RNA id: TU1793892


Basic Information

Item Value
RNA id TU1793892
length 4719
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 1
gene id G1567889
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048582.1
NCBI id CM023236.2
chromosome length 74657750
location 58927864 ~ 58932641 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

gcggcaggtggttagagcgttgggccagtaacccgaaaggttgctggatcgaatccccgagctgacaaggtaaaaatctgttgtctGCCcttggacaaggcagttaacccactgttccctagtaggccgtcattgttaataagaatttgacattaactgacttgcctagttacaggttacatttaaaaccaacataattagagcagtaaaaataaattgtTGGCacacccatggtatacggtctgatatactgtggctttcagccaatcagcattcagggctggaaccacccagCTTTAAACGATTTAGTCTGTCAGTCAAATCAGGAATGTACGCAGGTGAGATACAGTTGCCATAGGGAAGTCATCCGTAGATGGAATGTGTATTTGGTCTTGTACAAAATAACATTAAAATCATGCACAGACTATCTCAAGTTAGTAATTAGTGCATGAAATCAAGACATGCATATGCATCGTGGGCCGTGAATAACACCTATGTTGATGGGGGTGTTTTCTTGTATTAGAAGGCATATCATGTTAATAGATCATTGGAACTGAACAGTAGCTTTACATTCTAGTCCCAAGCCCTTGCAGGAAAAGGTGCTCTTCATATAAGGCTGAGACTCCAAGTCCTATCAGAAGGTCTTTTGTATTATCAATATTTATGATTAAATCGATGTTGAGCATTTGCCACCTGATTTTGTACTGTCGGTCTGAGTATTTGTGGAGAACAAATATCGATAACTAAAGgttatgaataataataataatagtctgTCTTATACATAAAATGACAATAGATCCAATATTTATCTTTATCATGCTTATTTGAGTCGTTGGAGTGTGTTTGCGTGACATTTTCAAAGGTATTTGAGATGGTTTAGCTTCTCCATTGCTTAGCTTTACCCTGTAGTAGTTTTCACTTGTATAGCTTTGATTTGGGCAAAACATTGTCTAGATGGgctgagtagtagtagtataggcTGGCTTTTCTATCCTATCCAGCTAAGGTAATGGCTCCTGTATTACAGAGGAAAGTGAAAGTAAACAACGTAAATTACAAAACGGGTGCTATCTGTGTTCAAACTATTTTATACTGTGggcaaacaaaaaatatataaaatcagATGTGTGTACAGAAAGGCCGCTCTCCTTTACCCATCTTCCCTTGAAGGTctacatttaaaataacatcccTGTTTAGTAGAGTAACTTATTTTCTTAACTCAAATGTAACAATGAATGTACTTATGGCCAGTGTATTTGTAATATTAAGTTGTATCCACCTGTAATTTATGCTTGTATCATAACTTTTTTTTATGCATGCTCATTAGCTTCAGTCCACAAACCTTAAACTGATTGGCTCCTGAAAGTGGGATAAAGTCCAACTTCAGTCTTTGTTTTCCTAAGTACCTTAGCATAGGCTAACATCACATATTGTCAAATAATGAATTCCCCTTCTGTCGTCACATTGAATAGACATGAGTAAGAAACTGATTATAGTCTCATACATCTTGTTCATCAGAAAGCTAAATGTTATCATTTAAAAGTTGATTTCTGAGTTACATTTGAAAGCTATCACGGGAACATTTAGACTTCTATAAAATAAAACAGTTTTGCTACATAGTGTCACACTGGTGCAAAGATCGGTCCGTTTAAtctttttcctgtgtgtgtgtgatttttggCTTATGCTCGTCTTGGTTCTGATATtccactacagtacacactagaTAGTTTTATGGAAAATGACTAATGCTGTCTCAGGCAACTAATCCAACATTTTAATTTTGTGTTGACACCTTGGAATGTCTGTAAATGTCCAAGTTTTTAAGATGCTTATGATCTCTAACATGATGTGATGCTGTCTCAGTGCCATGGCTTCAGCATGTCCTGCTGTGATGAGCGTCCCATATCTCAGTCTTCTCTCCCCCTTGAGTAAACGGCACGATTGTTTTCTAGTGTTCTTCGGTTGAGCTGATTACAAGCACTAGGCCAGGATTGTCGTTATGCCAAGCTTGACCCCCTATGATCCTATTTAAAAAGAGAACAGAGCCTTCATAGCGCTTCACCAAACTAATGCCATATATGTGCATTTAACATGCAGGACTGACATGGACGTGTTATATCCTTCTGAAAGAATTGAGGGCTTCAGAATGACTTGGCTTTTTATATACCAACTTAGTAAACTACCTCAAAACGGTCTCGGGTGCTAGTGTTTATCCCTAATTTATGACGAAGACAAAAATCAATTGTAGTGACCAAACAACATAAGCCAATACTGTGTATTAGATAGACATTATTTTACATCCCAAAAATGTATTACAGATTAACTTTACATACAAAAACAAAGTTCAAAGGACCAAATTTTGTAATTGCAGTTCAAGTCTCAATGTTATTATATATGCATGCGAGtcctctttattttttttttacaactgtaGTGATAACAAAAATAACCAATGAACGCTTAGCTAGCAGAAACTGAGTTGGGAGGAGTTCGCGTAGCAATAAGCTGTAGTCATGACTGGATGATATATTGACGTGCCAATCGAATGGCTATTTATTTGTCCATCTAATCACTTACTATTCCTGCTATAAGTTTTTGGTAGTATTACATCTAAATAATGGGCTGCAGATGGAGGCTTGTCAATGGGATGATGTATGCAGAGCAATAACTACTGAAGTCCAAGCTACGGTTGTGATTTGCTTGACTAGGTGTAATGCAAGTCTCACCTAGTGAGCTACATGAACCCTGCCTTGTGATCTAGAGTCAACTACAGCAGGCCTCAGACTCGGTGGCGTCTTTCATTCAGCCTTTAAGAGATGGATGTCTGATAAATGGAATGTACTTGTAGCTTAGAAAACAAATGGTCCACAGTTAAAGCTTACTAAGGGTCTGACACAATCTGTATCTTTAAGTGATTTTATCCAGTACCGCAATAAAACCGCCAAGGCTTATTTCATTTTGTTGTTGCCCTTTACCAGTTTTATTCTGTTCTTACACCCAGAAAAAGGAAAATAACTATCAAACTATTAATTATCCACATTTGTAATGTTTTAGATAAGGCTAATATGTATTTGTGCATGCTACATTCTACGAAGTGAATACATTTGAACTACACTTTCCTCAATGTTTTGTACATTGACATACAGATGTTGCCTACTGGCATATTTCAGTCACTTAAGATAATCTGATAGCCCAATGGAAAGGTACAACAAAGGTATGGAAATTAAATTCCAATTCTCGTGTCATTGTCATCTGATCTGAAAAATCACATGTTTTTATGGTGTGCCTTTTTAGAGATGTATTTTCCACCAATCCTATTTGAGTTGCTCACCCATATTTGAATTACAGCACCACAAAATAATTTCCACATTATCATGCAACCTTGAGTGAAGACGCTGCATAGAGTGATCAGTATTTGTGTTTTGCACTTTCACAGCAGTTTAAAAAAATGCCCGCTTAAGGCTGGGCAGACagaaaaatgtataaaacaaGGTATTTTATGCTATCAACATGAATAATATGACTGAAGAGCTTTTCTAAAAAGGTAaagatataactatatatatattcccaAAGTACCTCATAAGCCTGACAAATGCTGCATTGACTTTTCTCATTTTTTATTTTGTCTTCATATTGTCCAATAAAATGTAAATTTCCCCTTTGGGAGGTTTGATTGTCACAAGGCTGTGCATATGCCATGCAAAACCAGTTCACTGTCAAACatttaaatgttattttctgAACCTGAAGCCAAAATAAATGGTTGTGTGAGATTGTGTCATGTATGTACTTTTCTTAAATACATTTATCATCATTCTAAATTGTAGCCACATACTTTCCATGTTTTGCTTGTTAGGATGCTGTGAGTGTCCAAAGAACCCCAAAAAAATGGTTTCAGTCAGGAATTCATGTAATTTTCCATCAACAAAACTATGGCGACTCCATACTGTTCGACGTGACCGTTGACTCCGGTATTGCCATGAGAGGGCTGTATCTGTTTGTCCTCCCTATCTTATTCTCCCACACCTTTGTCTTAAGATGGCCTTAGGACTTCAAATGGGGTACCTTCTAGTATATTTGGCCTTAAAAGTACAAAATGATGCACTAGAATCCACACCTTGAGAAACCATGTCATGCATGCGCCATTGCCACATATCTACCTCCTATGAATGTAAGTGCCCTGAAGATGCAGTCACCTGATTTTAATTTGTCCTGTTActcttttttaaaaatatttttatgaCAATCATCCTTGAATTAACAATTTAAATATTTTTGCAAAGCCCTACACTTCCTTATGTCTTGACTTTTCACAGTAAACACTATCCATTTCTGTTTTAGCCCATCAAGGATTTTTTTCTTTAAATGTCAACGTAAAGCCATTGAGGAGCAAAGTGACCAAATGCTTTTTGCAAAGGCAGTCCTGCACAGTACAGTGAACTCAAACCTCCCTCGTGTGTGATTTTAGATTTTCAGAGTTTTCTCTACCACATGCTAAAACTGAATTTGCTGTCATATCTATCATGGAGAGATCTTTTTGGTGCTGGTTTATTGGTTCGATCCACTGCTAGCAGCTCCTCGTTGTCAAAAGTgtcagttttgatttctattacTTTTTTTGTTAACAATTATGATTACAAACACGAGAGATGCTGTAAAGCCCTGATAGAAAATGTGAATGTTTCATTTAATATAGTTAACTCTGGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1793885 lncRNA downstream 16014 58911489 ~ 58911850 (-) True G1567886
TU1793878 lncRNA downstream 35698 58885908 ~ 58892166 (-) True G1567880
TU1793863 lncRNA downstream 55509 58871856 ~ 58872355 (-) True G1567871
TU1793856 lncRNA downstream 105359 58822179 ~ 58822505 (-) True G1567865
TU1793296 lncRNA downstream 185022 58739765 ~ 58742842 (-) True LOC110496609
TU1793923 lncRNA upstream 45678 58978260 ~ 58978474 (-) True G1567913
TU1793957 lncRNA upstream 92440 59025022 ~ 59035338 (-) True G1567944
TU1793992 lncRNA upstream 157427 59090009 ~ 59090699 (-) True G1567979
TU1794047 lncRNA upstream 235365 59167947 ~ 59168189 (-) True G1568021
TU1794053 lncRNA upstream 247516 59180098 ~ 59180748 (-) True G1568027
XM_036953394.1 mRNA downstream 1376 58922028 ~ 58926488 (-) True si:ch211-57n23.1
XM_021572618.2 mRNA downstream 9814 58915161 ~ 58918050 (-) True LOC110496620
XM_021572614.2 mRNA downstream 21693 58877846 ~ 58906171 (-) False LOC110496617
XM_036953392.1 mRNA downstream 21693 58877847 ~ 58906171 (-) True LOC110496617
XM_021572612.2 mRNA downstream 50973 58873695 ~ 58876891 (-) True LOC110496616
XM_021572622.2 mRNA upstream 1686 58934268 ~ 58952492 (-) False ago2
XM_021572623.2 mRNA upstream 1686 58934268 ~ 58952492 (-) False ago2
XM_021572624.2 mRNA upstream 1686 58934268 ~ 58952492 (-) False ago2
XM_021572626.2 mRNA upstream 1686 58934268 ~ 58952492 (-) False ago2
XM_021572627.2 mRNA upstream 1686 58934268 ~ 58952492 (-) False ago2
TU1793867 other downstream 54173 58870937 ~ 58873691 (-) False G1567871
TU1793871 other downstream 57857 58869363 ~ 58870007 (-) True G1567875
TU1792861 other downstream 516735 58410499 ~ 58411129 (-) True G1567080
TU1792723 other downstream 760167 58167384 ~ 58167697 (-) True G1566972
TU1792666 other downstream 849718 58075623 ~ 58078146 (-) True G1566923
TU1793943 other upstream 72263 59004845 ~ 59074648 (-) True G1567931
TU1794038 other upstream 222446 59155028 ~ 59157044 (-) True G1568017
TU1794475 other upstream 796597 59729179 ~ 59736780 (-) True LOC110496637
TU1795401 other upstream 1309349 60241931 ~ 60251369 (-) True G1569198
TU1795466 other upstream 1416194 60348776 ~ 60350759 (-) True G1569258

Expression Profile