RNA id: TCONS_00049604


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049604
length 107
RNA type snRNA
GC content 0.48
exon number 1
gene id XLOC_025076
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 9038830 ~ 9038936 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gtgctcgctacggtggcacatatactaaaattggatcgatacagagaagattagcatggcccctgcgaaaggatgacacgcaaatccgttaagcgctccatattgct

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000182301

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052594 lncRNA upstream 5818 9032205 ~ 9033012 (+) True XLOC_025071
TCONS_00052325 lncRNA upstream 58615 8978736 ~ 8980215 (+) True XLOC_025068
TCONS_00052324 lncRNA upstream 60141 8978232 ~ 8978689 (+) True XLOC_025067
TCONS_00052323 lncRNA upstream 163000 8874956 ~ 8875830 (+) True XLOC_025066
TCONS_00052593 lncRNA upstream 189101 8847767 ~ 8849729 (+) True XLOC_025065
TCONS_00052595 lncRNA downstream 684860 9723796 ~ 9725382 (+) True XLOC_025086
TCONS_00052596 lncRNA downstream 1140955 10179891 ~ 10231275 (+) True XLOC_025088
TCONS_00052597 lncRNA downstream 1707464 10746400 ~ 10749345 (+) True XLOC_025090
TCONS_00052598 lncRNA downstream 1894550 10933486 ~ 10938406 (+) False XLOC_025091
TCONS_00052599 lncRNA downstream 1897253 10936189 ~ 10938406 (+) True XLOC_025091
TCONS_00049597 mRNA upstream 202108 8827013 ~ 8836722 (+) True XLOC_025064
TCONS_00049595 mRNA upstream 202486 8825382 ~ 8836344 (+) False XLOC_025064
TCONS_00049596 mRNA upstream 207548 8826905 ~ 8831282 (+) False XLOC_025064
TCONS_00049592 mRNA upstream 741580 8290595 ~ 8297250 (+) False XLOC_025060
TCONS_00049610 mRNA downstream 32870 9071806 ~ 9091825 (+) False XLOC_025082
TCONS_00049611 mRNA downstream 38971 9077907 ~ 9088394 (+) False XLOC_025082
TCONS_00049613 mRNA downstream 43319 9082255 ~ 9083907 (+) False XLOC_025082
TCONS_00049612 mRNA downstream 43319 9082255 ~ 9083907 (+) False XLOC_025082
TCONS_00049614 mRNA downstream 43434 9082370 ~ 9083907 (+) True XLOC_025082
TCONS_00049603 other upstream 1478 9037246 ~ 9037352 (+) True XLOC_025075
TCONS_00049602 other upstream 2007 9036717 ~ 9036823 (+) True XLOC_025074
TCONS_00049601 other upstream 2534 9036190 ~ 9036296 (+) True XLOC_025073
TCONS_00049600 other upstream 3054 9035676 ~ 9035776 (+) True XLOC_025072
TCONS_00049599 other upstream 7310 9031370 ~ 9031520 (+) True XLOC_025070
TCONS_00049605 other downstream 951 9039887 ~ 9039993 (+) True XLOC_025077
TCONS_00049606 other downstream 1481 9040417 ~ 9040523 (+) True XLOC_025078
TCONS_00049607 other downstream 2011 9040947 ~ 9041053 (+) True XLOC_025079
TCONS_00049608 other downstream 2526 9041462 ~ 9041568 (+) True XLOC_025080
TCONS_00049609 other downstream 3053 9041989 ~ 9042095 (+) True XLOC_025081