RNA id: TCONS_00049048


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049048
length 770
lncRNA type intronic
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_024122
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 23715365 ~ 23717669 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gtgtgggggttcagtttgctagcgctaacttagctaaagttagctcacctaagttatagcagcacattaaggatggatattaaatgcagaaacgtatgcaacagttaagtagtgtgtgtttaacgtaagagaaagtataacttaaagtttgtgttttagagatttagtccataagttttttaatgctgcatagtgaataaattacagatttacaatttattttaacttaaattacatttactactgatgtttacagaaccatttaaattgtatgcacctcattctaaaaagcatgttcttggtctttagataccaaagtgattttgttacctgtggatcttcaaacttcacatccagagttgtgaggaatcagaggtgcatgcggctgcccatgggaaaaatttgccatcagcccaacacagtttggattatcataggactgtcagaggtttgccaaacctgtcaaatgcatgatggctcctgtttggacttaccgatgtcctcgacttcaagtatccatcaaaactgtatacatttgagataTATATGAGACTCTTTGTTggactggacattatgcatcctaaatctttatcaaaatatgcaaatctcctcactgagttgccttggatgatttctcaataggatctggtattattaatgtttttatttatgtattgtgtatgtgtagccacattaatggcctattttgtagtcactattaaaaggaacatcgattgatattgaatacatgttatggtctttaatccatc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047835 lncRNA upstream 449879 23252369 ~ 23265932 (+) False XLOC_024113
TCONS_00047836 lncRNA upstream 449879 23252821 ~ 23265932 (+) False XLOC_024113
TCONS_00049046 lncRNA upstream 450182 23263655 ~ 23265629 (+) True XLOC_024113
TCONS_00049045 lncRNA upstream 453941 23251788 ~ 23261870 (+) False XLOC_024113
TCONS_00047834 lncRNA upstream 471400 23230158 ~ 23244411 (+) True XLOC_024112
TCONS_00049240 lncRNA downstream 416421 24133854 ~ 24271786 (+) True XLOC_024126
TCONS_00049049 lncRNA downstream 1834028 25551461 ~ 25554635 (+) False XLOC_024142
TCONS_00049241 lncRNA downstream 1834051 25551484 ~ 25554204 (+) True XLOC_024142
TCONS_00049242 lncRNA downstream 2035536 25752969 ~ 25761996 (+) True XLOC_024145
TCONS_00047876 lncRNA downstream 2163450 25880883 ~ 25885453 (+) True XLOC_024147
TCONS_00047845 mRNA upstream 8721 23702410 ~ 23707090 (+) False XLOC_024121
TCONS_00047846 mRNA upstream 9711 23702434 ~ 23706100 (+) True XLOC_024121
TCONS_00047844 mRNA upstream 70005 23591990 ~ 23645806 (+) True XLOC_024120
TCONS_00047843 mRNA upstream 71627 23591990 ~ 23644184 (+) False XLOC_024120
TCONS_00047841 mRNA upstream 170813 23513713 ~ 23544998 (+) True XLOC_024118
TCONS_00047847 mRNA downstream 60036 23777469 ~ 23815949 (+) True XLOC_024123
TCONS_00047849 mRNA downstream 404178 24121611 ~ 24179999 (+) True XLOC_024125
TCONS_00047850 mRNA downstream 532814 24250247 ~ 24262450 (+) True XLOC_024127
TCONS_00047851 mRNA downstream 573723 24291156 ~ 24610545 (+) False XLOC_024128
TCONS_00047854 mRNA downstream 899284 24616717 ~ 24723873 (+) True XLOC_024130
TCONS_00047842 other upstream 169115 23546579 ~ 23546696 (+) True XLOC_024119
TCONS_00047805 other upstream 866625 22730407 ~ 22849186 (+) False XLOC_024096
TCONS_00047798 other upstream 1121030 22587296 ~ 22594781 (+) False XLOC_024094
TCONS_00047785 other upstream 1476819 22225802 ~ 22238992 (+) True XLOC_024087
TCONS_00047756 other upstream 3111799 20603896 ~ 20604012 (+) True XLOC_024067
TCONS_00047848 other downstream 333615 24051048 ~ 24052227 (+) True XLOC_024124
TCONS_00047852 other downstream 650543 24367976 ~ 24368090 (+) True XLOC_024129
TCONS_00047853 other downstream 881343 24598776 ~ 24608014 (+) True XLOC_024128
TCONS_00047862 other downstream 1489192 25206625 ~ 25206753 (+) True XLOC_024136
TCONS_00047888 other downstream 3150290 26867723 ~ 26867839 (+) True XLOC_024155

Expression Profile

//