RNA id: TCONS_00048869


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00048869
length 4889
RNA type mRNA
GC content 0.34
exon number 2
gene id XLOC_024800
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 33266586 ~ 33275666 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ctcatgtgttcaatacattttttCTGTGTTACTTCATTTTatcacacataacttcatttttaaactaattaggtTTGTTTTCTATATGGATtcctttggttgttaccaacatctggtgaaaatttgaAGTGAACAGCACCTTAGAAATATGTCTTCTTCACCATAAACATTCCCAGTAACATCTGCTGTATAAATGTCACATACTTTCTTAATGCATTGCTTTTCTGAAAACCTGCCTCTGTCCCGCAGCTGCAGTGCCAACTACGAGGGCAGCCGATGTGAACATCTCCAGCTCTTCAGTTTCTCCCACAGCAGTGAAGAGAAGGGCCTGATCGCCGCCGTGGTCATCATCGTCCTGCTCATCATAGTGGTGCTCGGAGTGGTCATCTATTACATCTGCAAAATAAAGAAGGatcaaaacaagaaaagaaaccaacaAAGCCAGCAAAATCCCACAGAGTATTGGAAAGTGAACACCAGCTCGACCCCTGATCAGAAAGTCTGACCCGCTCCCGAATCTCGACTTCATTTTCTAACATCGCCCTCTTGTGGAGACTTTGGACTCAACCGTGAAAATGTGTCGGATCTGCACAGAAGCTGGAACTGCCTACAAAATACCTTTGTAAATATTTCTGTCAATTAAAGCAGGTTAAGTTGAACATGTAACAAACGGATGCAGATTTTACAGTAATCATGTCAGCGAtacaaagcaaaacatttcaaaagCAGCATCCCTACAGTAGATTTTCACTTTAATTACATATAGAAGACTTATCGATATTTAAAATACTACTTGCATGTGATATGTACATACATTTTTCTaatgtgctgtttttgttttggctgtaattattttcttttttaaatattttcctttttatttgtaCTTGTcttatattgttattaatatgcttTCACTTTTAACAAAACCGGTCTCATTTATATATGATCATAGTCATCCTATTTACGCAGGATTAATCCTAAAGTCGGTTTGCAGTATGCAGGTTTTCTGTCTAACACCTATAGGACCAAGTGAATGCAATCGTATCTGGATGCAggcttgatgatgcaagctgagactgcatatctcagtaatgcaatgtcacacacaatgcactcagtggagctagagacgtcactgtgaggggtggggttagagaTAGGTTGGGATGAATGCATTGAAAAGCTTTGGATGCAACTAAGAGCTAGTGACAACaatgtgaggggtggggttaggatgagtgcattaaaaagcattggatgcaactatgagctagtgacatcactgtgaggggtggggttagggatGGGTTTGGATGAATGCATTGAAAAGCTTTGGATGCAACTaagagctagtgacatcactgtgaggggtggggttaggatgagtgcattaaaaagcattggatgcaactaagagctagtgacatcactgtgaggggtggggttaggatgagtgcattaaaaagcattggatgcaactatgagctagtgacatcactgtgaggggtggggttaggatgagtgcattaaaaagcattggatgcaactatgagctagtgacatcactgtgaggggtggggttaggatgagtgcattaaaaagcattggatgcaactatgagctagtgacatcactgtgaggggtggggttaggatgagtgcattaaaaagcattggatgcaactatgagctagtgacatcactgtgaggggtggggttaggatgagtgcattaaaaagcattggatgcaactaagagctagtgacatcactgtgaggggtggggttaggatgagtgcattaaaaagcattggatgcaactatgagctagtgacatcactgtgaggggtggggttagggatGGGTTTGGATGAGTGCATTAAAAAGAATTGGATGCAACTAAGAGCTAGTGACAACACTGTGAGGGGTGGGGGTAGGTATGGGTTTGGATGAGTGtattaaaagcattggatgcaactAAGAGCTAGTGACttcactgtgaggggtggggttagggatGAGTTTGGATGTGTGCATTAAAGAGCATAGGATGCAACTAAGAGCTAGTGACttcactgtgaggggtggggttagggatGAGTTTGGATGTGTGCATTAAAGAGCATAGGATGCAACTAAGAGCTAgagacgtcactgtgaggggtggggttagagaTGGGTTAGGatgaatgcattaaaaagcattggatgcaactAAGAGCTAGTGACAACACTGTGAGGGTGGGGTTAGAGATGGGTTTGGatgaatgcattaaaaagcattggatgcaactaagattgcactgcaccaagtctgcatccagacaccTCTTAGTGAATGTGCTGAAAATGTGAAGCATACCATCTTATTTGTCCCAAAATGCAATGTGATTGCCTTAAGATGCATTAATTAGATGGAGGAGTAATCAACTCTATTTTTACCAGCATTTTCTTGTCTCTATTAAGTCTGAAGGTCTAAAGTTAACATATTTttgaacatacaaaataaaaatatatagaaaataagtTTCAAATCATTTTcttacagacacacatacacacgcatgcACCTACAAACAACTGTTTTAAGGTACATTTTGGAAAAATCTGTTTATACTTGCTACCGTTTTGCATACATGCACTAAACAGGGATAGGATGTTAAACaccattgaattgaattgaatgttgtttgacagattttagacaagctgtagaaaaatacaagtatcccatacattttgaaataaaaactgtcgaggataaaaacacaataaagccctgggcttgttTCCATTGTTGTCCTcgctgttaaataaaaaaaagtatgggtttaaaatacagattatgcataaaataaacagtacctgcacattttaaaacaggaacaaaattattcacaaaatacattcatgtttattattattattattattattaatattattattgttgtttttattattatgtttggatataacttttaaGAATGGCCTGTAGAGAGCAtcagatgttttaaaatattcaataagatttttttttgccagaaAGTTTCTCAAACATCTTTACAGATTCCTTGAATACATATTtatactggttaaaaaaaaaaaaataaaaattaaacattacatatattactgagcaacattttttaaattaaaaacctcAAAAGAAGGCATCTGTTCTGTATTTTTAGAAAACAATCATCTGAACGtgtattaaatattaacaaaaccTAAGATTCCCAGTTTATGATGCAGCACTAACTTTGATACACATTTTGGTTTCTCAACGCagttatttaagactttttagtgctacatttaaattaaatgccTCCAAAAATGACAGTGCTACTTTAAATTGTGCTGTCTACTTTCTAAATATTGTCAAACATGTGAAAAAATATGGATTATATCACTTCAATCAAACACAAAAATGGTAGCGTCCTTACTGTATGTGGTCAACAAAAGAAACTAGATGACGTCTAATAGTAATGTTTGATACGGCACCCCAAAGAAAATCCTACTGAAAGCTtattttttgagatatcaacttcaaatttgggaaataatttgttaaaatattaagcTTTGCTTTTTGATCaattttaggcaaaaaaagtttttaaaaacacattttatatctaaaataataataatgtatattataatatgtaCAATAAATTCATTTTAGAGTTTTCTTAAACTTAAAGGCACATGACTTTTGTTTaccgttttattttttattttgagtgaacGATGATGGAAATTGGTTTCCTCAAGTGGTTTGAGTTTCCTTGTCTTTTTGGGTTTTACCGTGTACactaaacaaaaatatgacaCTGAACATACAGATTTTTTTGTTAGTGTAAGTTTTAAGAATGGCCTGCAGAGAGCAGCagatgttttaaaacattcaagattttatttattttttactagaaAGTCTCTCAAATGTCTTTATAGTTTCTTGAATACATATTTATAGCAGTTCAAAGCCAAAAAATATATCACAGATATTACTCagcaacagttatttattaattaaaacccTCAAAAGATGACATCCATTCTGTATTTTTAGAAAATCAATCGTCTGAACGtgtattaaatattataacaaaactAAAGATTCTCAGTTTGTGATGCAGCACTAACTTTGATATGCATTTTGGTTTCTCAACGTAGTTAAGAGTTTTTAGAGGCTACATTTAAATTGAATACCACTAAAAGTGCCTGTACTACTTTAATAAGTGATATCTACTTCCTAAATATTATCAAAAGTTtgcaaaaaatatgaataatttcgCTCAAATCATACACAGAAAAGTGGCTGGATGTACTActgaaagctattttttttaagatatcaacttcaatttgggaaataatttgttcaaatttttagctttgtttttcgATCAATtttaggaaaaaatatttttaaaaacacattttatttaataaaataatatttataattcatttgttttactgttttcttaAACTTAAAGGCAtatgacttttgttttatttacgtttttatttttattttgagtgaaTGACGCAAACAATATAAGAGAATTCTAAAAGTGCCAGTACTTTAAAATGTGACTTTAAAATCTACTTCATAAATATtgtcaaaagttaaaaaaaaagacaaaaggataACATCGCTTAAATTATACATACAAGCAGAGGCGTCATTATAATGGTCAAAGTAAGCTGGATGTAGTCTAGTGGTGATGTTTGGTACTGCACCCACACAAAATACTACTGAAAGCTcttttttgagatatcaactttgatatttaatataatatatagtcaaatatttagCTTtggtttttagtcatttttaggctaaaacatgtttagaaaaaataca

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000193605

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049411 lncRNA downstream 64396 33186873 ~ 33202190 (-) True XLOC_024799
TCONS_00049410 lncRNA downstream 259541 33004227 ~ 33007045 (-) True XLOC_024798
TCONS_00049106 lncRNA downstream 735718 32518399 ~ 32530868 (-) False XLOC_024794
TCONS_00049105 lncRNA downstream 735718 32518399 ~ 32530868 (-) False XLOC_024794
TCONS_00049107 lncRNA downstream 735857 32520979 ~ 32530729 (-) False XLOC_024794
TCONS_00049412 lncRNA upstream 158746 33434412 ~ 33435148 (-) True XLOC_024801
TCONS_00049413 lncRNA upstream 475133 33750799 ~ 33762426 (-) False XLOC_024802
TCONS_00049414 lncRNA upstream 477632 33753298 ~ 33762411 (-) False XLOC_024802
TCONS_00049415 lncRNA upstream 477632 33753298 ~ 33762426 (-) True XLOC_024802
TCONS_00049416 lncRNA upstream 663447 33939113 ~ 33952164 (-) False XLOC_024803
TCONS_00048868 mRNA downstream 378471 32886143 ~ 32888115 (-) True XLOC_024797
TCONS_00048867 mRNA downstream 396792 32787363 ~ 32869794 (-) True XLOC_024796
TCONS_00048866 mRNA downstream 514604 32746014 ~ 32751982 (-) True XLOC_024795
TCONS_00048862 mRNA downstream 802437 32404938 ~ 32464149 (-) False XLOC_024793
TCONS_00048863 mRNA downstream 817351 32405318 ~ 32449235 (-) True XLOC_024793
TCONS_00048870 mRNA upstream 878505 34154171 ~ 34156152 (-) True XLOC_024806
TCONS_00048872 mRNA upstream 999025 34274691 ~ 34284144 (-) False XLOC_024808
TCONS_00048873 mRNA upstream 1001587 34277253 ~ 34281411 (-) False XLOC_024808
TCONS_00048874 mRNA upstream 1003021 34278687 ~ 34280080 (-) True XLOC_024808
TCONS_00048875 mRNA upstream 1212034 34487700 ~ 34512102 (-) True XLOC_024809
TCONS_00048855 other downstream 1245591 32020881 ~ 32020995 (-) True XLOC_024789
TCONS_00048850 other downstream 1359002 31890273 ~ 31907584 (-) False XLOC_024787
TCONS_00048845 other downstream 1588393 31678079 ~ 31678193 (-) True XLOC_024783
TCONS_00048836 other downstream 1948458 31318012 ~ 31318128 (-) True XLOC_024776
TCONS_00048832 other downstream 2222379 31044110 ~ 31044207 (-) True XLOC_024773
TCONS_00048871 other upstream 979479 34255145 ~ 34255273 (-) True XLOC_024807
TCONS_00048891 other upstream 1816246 35091912 ~ 35095112 (-) False XLOC_024824
TCONS_00048937 other upstream 2682488 35958154 ~ 35963205 (-) True XLOC_024864
TCONS_00048942 other upstream 2782854 36058520 ~ 36058655 (-) True XLOC_024867
TCONS_00048949 other upstream 2978663 36254329 ~ 36263112 (-) False XLOC_024872

Expression Profile

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