGCGACATTTTCATCCTGATGTGAAGGAATACACATGGAGTAATAATCTGCAAACTTATAAATCTAGAATAGATTTTTTCCTTGTTTCTCAACAGCTGTTACAATTTGTATTTGATGTAAGTCACCAGTATGCTCCATTTTCTGATCACTTAGCAATTAGACTAGTTCTGCAAACGAATCGTAAGGAGAATACCTTACGTGGTTACTGgaaattgaataataatttgttaaacGATAAAATTTTTAATAGTCAGATTAAACATTTAGCTAATGAAATATTCTCAAATTGTGTGAGTAAGTCACATGCTGCTGATTgggattattttaaatttaaagctaGAACTCTAGCTATAAACCGATCTAAAGCCTTAAGAGTGGTTAATGCCAGTAAGGAagctaatttattaaataatataaatgcctTGATTAGAAAAGAAAATCTCTCTGTTCAAGAAATTACTCAGTTAAAATCCTGTCAATTAGAATTAGACCAGTTGTATATAGAAATTGTTAAAGGTGCCTTTGTTAGATCCAGAGCAAAGTGGATTGAGCAAGGAGAGAAAAATACAAGCTTCTTTTTCTCACTTgagaaaagaaattttaaaagaaagagTATTTCTgctctacaaataaataattccttATCAAAAAATCAGGAAGACATTggaaattttatttcaaatttttataGAAACCTATATTCCCTTGACTCTCATGCAAGCCAAAACGGATCTTACCTACAACAAATAGAAAACTATATACCTCAGATAAGTAAtgagtttaaagtattatgtGAAGCTCCAATTTCTTTAAATGAAATTAGGGAtgcaatgaaattaatgaaaaaagggAAGTCGCCTGGCTCTGATGGCCTAACATTagaattttttatacatttttgggaaTTTTTAGAGCAACCCTTTCTTTTAATGCTTCAAGAGTGTTTAGAGAATGAAACAATGACCCCTACTATGAAACAAGGTGTGATATCTCTCATTCCCAAACCAGACAAAGATCCAACTATTATTGACAATTGGCGTCCTATTACACTTCTAAATTTTGATTATAAATTACTTGCTTCCATATTTGCCAAAAGATTAAAAcgacatttacattatattataaatgaaacGCAGACTGGATTTATAAAAGGGCGTCATATTAGTTGTAATACTCGACTTGTGCTGGATCTAAttgattataaaaatgaaattgaCTCTGATGCTATTATCCTGTTCCTCGATTTTTACAAGGCTTTCGACACCGTAAAGCATGAATTCCTTTTAGACTCTTTGAAAGCCTTTGGATTCCCCTTAAAATTTCTTAATGTGGTACAAATGTTGTACAAAGATATTAATAGTTGTGTAATTCTAAATTCATGTACTTCACCAAGATTTCCTGTGCTTCGTGGTATACGACAGGGCTGTCCCTTGAGcccattcttatttttatttgttgtagaaACTCTATCTATAGATATTCTACACAATAATAATTTGGTTGGTATTAATATCTTTAACAGAGAGATTCGCATATCACAATTGGCAGATGACACTACACTATTTTTAAAGGATAAAGATCAAGTGTCTCCTGTTTTAACCATTATTAATGCATTCTCAGATGCTTCTGGACTCaaactaaatttattaaaatgtgaaattATTTGCTTGTATGACACCTTAGATGCAAAAATTGAAAATATACCGATCAAAGAGGAAGTAAAATACTTAGGaattaatataacaaaaaatctaattagcagacagtttttaaatttttcaacAAGATTatctaaagtaaaatatatttttaatagttggcTCCAAAGAGATTTATCAATTCTAGGCAGAGTCTTCTTAACCAAAACAGATGGGTTATCTAGATTTGTATACCCCTCATTATCTTTAGCAGTAGATAATCAGACCtctaaaaaaattgacaaaatttttcttgattttatttgGAATAATAAGCCTCACAAAttgaagaaacatttattatcaaATAAAAGGAGTGAGGGGGGTCTTGAAGTCCTAAATTTTGATGACAccaataatacttttaaaatcaatTGGCTAAAGAGATGTTTGCTTGGTTCAGACTCTATGTGGTATTTTATtccaaacaatatatttaaaaagattggTGGCCTTTCTTTTTTAATGAAGTGCAATTACTCCATTGgtaaattacctattaaattaGCTCAATTCCATCAACAAGCTCTTTTAGCCTGGAAACTGACTTACAGCCACAACTTCTCACCCCACAAAACCATTCTATGGAATAATGGTGAcattaagataaataataaatcttttttctGGGATAAATGgtttaacaaaaacattatttttgtttctgatCTTTTTAACAGTAACGGTGATCTTTTAACTTATGAGAGTTTTATAAACATGTATCAATTCCCTATTCGCTATATGGAATTCAAGTCAATTATAAAGGCTATACCTAGTGGATTATTATGTCTGATGAAAGCTGCTCTTAGTTATGAGACAGATACCAAACAATTGTCACAGTTACTCCTAGGAGGAAAATCTATTCTTAGTAAAGAATGCAATAATAAGTTTATACGTCAAGTGTCCCAGTCACATAACGCAATCACTCCTAGAGGAAAGTTTTTTTGGGGATCCATAATTGTTAATATTCAATGGAGGAAAACATGGTTATTACCATATAAATTCTGTATTCCTAATAAAATGAAAGAGGTGCACTTTAAAATTTTGCACAATATTTACCCATGTAATGCACTTTTATCCAAATATTGTGATGTTACTGatatttgcacattttgtaaGAATGAGAGTGAAGACATTTGtcacttatttttttcttgcgATGT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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000158200

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047835 lncRNA upstream 224047 23252369 ~ 23265932 (+) False XLOC_024113
TCONS_00047836 lncRNA upstream 224047 23252821 ~ 23265932 (+) False XLOC_024113
TCONS_00049046 lncRNA upstream 224350 23263655 ~ 23265629 (+) True XLOC_024113
TCONS_00049045 lncRNA upstream 228109 23251788 ~ 23261870 (+) False XLOC_024113
TCONS_00047834 lncRNA upstream 245568 23230158 ~ 23244411 (+) True XLOC_024112
TCONS_00049047 lncRNA downstream 219917 23715365 ~ 23717669 (+) False XLOC_024122
TCONS_00049048 lncRNA downstream 220363 23715811 ~ 23717433 (+) True XLOC_024122
TCONS_00049240 lncRNA downstream 638406 24133854 ~ 24271786 (+) True XLOC_024126
TCONS_00049049 lncRNA downstream 2056013 25551461 ~ 25554635 (+) False XLOC_024142
TCONS_00049241 lncRNA downstream 2056036 25551484 ~ 25554204 (+) True XLOC_024142
TCONS_00047839 mRNA upstream 39017 23358924 ~ 23450962 (+) True XLOC_024116
TCONS_00047838 mRNA upstream 142302 23336310 ~ 23347677 (+) True XLOC_024115
TCONS_00047837 mRNA upstream 193455 23280220 ~ 23296524 (+) True XLOC_024114
TCONS_00047808 mRNA upstream 635116 22853718 ~ 22854863 (+) True XLOC_024097
TCONS_00047806 mRNA upstream 640819 22730490 ~ 22849160 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047841 mRNA downstream 18265 23513713 ~ 23544998 (+) True XLOC_024118
TCONS_00047843 mRNA downstream 96542 23591990 ~ 23644184 (+) False XLOC_024120
TCONS_00047844 mRNA downstream 96542 23591990 ~ 23645806 (+) True XLOC_024120
TCONS_00047845 mRNA downstream 206962 23702410 ~ 23707090 (+) False XLOC_024121
TCONS_00047846 mRNA downstream 206986 23702434 ~ 23706100 (+) True XLOC_024121
TCONS_00047805 other upstream 640793 22730407 ~ 22849186 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047798 other upstream 895198 22587296 ~ 22594781 (+) False XLOC_024094
TCONS_00047785 other upstream 1250987 22225802 ~ 22238992 (+) True XLOC_024087
TCONS_00047756 other upstream 2885967 20603896 ~ 20604012 (+) True XLOC_024067
TCONS_00047755 other upstream 2897382 20592483 ~ 20592597 (+) True XLOC_024066
TCONS_00047842 other downstream 51131 23546579 ~ 23546696 (+) True XLOC_024119
TCONS_00047848 other downstream 555600 24051048 ~ 24052227 (+) True XLOC_024124
TCONS_00047852 other downstream 872528 24367976 ~ 24368090 (+) True XLOC_024129
TCONS_00047853 other downstream 1103328 24598776 ~ 24608014 (+) True XLOC_024128
TCONS_00047862 other downstream 1711177 25206625 ~ 25206753 (+) True XLOC_024136

Expression Profile

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