RNA id: TCONS_00052332


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052332
length 260
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 2
gene id XLOC_025170
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 15517552 ~ 15517899 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atgtattttgcactgtccagacatgtatataggggtacattttcagaatgagcttggattgatgatttaaattatttcacaGCTACCATTGTCAAAAATCAGAACAAAGCTAAAGGATGGAGATAAACTAGTCCTACATGCAGGAGCAAAAcctgacaaatgttttaaaatacaacacaTAAActttgtttaaaagaagaaaggcATACACACTGAGAATTGCTTGGAGGAGCATAAATTCTGGGGCAATTCTCATTTTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049715 lncRNA upstream 11395 15505184 ~ 15506157 (+) False XLOC_025169
TCONS_00049716 lncRNA upstream 11395 15505277 ~ 15506157 (+) True XLOC_025169
TCONS_00052624 lncRNA upstream 245259 15271946 ~ 15272293 (+) False XLOC_025165
TCONS_00052623 lncRNA upstream 285714 15229952 ~ 15231838 (+) True XLOC_025164
TCONS_00052622 lncRNA upstream 1229711 14277650 ~ 14287841 (+) True XLOC_025151
TCONS_00052625 lncRNA downstream 100379 15618278 ~ 15621754 (+) True XLOC_025172
TCONS_00052626 lncRNA downstream 121553 15639452 ~ 15646667 (+) True XLOC_025173
TCONS_00052627 lncRNA downstream 167463 15685362 ~ 15692587 (+) False XLOC_025174
TCONS_00052628 lncRNA downstream 167595 15685494 ~ 15692587 (+) False XLOC_025174
TCONS_00052629 lncRNA downstream 167856 15685755 ~ 15692587 (+) False XLOC_025174
TCONS_00049714 mRNA upstream 91863 15394428 ~ 15425689 (+) True XLOC_025168
TCONS_00049711 mRNA upstream 125086 15358459 ~ 15392466 (+) False XLOC_025167
TCONS_00049713 mRNA upstream 125108 15360879 ~ 15392444 (+) True XLOC_025167
TCONS_00049712 mRNA upstream 156174 15358625 ~ 15361378 (+) False XLOC_025167
TCONS_00049710 mRNA upstream 200160 15296824 ~ 15317392 (+) True XLOC_025166
TCONS_00049717 mRNA downstream 32623 15550522 ~ 15608166 (+) False XLOC_025171
TCONS_00049718 mRNA downstream 32645 15550544 ~ 15608033 (+) True XLOC_025171
TCONS_00049720 mRNA downstream 218912 15736811 ~ 15746999 (+) True XLOC_025175
TCONS_00049722 mRNA downstream 256092 15773991 ~ 15795396 (+) False XLOC_025176
TCONS_00049723 mRNA downstream 258547 15776446 ~ 15795110 (+) True XLOC_025176
TCONS_00049704 other upstream 832949 14674769 ~ 14684603 (+) True XLOC_025161
TCONS_00049690 other upstream 1117900 14399225 ~ 14399652 (+) True XLOC_025154
TCONS_00049684 other upstream 1272768 14244666 ~ 14244784 (+) True XLOC_025148
TCONS_00049675 other upstream 1659836 13848226 ~ 13857716 (+) False XLOC_025143
TCONS_00049661 other upstream 2111014 13406451 ~ 13406538 (+) False XLOC_025131
TCONS_00049719 other downstream 173404 15691303 ~ 15719823 (+) True XLOC_025174
TCONS_00049721 other downstream 237824 15755723 ~ 15774178 (+) False XLOC_025176
TCONS_00049736 other downstream 855113 16373012 ~ 16373127 (+) True XLOC_025188
TCONS_00049741 other downstream 1051366 16569265 ~ 16588629 (+) True XLOC_025190
TCONS_00049746 other downstream 1150704 16668603 ~ 16678650 (+) False XLOC_025192