RNA id: TCONS_00049839


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049839
length 123
RNA type rRNA
GC content 0.58
exon number 1
gene id XLOC_025235
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 18917461 ~ 18917583 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACGGATAGCAGCAGTCCCCAGATGTTCAAagtctcacatggtcgcccactgaagctaagcagggctgcgcccggtcagtacctggatgggagaccacttgggaaagctaggttgctgccggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000116349

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049829 lncRNA upstream 128976 18771528 ~ 18788485 (+) True XLOC_025229
TCONS_00052636 lncRNA upstream 245170 18670824 ~ 18672291 (+) True XLOC_025227
TCONS_00049812 lncRNA upstream 517618 18399317 ~ 18399843 (+) True XLOC_025220
TCONS_00052635 lncRNA upstream 720335 18189609 ~ 18197126 (+) False XLOC_025218
TCONS_00049852 lncRNA downstream 418942 19336525 ~ 19341041 (+) False XLOC_025242
TCONS_00049856 lncRNA downstream 438350 19355933 ~ 19360577 (+) True XLOC_025244
TCONS_00052334 lncRNA downstream 555380 19472963 ~ 19473197 (+) True XLOC_025248
TCONS_00049864 lncRNA downstream 747757 19665340 ~ 19677031 (+) True XLOC_025251
TCONS_00052637 lncRNA downstream 1142095 20059678 ~ 20064732 (+) False XLOC_025257
TCONS_00049835 mRNA upstream 50925 18840893 ~ 18866536 (+) False XLOC_025232
TCONS_00049831 mRNA upstream 77932 18807006 ~ 18839529 (+) False XLOC_025231
TCONS_00049832 mRNA upstream 78229 18807524 ~ 18839232 (+) True XLOC_025231
TCONS_00049830 mRNA upstream 120902 18795570 ~ 18796559 (+) True XLOC_025230
TCONS_00049827 mRNA upstream 147698 18756231 ~ 18769763 (+) False XLOC_025228
TCONS_00049841 mRNA downstream 18426 18936009 ~ 18967653 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049844 mRNA downstream 289593 19207176 ~ 19210637 (+) True XLOC_025237
TCONS_00049845 mRNA downstream 298984 19216567 ~ 19238394 (+) True XLOC_025238
TCONS_00049846 mRNA downstream 328221 19245804 ~ 19281878 (+) False XLOC_025239
TCONS_00049847 mRNA downstream 331390 19248973 ~ 19282525 (+) True XLOC_025239
TCONS_00049838 other upstream 24695 18892650 ~ 18892766 (+) True XLOC_025234
TCONS_00049837 other upstream 49509 18867835 ~ 18867952 (+) True XLOC_025233
TCONS_00049828 other upstream 147510 18756262 ~ 18769951 (+) True XLOC_025228
TCONS_00049819 other upstream 448452 18437485 ~ 18469009 (+) False XLOC_025223
TCONS_00049790 other upstream 1019609 17878492 ~ 17897852 (+) True XLOC_025211
TCONS_00049840 other downstream 18423 18936006 ~ 18967445 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049842 other downstream 18463 18936046 ~ 18939700 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049843 other downstream 18497 18936080 ~ 18941714 (+) True XLOC_025236
TCONS_00049850 other downstream 395408 19312991 ~ 19313107 (+) True XLOC_025241
TCONS_00049853 other downstream 431855 19349438 ~ 19354938 (+) True XLOC_025242