RNA id: TCONS_00052334


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052334
length 235
lncRNA type intronic
GC content 0.36
exon number 1
gene id XLOC_025248
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 19472963 ~ 19473197 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aaaaaaaaacggttttgAAAATTCCAGTGTTCGTGTGGACAGTGCCTTCCAAAAGCACTTCAATCCATCGTAAAACTAATCCATGTACATCCAGGGTCTAACACGTGTTAAAGTATGTTGATGATATTGATATATCGTGTGTGTGAAAATGTCACATAATGTTGGGAATTTAATGATTTGTTAAAGGCCATTTGATGATTTCAGTCTTCATGCAGTAGGCATCTTCATCCTCATC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049856 lncRNA upstream 112386 19355933 ~ 19360577 (+) True XLOC_025244
TCONS_00049852 lncRNA upstream 131922 19336525 ~ 19341041 (+) False XLOC_025242
TCONS_00049829 lncRNA upstream 684478 18771528 ~ 18788485 (+) True XLOC_025229
TCONS_00052636 lncRNA upstream 800672 18670824 ~ 18672291 (+) True XLOC_025227
TCONS_00049812 lncRNA upstream 1073120 18399317 ~ 18399843 (+) True XLOC_025220
TCONS_00049864 lncRNA downstream 192143 19665340 ~ 19677031 (+) True XLOC_025251
TCONS_00052637 lncRNA downstream 586481 20059678 ~ 20064732 (+) False XLOC_025257
TCONS_00049871 lncRNA downstream 590312 20063509 ~ 20064130 (+) True XLOC_025257
TCONS_00052335 lncRNA downstream 725105 20198302 ~ 20198619 (+) True XLOC_025259
TCONS_00052638 lncRNA downstream 1018005 20491202 ~ 20509513 (+) True XLOC_025261
TCONS_00049858 mRNA upstream 6948 19460991 ~ 19466015 (+) True XLOC_025246
TCONS_00049857 mRNA upstream 15190 19446997 ~ 19457773 (+) True XLOC_025245
TCONS_00049855 mRNA upstream 108982 19355869 ~ 19363981 (+) False XLOC_025244
TCONS_00049851 mRNA upstream 117763 19336286 ~ 19355200 (+) False XLOC_025242
TCONS_00049849 mRNA upstream 149274 19299309 ~ 19323689 (+) True XLOC_025240
TCONS_00049860 mRNA downstream 136441 19609638 ~ 19610990 (+) True XLOC_025249
TCONS_00049861 mRNA downstream 147837 19621034 ~ 19649535 (+) True XLOC_025250
TCONS_00049862 mRNA downstream 192122 19665319 ~ 19682819 (+) False XLOC_025251
TCONS_00049863 mRNA downstream 192141 19665338 ~ 19682811 (+) False XLOC_025251
TCONS_00049865 mRNA downstream 212676 19685873 ~ 19717932 (+) False XLOC_025252
TCONS_00049853 other upstream 118025 19349438 ~ 19354938 (+) True XLOC_025242
TCONS_00049854 other upstream 123146 19349719 ~ 19349817 (+) True XLOC_025243
TCONS_00049850 other upstream 159856 19312991 ~ 19313107 (+) True XLOC_025241
TCONS_00049840 other upstream 505518 18936006 ~ 18967445 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049874 other downstream 1206726 20679923 ~ 20680038 (+) True XLOC_025262
TCONS_00049876 other downstream 1551956 21025153 ~ 21030871 (+) False XLOC_025264
TCONS_00049877 other downstream 1551956 21025153 ~ 21030873 (+) True XLOC_025264
TCONS_00049893 other downstream 2586116 22059313 ~ 22061088 (+) False XLOC_025275
TCONS_00049913 other downstream 3095790 22568987 ~ 22569106 (+) True XLOC_025283

Expression Profile

//