RNA id: TCONS_00049850


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049850
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.50
exon number 1
gene id XLOC_025241
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 19312991 ~ 19313107 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGCCACAGCCATATTACCCTGCAGCCCATAAcctgttactcactgaagctaagcagggctgagcctggtcagtacctagatgtgagaccacatggaaaagctatgttgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000176868

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049829 lncRNA upstream 524506 18771528 ~ 18788485 (+) True XLOC_025229
TCONS_00052636 lncRNA upstream 640700 18670824 ~ 18672291 (+) True XLOC_025227
TCONS_00049812 lncRNA upstream 913148 18399317 ~ 18399843 (+) True XLOC_025220
TCONS_00052635 lncRNA upstream 1115865 18189609 ~ 18197126 (+) False XLOC_025218
TCONS_00049852 lncRNA downstream 23418 19336525 ~ 19341041 (+) False XLOC_025242
TCONS_00049856 lncRNA downstream 42826 19355933 ~ 19360577 (+) True XLOC_025244
TCONS_00052334 lncRNA downstream 159856 19472963 ~ 19473197 (+) True XLOC_025248
TCONS_00049864 lncRNA downstream 352233 19665340 ~ 19677031 (+) True XLOC_025251
TCONS_00052637 lncRNA downstream 746571 20059678 ~ 20064732 (+) False XLOC_025257
TCONS_00049847 mRNA upstream 30466 19248973 ~ 19282525 (+) True XLOC_025239
TCONS_00049846 mRNA upstream 31113 19245804 ~ 19281878 (+) False XLOC_025239
TCONS_00049845 mRNA upstream 74597 19216567 ~ 19238394 (+) True XLOC_025238
TCONS_00049844 mRNA upstream 102354 19207176 ~ 19210637 (+) True XLOC_025237
TCONS_00049841 mRNA upstream 345338 18936009 ~ 18967653 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049851 mRNA downstream 23179 19336286 ~ 19355200 (+) False XLOC_025242
TCONS_00049855 mRNA downstream 42762 19355869 ~ 19363981 (+) False XLOC_025244
TCONS_00049857 mRNA downstream 133890 19446997 ~ 19457773 (+) True XLOC_025245
TCONS_00049858 mRNA downstream 147884 19460991 ~ 19466015 (+) True XLOC_025246
TCONS_00049859 mRNA downstream 155670 19468777 ~ 19477473 (+) True XLOC_025247
TCONS_00049840 other upstream 345546 18936006 ~ 18967445 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049843 other upstream 371277 18936080 ~ 18941714 (+) True XLOC_025236
TCONS_00049842 other upstream 373291 18936046 ~ 18939700 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049839 other upstream 395408 18917461 ~ 18917583 (+) True XLOC_025235
TCONS_00049838 other upstream 420225 18892650 ~ 18892766 (+) True XLOC_025234
TCONS_00049853 other downstream 36331 19349438 ~ 19354938 (+) True XLOC_025242
TCONS_00049854 other downstream 36612 19349719 ~ 19349817 (+) True XLOC_025243
TCONS_00049874 other downstream 1366816 20679923 ~ 20680038 (+) True XLOC_025262
TCONS_00049876 other downstream 1712046 21025153 ~ 21030871 (+) False XLOC_025264
TCONS_00049877 other downstream 1712046 21025153 ~ 21030873 (+) True XLOC_025264