RNA id: TCONS_00052635


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052635
length 7518
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 1
gene id XLOC_025218
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 18189609 ~ 18197126 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CATGGAGGGATCGTATATCATTTGCATGTTCATATTTCGCAAACATGACTGTTAAAGCGACATTTATGCCCCCAACTAGAtcaaatgactgaataaatataaaggcTAAGTAGTGAGCTGACACAGCAGATGAGCAAAGCTTTAAAACAACCTTAGCTAATCTGTTTATCTCTGTTTTGCATGGTTAAACGTGAACAGGCTGCTGTCTTCGAGAGGGAATCAGTGTTATGAAATAGACGACAGAAAACGACGAGATGATACGTGCCGAGGTAAAGAAATAGCCcagggaacttttttttttttccaggaacAGACGTGCATCTTATACATTTACAGGTCAACACACGTTTCTATACACACCTATAGTAACAGTTGACAtgtttgtgttattatttttatacaatacatAATATGAATTACATTGCAAATGAAAAAGATACGACAGAgagaaacagaaataaataataaagaacatgaaataaacttaaggGGAAGATCCaattactgtatataaattaaAGCCATTACAAGATGAAATAATTCTGCTTGCTTTCTTATATTcagataataaaattatatttaaataataactaaattcttgcaaaaaacagtaaaatatggTTTGCTATTAGTAAATGTGCATTTGTGgatttactgtatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatacaattgcatataatataatattgatataatttagaattaaatagcatgttttaaacctgtttaatAGTTTATCAAATATTTGGTTTATGCTGGAAATATGTTGTGGTACAGTAACAACATAGTAAAACAACTGTAGAAAATAGATTATGTCCTTGCAGAAAATTTGTACTGCCATAtcatatttatacatacagttgaagtcagaattattagcccccttgtttatattttcccccagtttctgtttaacggagagcagattttttttcaacacatttccaaacataatagttttagtaactcatttctaataactgatgtattttatctttgccatgatgacagtaaataataattatttttcaagacacttctatacagcttaaagtgacatttaaaggcttaactaggttaattacgttaactaggcaggttagggtaattaggcaagttattgaataatgatagtttattctgtagactatcgaaaaaatatatatagcttaaaggggctaataattttggcaataaaatagcttttaaaaaattaaaaactgattttattctggctgaaataaaacaaataagacttttttcagaaaaaaaaaaatcagacatactgtgaaaatttccttgttctgctaaacataatttgggaaatatttaaaaaaggaaaaaattcaaaggggggctaataattctgatttgtATACTGAATTCTGAACTGTATATACacaccataataatataatttatgaaTAATTCCTTAATACAGACTAATTTGTAATGGAAACAAAGTAAAGCAAATTTTATTCTGCCAGGATAGTAcccaattattaatatttgtttacagcAAAGAGATACAATAAGATGGATTGAACAGcattttaataagttttaataCTCAAACTAGTTTCTGATAACTCTAAATCCTTtaaaataattcagtaaaatataaaaaatctggATGCAAtcacaatataaaaatgtaaggcTTCATTCTCTGTATTATTATAACAAATTTTAACTGGATTTTTGCACCGCTTTCTTTAGAAGACTTATCTGTACAATTATAGTTCTTAATAATAATTAGCAATTACTTCTGATTTTCTGCCATTTTGAAGATACTGTATCTCTGGCCTTTTTAATGCAGTGTAGCTAATTTAGTTGACGTCACTGTTAGCTGATGAGTGCAATTCAAATAAGGATCACACATCACATTATTATCTGCCTGGGCAACCGGTCTTAATGATGAGGATATAATGGGACAGGAACGGACCAAGGGTATGACTCAGTTAGACATCGCTCTGAAAGCGCACTCCCTGTTATTTATACAGCAAACAACCAACCAAAAGCCAGTCATGTGTTGGTCTGGCCAGAGGATTGGAGTATGAAAGGCCACCGAGATAAAGATTCGCATGTACTCGTCACTGTTTTATTGTACTTTGGTGTTAGAAACTACCTTCCACAGCAAATGGCTTCAAACTTCAAATGATATGTAAATGAGTTCACAACTGCCCCGGTGAAAAAAGCTTTGTCTTCACTCTTTGTGCTGCCAGTTTCAGAGCTTCTGTTCATGCGGTTTCATTCAAAAACCTTTCTATATATGCTGTATGAATGAGTTTAACTTTCTACAGGTGCAAAGAgtgatttatttttctaaatgttaTCAAATCAAGTAAATGATTGAAAAAAATGCAGCCTTAAACATGGATTTACAGTATTTGACTTTTTATTAcaacttttaaatgttattttaaattgaaatacaaaaaaaaaaaaaatagaaaaatgtctgtctatctatccttctatccatctaactatctatcgatctatcaatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctttctatctatctatcttgacATATTCTCACCCATATCTGTCACCCATATTGACAGAACAACATAACATTTTTGCGattactgaaatatcacatggtcctaagtgTTCAGACCCTTTTTTTCCTATTTAGTAGAAGCAGccttttgatctaatacagccgtaagtctttttgggaaagatgcaacaagtttttcaTACCTGGATTTtgggatcctctgccattcccCCTTGCAGAtgctctccagttctgtcagatTGGATGGTAAATGTTGGCGGACAGCCATTTATAGGTTTCTCCACAAAAAGCTTAATTGGGTTAAAGTCAGGGCTGTGGCTGGGCCATTAAAGAACAAagaatcaatccatccatccatctgtccgtctatcaGTCTCTGTCTTTCTATATCTACAGTGTGTACGAGATATTCAGACCCTCTAATCTGGCTGTctgtcttttcatccatccatccatccgtccgtccgtctgtccatctgtctgtctgtctctgtctatctgtctgtccatctatccatccatccatccatccatccatccatccatccagtctgtCTGTGCCATCAAATCATTTTTCATTTCCCACAAATCTCTGCACTCATCTATCCACCCACCCATGCATGCATCCATTtttaacatttcttattattttcacaaattaatattaatattttttaaaatgtgaaacgTTTATCAACAATTTGAGTTTTACCAAAATTATTGAATTTGTtatataattcaatttaattcctgttaaaatgtaaacatgcagAATCTATCtatatcaaaacaaaataaacaggctTCAGCAGAGAGGTACTGTAAGACTGTATTAATGTTTCAGTCCGCATATTCTACTGCAAACAGCAGGCCGCTATacctgttttgtgtgtgtgttgctcttaTCATGGAATGTCATGCGTTTAATCCTCTACCTGCACCTTTAAACGCAATATAAATCAGATTTTATTATTACGATAGGGGACATGCTATGCTGTAGCACAATAGGAACAGTGCTCATGTGTTTTCTGTGCCTAATGGCCTGTGATTTTTCTGCCCCACTGCAGCGAGGAGAAAAGCAGACTAATTTCCTGGGAAAAGCAAAGCTGAATTCTGTTCCCTGATTGGATGCACTGCTGGTTTTTCATATGAGAGTCACGcgtaaacatgcacacacatatccAGAAAGCACAAGGTAAACCCATGCAACCTCAAGTCTCTCTTTCCCTCTCCTAGCTACCGGTCTTGAAGGAAGAACTTTTGACATTGGCGAGTGCTGAGACTTAACATGGAGTTCAGAGGCGGGTTTGCACAACAAACAGATGTTCTTTGATGTCAGCTGCAGTGAGGGGGAGGCGAAAAAATGGGAACGCTAAAAAGAAGTAGGAGGAAGGTGTCAGAACTCTAATCACCAGCCAGCGCACAGAAAGAAATCTATTGTATCTCGTAGCGCAAACACTGGGTTGTATTCACCATAACCTTGGCTTTTATACAAGATTACATTTATTCCATTGGTTATATCATTAAGAATTTGTGACTGGTATGTTTGATATAGTATTCAAAGAATTGAACAGCATGGCTTACACCTGTTAAACCCTTTAAAGGCCTCTCATTGAAATATTCGTTTGGAGTTTTACTACAATATTATAAGACTTTAATgacatataatataatgtatgtcAATGAAGTTACCATATATGCTTGATTAAGAGTgtataaattacaaaatatttgGTTTATGCTGAAAAATGTGCTAATATGTTAAAGTAATAGcatagtaaaaaaagaaaagggaTTATGTTCTGGCAGAacgttattattcattcattttccttcagcttagtctcttttgtATCAGGGGTCGGTGAACCGCAaactataccagcatatgttttaaacagcggatgcccttccagccacaaccaacccagtacagggaaacacccatatactctcgcattcacacacataaattacagccaatttagtttatttaattcacttaaagtgcatgtgggaaactggagcacatggaggaaacccgcacaaacatggggagaacatgcaaactcctcatagaaataccaactggctcagccggggttcgaaccagtgacgttcttactgtgaggtgacagtgctaactaatgaaccactgtgccaccaatGGAGGGTCTCACACCAGAAGCGTCGCTCGGCGACacgccacaaaacataaaaataaacattttgaatatgcgcataaaaatcggttgatggaaacgccaagataaatgttgaaaatgcgcattaaaaacatatgtgcataactgagtagtaTACATTTTTTAAGAAAAG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Function

GO:

id name namespace
GO:0006399 tRNA metabolic process biological_process
GO:0006400 tRNA modification biological_process
GO:0008033 tRNA processing biological_process
GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination biological_process
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GO:0043231 intracellular membrane-bounded organelle cellular_component
GO:0051539 4 iron, 4 sulfur cluster binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03050 Proteasome
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko05169 Epstein-Barr virus infection
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TCONS_00049777 lncRNA upstream 534157 17653804 ~ 17655452 (+) False XLOC_025207
TCONS_00052633 lncRNA upstream 1306305 16875757 ~ 16883304 (+) True XLOC_025197
TCONS_00052632 lncRNA upstream 1311913 16875494 ~ 16877696 (+) False XLOC_025197
TCONS_00049812 lncRNA downstream 202191 18399317 ~ 18399843 (+) True XLOC_025220
TCONS_00052636 lncRNA downstream 473698 18670824 ~ 18672291 (+) True XLOC_025227
TCONS_00049829 lncRNA downstream 574402 18771528 ~ 18788485 (+) True XLOC_025229
TCONS_00049852 lncRNA downstream 1139399 19336525 ~ 19341041 (+) False XLOC_025242
TCONS_00049856 lncRNA downstream 1158807 19355933 ~ 19360577 (+) True XLOC_025244
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TCONS_00049805 mRNA upstream 108685 18062871 ~ 18080924 (+) True XLOC_025216
TCONS_00049804 mRNA upstream 127826 18050667 ~ 18061783 (+) True XLOC_025215
TCONS_00049803 mRNA upstream 138564 18046776 ~ 18051045 (+) False XLOC_025215
TCONS_00049801 mRNA upstream 180293 17951790 ~ 18009316 (+) False XLOC_025214
TCONS_00049808 mRNA downstream 192237 18389363 ~ 18396564 (+) True XLOC_025219
TCONS_00049809 mRNA downstream 201750 18398876 ~ 18400693 (+) False XLOC_025220
TCONS_00049810 mRNA downstream 201750 18398876 ~ 18403179 (+) False XLOC_025220
TCONS_00049811 mRNA downstream 202189 18399315 ~ 18403176 (+) False XLOC_025220
TCONS_00049813 mRNA downstream 216335 18413461 ~ 18423078 (+) True XLOC_025221
TCONS_00049790 other upstream 291757 17878492 ~ 17897852 (+) True XLOC_025211
TCONS_00049769 other upstream 666682 17472147 ~ 17522927 (+) True XLOC_025202
TCONS_00049766 other upstream 727724 17395239 ~ 17461885 (+) True XLOC_025203
TCONS_00049749 other upstream 1460594 16724614 ~ 16729015 (+) False XLOC_025193
TCONS_00049746 other upstream 1510959 16668603 ~ 16678650 (+) False XLOC_025192
TCONS_00049819 other downstream 240359 18437485 ~ 18469009 (+) False XLOC_025223
TCONS_00049828 other downstream 559136 18756262 ~ 18769951 (+) True XLOC_025228
TCONS_00049837 other downstream 670709 18867835 ~ 18867952 (+) True XLOC_025233
TCONS_00049838 other downstream 695524 18892650 ~ 18892766 (+) True XLOC_025234
TCONS_00049839 other downstream 720335 18917461 ~ 18917583 (+) True XLOC_025235

Expression Profile

//