RNA id: TCONS_00049609


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049609
length 107
RNA type snRNA
GC content 0.48
exon number 1
gene id XLOC_025081
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 9041989 ~ 9042095 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gtgctcgctacggtggcacatatactaaaattggatcgatacagagaagattagcatggcccctgcgaaaggatgacacgcaaatccgtgaagcacTCCATTTTGCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000164567

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052594 lncRNA upstream 8977 9032205 ~ 9033012 (+) True XLOC_025071
TCONS_00052325 lncRNA upstream 61774 8978736 ~ 8980215 (+) True XLOC_025068
TCONS_00052324 lncRNA upstream 63300 8978232 ~ 8978689 (+) True XLOC_025067
TCONS_00052323 lncRNA upstream 166159 8874956 ~ 8875830 (+) True XLOC_025066
TCONS_00052593 lncRNA upstream 192260 8847767 ~ 8849729 (+) True XLOC_025065
TCONS_00052595 lncRNA downstream 681701 9723796 ~ 9725382 (+) True XLOC_025086
TCONS_00052596 lncRNA downstream 1137796 10179891 ~ 10231275 (+) True XLOC_025088
TCONS_00052597 lncRNA downstream 1704305 10746400 ~ 10749345 (+) True XLOC_025090
TCONS_00052598 lncRNA downstream 1891391 10933486 ~ 10938406 (+) False XLOC_025091
TCONS_00052599 lncRNA downstream 1894094 10936189 ~ 10938406 (+) True XLOC_025091
TCONS_00049597 mRNA upstream 205267 8827013 ~ 8836722 (+) True XLOC_025064
TCONS_00049595 mRNA upstream 205645 8825382 ~ 8836344 (+) False XLOC_025064
TCONS_00049596 mRNA upstream 210707 8826905 ~ 8831282 (+) False XLOC_025064
TCONS_00049592 mRNA upstream 744739 8290595 ~ 8297250 (+) False XLOC_025060
TCONS_00049610 mRNA downstream 29711 9071806 ~ 9091825 (+) False XLOC_025082
TCONS_00049611 mRNA downstream 35812 9077907 ~ 9088394 (+) False XLOC_025082
TCONS_00049613 mRNA downstream 40160 9082255 ~ 9083907 (+) False XLOC_025082
TCONS_00049612 mRNA downstream 40160 9082255 ~ 9083907 (+) False XLOC_025082
TCONS_00049614 mRNA downstream 40275 9082370 ~ 9083907 (+) True XLOC_025082
TCONS_00049608 other upstream 421 9041462 ~ 9041568 (+) True XLOC_025080
TCONS_00049607 other upstream 936 9040947 ~ 9041053 (+) True XLOC_025079
TCONS_00049606 other upstream 1466 9040417 ~ 9040523 (+) True XLOC_025078
TCONS_00049605 other upstream 1996 9039887 ~ 9039993 (+) True XLOC_025077
TCONS_00049604 other upstream 3053 9038830 ~ 9038936 (+) True XLOC_025076
TCONS_00049621 other downstream 1110043 10152138 ~ 10163561 (+) True XLOC_025087
TCONS_00049628 other downstream 2901454 11943549 ~ 11946957 (+) True XLOC_025104
TCONS_00049660 other downstream 4364131 13406226 ~ 13406323 (+) True XLOC_025130
TCONS_00049661 other downstream 4364356 13406451 ~ 13406538 (+) False XLOC_025131
TCONS_00049675 other downstream 4806131 13848226 ~ 13857716 (+) False XLOC_025143