RNA id: TCONS_00049837


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049837
length 118
RNA type rRNA
GC content 0.49
exon number 1
gene id XLOC_025233
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 18867835 ~ 18867952 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AactacagccatatcacactgcagcCCAAGagtggttactcactgaagataAGCAGGGCTCAGCCTTGTCAGTACATGGATGGGTGACCACATGGGAAGAACTAGGTtcctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000116698

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049829 lncRNA upstream 79350 18771528 ~ 18788485 (+) True XLOC_025229
TCONS_00052636 lncRNA upstream 195544 18670824 ~ 18672291 (+) True XLOC_025227
TCONS_00049812 lncRNA upstream 467992 18399317 ~ 18399843 (+) True XLOC_025220
TCONS_00052635 lncRNA upstream 670709 18189609 ~ 18197126 (+) False XLOC_025218
TCONS_00049807 lncRNA upstream 670709 18189685 ~ 18197126 (+) True XLOC_025218
TCONS_00049852 lncRNA downstream 468573 19336525 ~ 19341041 (+) False XLOC_025242
TCONS_00049856 lncRNA downstream 487981 19355933 ~ 19360577 (+) True XLOC_025244
TCONS_00052334 lncRNA downstream 605011 19472963 ~ 19473197 (+) True XLOC_025248
TCONS_00049864 lncRNA downstream 797388 19665340 ~ 19677031 (+) True XLOC_025251
TCONS_00052637 lncRNA downstream 1191726 20059678 ~ 20064732 (+) False XLOC_025257
TCONS_00049835 mRNA upstream 1299 18840893 ~ 18866536 (+) False XLOC_025232
TCONS_00049831 mRNA upstream 28306 18807006 ~ 18839529 (+) False XLOC_025231
TCONS_00049832 mRNA upstream 28603 18807524 ~ 18839232 (+) True XLOC_025231
TCONS_00049830 mRNA upstream 71276 18795570 ~ 18796559 (+) True XLOC_025230
TCONS_00049827 mRNA upstream 98072 18756231 ~ 18769763 (+) False XLOC_025228
TCONS_00049841 mRNA downstream 68057 18936009 ~ 18967653 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049844 mRNA downstream 339224 19207176 ~ 19210637 (+) True XLOC_025237
TCONS_00049845 mRNA downstream 348615 19216567 ~ 19238394 (+) True XLOC_025238
TCONS_00049846 mRNA downstream 377852 19245804 ~ 19281878 (+) False XLOC_025239
TCONS_00049847 mRNA downstream 381021 19248973 ~ 19282525 (+) True XLOC_025239
TCONS_00049828 other upstream 97884 18756262 ~ 18769951 (+) True XLOC_025228
TCONS_00049819 other upstream 398826 18437485 ~ 18469009 (+) False XLOC_025223
TCONS_00049790 other upstream 969983 17878492 ~ 17897852 (+) True XLOC_025211
TCONS_00049769 other upstream 1344908 17472147 ~ 17522927 (+) True XLOC_025202
TCONS_00049766 other upstream 1405950 17395239 ~ 17461885 (+) True XLOC_025203
TCONS_00049838 other downstream 24698 18892650 ~ 18892766 (+) True XLOC_025234
TCONS_00049839 other downstream 49509 18917461 ~ 18917583 (+) True XLOC_025235
TCONS_00049840 other downstream 68054 18936006 ~ 18967445 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049842 other downstream 68094 18936046 ~ 18939700 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049843 other downstream 68128 18936080 ~ 18941714 (+) True XLOC_025236