RNA id: TCONS_00049419


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049419
length 340
lncRNA type antisense_over
GC content 0.41
exon number 2
gene id XLOC_024805
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 34007807 ~ 34008484 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tcttCTTCtgccaaaaataatacaaaacttgGTCACACATTTACTGTCTACACACTATTATTATGTTTGCTGTAAAGCATATCAATTTATGCTAAGTGCTTAAgaacaaaccaaaacaacaacacatcAAGACGAGGGTCTATTCATCTTCACTGGTCTGCAGGTCCTTCAGCAGCTTGTCCCTCATGTTGTCCAGCAATGATAGCTTCATACGAGCAGCTTGTTTCTTCTTCGTCTTTGGCGAGTCATTGGGGTTGGCTGATGCGTTGCTTTTTTGTGGTTGTCTGCAAGCTTTTTTTCTCTGTCTTTGCTTTGGTCCCGCCTTAACTTTTGGCTgagt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049418 lncRNA downstream 37742 33963179 ~ 33970065 (-) True XLOC_024804
TCONS_00049417 lncRNA downstream 55613 33939113 ~ 33952194 (-) True XLOC_024803
TCONS_00049416 lncRNA downstream 55643 33939113 ~ 33952164 (-) False XLOC_024803
TCONS_00049413 lncRNA downstream 245381 33750799 ~ 33762426 (-) False XLOC_024802
TCONS_00049420 lncRNA upstream 469613 34478097 ~ 34512102 (-) False XLOC_024809
TCONS_00049421 lncRNA upstream 632956 34641440 ~ 34643204 (-) True XLOC_024811
TCONS_00049108 lncRNA upstream 663584 34672068 ~ 34681696 (-) False XLOC_024813
TCONS_00049422 lncRNA upstream 925347 34933831 ~ 34938131 (-) True XLOC_024816
TCONS_00048883 lncRNA upstream 954179 34962663 ~ 34965071 (-) False XLOC_024817
TCONS_00048869 mRNA downstream 732141 33266586 ~ 33275666 (-) True XLOC_024800
TCONS_00048868 mRNA downstream 1119692 32886143 ~ 32888115 (-) True XLOC_024797
TCONS_00048867 mRNA downstream 1138013 32787363 ~ 32869794 (-) True XLOC_024796
TCONS_00048866 mRNA downstream 1255825 32746014 ~ 32751982 (-) True XLOC_024795
TCONS_00048863 mRNA downstream 1558572 32405318 ~ 32449235 (-) True XLOC_024793
TCONS_00048870 mRNA upstream 145687 34154171 ~ 34156152 (-) True XLOC_024806
TCONS_00048872 mRNA upstream 266207 34274691 ~ 34284144 (-) False XLOC_024808
TCONS_00048873 mRNA upstream 268769 34277253 ~ 34281411 (-) False XLOC_024808
TCONS_00048874 mRNA upstream 270203 34278687 ~ 34280080 (-) True XLOC_024808
TCONS_00048875 mRNA upstream 479216 34487700 ~ 34512102 (-) True XLOC_024809
TCONS_00048855 other downstream 1986812 32020881 ~ 32020995 (-) True XLOC_024789
TCONS_00048850 other downstream 2100223 31890273 ~ 31907584 (-) False XLOC_024787
TCONS_00048845 other downstream 2329614 31678079 ~ 31678193 (-) True XLOC_024783
TCONS_00048836 other downstream 2689679 31318012 ~ 31318128 (-) True XLOC_024776
TCONS_00048832 other downstream 2963600 31044110 ~ 31044207 (-) True XLOC_024773
TCONS_00048871 other upstream 246661 34255145 ~ 34255273 (-) True XLOC_024807
TCONS_00048891 other upstream 1083428 35091912 ~ 35095112 (-) False XLOC_024824
TCONS_00048937 other upstream 1949670 35958154 ~ 35963205 (-) True XLOC_024864
TCONS_00048942 other upstream 2050036 36058520 ~ 36058655 (-) True XLOC_024867
TCONS_00048949 other upstream 2245845 36254329 ~ 36263112 (-) False XLOC_024872

Expression Profile

//