RNA id: TCONS_00052328


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052328
length 688
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 2
gene id XLOC_025129
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 13389862 ~ 13406082 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCCTGTCTGGCCCCCAGAcgaaccctctctctctctgtctctctctttctctttctctctctcctatATAAACACTCATAGCGTCTATACTGAAGCCGGACACTCCCTCTTAGACACAAGAGCTATATGGTTCCTggagaagcacacacacatacagagagacaGAGATCATCCAGTCTCGGAAGACCGTGCCAGACGCTGCACAGCCAAAACAACTTTCGGAGGAAGGAGGAGGAACATAGGGAGAAGGAAAAAAAACGAGCTAAAATGTGTGACAAAAACTGAAAGGCCAAGCCGGGAGTGATATTAGACGACTGGAGAGCGCTATGAGATCACAGCAGCCCGCAGGTGATTATTCATCGCGTGCACAGACACAGTAAGACCCAGAAATCTGATATAACCAAGCGTATTATATACAGACATATTGTGTGGAAGATAATAGTAGTGGCATTAGTGTGATGGTTAGAACTGCGAAGTATTGTAAAATGCAAATACTTGTCtgctgctttgaaaatgtgtcaaTATAAGTCTTTATTGTCAAATATGTTTTAGTATAAGCATAATAAGTGATTTGTTACTTTACTgagaaagtgagtaaacccattgtaacttggaactgttaagacctaactttattttataattaagcACTGTCATTTGCTTAATTTTagggcaacaggtttactca

Function

GO:

id name namespace
GO:0031290 retinal ganglion cell axon guidance biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052617 lncRNA upstream 22354 13360703 ~ 13367508 (+) True XLOC_025128
TCONS_00049655 lncRNA upstream 222534 13149550 ~ 13167328 (+) True XLOC_025125
TCONS_00052615 lncRNA upstream 535383 12838694 ~ 12854479 (+) False XLOC_025122
TCONS_00052616 lncRNA upstream 546932 12839025 ~ 12842930 (+) True XLOC_025122
TCONS_00052614 lncRNA upstream 1125404 12239692 ~ 12264458 (+) True XLOC_025107
TCONS_00052619 lncRNA downstream 15699 13406537 ~ 13413213 (+) True XLOC_025131
TCONS_00052620 lncRNA downstream 86034 13476872 ~ 13477873 (+) True XLOC_025134
TCONS_00052621 lncRNA downstream 637405 14028243 ~ 14073770 (+) True XLOC_025145
TCONS_00052329 lncRNA downstream 810205 14201043 ~ 14202519 (+) True XLOC_025147
TCONS_00049683 lncRNA downstream 851281 14242119 ~ 14248150 (+) False XLOC_025148
TCONS_00049659 mRNA upstream 42766 13332870 ~ 13347096 (+) True XLOC_025127
TCONS_00049657 mRNA upstream 130964 13190028 ~ 13258898 (+) False XLOC_025126
TCONS_00049658 mRNA upstream 130964 13242690 ~ 13258898 (+) True XLOC_025126
TCONS_00049656 mRNA upstream 131759 13190012 ~ 13258103 (+) False XLOC_025126
TCONS_00049654 mRNA upstream 527382 12861158 ~ 12862480 (+) True XLOC_025124
TCONS_00049662 mRNA downstream 50062 13440900 ~ 13446085 (+) True XLOC_025132
TCONS_00049663 mRNA downstream 78866 13469704 ~ 13473197 (+) True XLOC_025133
TCONS_00049664 mRNA downstream 91704 13482542 ~ 13489945 (+) True XLOC_025135
TCONS_00049665 mRNA downstream 121146 13511984 ~ 13521115 (+) True XLOC_025136
TCONS_00049666 mRNA downstream 168361 13559199 ~ 13567762 (+) True XLOC_025137
TCONS_00049628 other upstream 1442905 11943549 ~ 11946957 (+) True XLOC_025104
TCONS_00049621 other upstream 3226301 10152138 ~ 10163561 (+) True XLOC_025087
TCONS_00049609 other upstream 4347767 9041989 ~ 9042095 (+) True XLOC_025081
TCONS_00049608 other upstream 4348294 9041462 ~ 9041568 (+) True XLOC_025080
TCONS_00049607 other upstream 4348809 9040947 ~ 9041053 (+) True XLOC_025079
TCONS_00049660 other downstream 15388 13406226 ~ 13406323 (+) True XLOC_025130
TCONS_00049661 other downstream 15613 13406451 ~ 13406538 (+) False XLOC_025131
TCONS_00049675 other downstream 457388 13848226 ~ 13857716 (+) False XLOC_025143
TCONS_00049684 other downstream 853828 14244666 ~ 14244784 (+) True XLOC_025148
TCONS_00049690 other downstream 1008387 14399225 ~ 14399652 (+) True XLOC_025154

Expression Profile

//