RNA id: TCONS_00052335


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052335
length 318
lncRNA type intronic
GC content 0.46
exon number 1
gene id XLOC_025259
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 20198302 ~ 20198619 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAATGACCAGTCTCTCTCCACGCTGGTGGTCCATGATTCATGGTGATTCACTTCCTGTGGCTCATAGGCATTTAACTGgcatgtgtctgtgagtgtgtgtgatagaaagagagagagatgtgctGAGCTCCTTCCTTTGTTGGATCGATAAGGCCGCTGGAGTTTCTTACACTCAGGTTTCAATCTGTGACCTCTAACGCGGATACtgcatctctcacacacacacatacacacacattcagataCATATCAGACCAGTTTTTCCTTCCCTTCTGAAGCTTCCTTCATTCACTCTATTCCTGCTTCATTTGGGGTTTC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052637 lncRNA upstream 133570 20059678 ~ 20064732 (+) False XLOC_025257
TCONS_00049871 lncRNA upstream 134172 20063509 ~ 20064130 (+) True XLOC_025257
TCONS_00049864 lncRNA upstream 521271 19665340 ~ 19677031 (+) True XLOC_025251
TCONS_00052334 lncRNA upstream 725105 19472963 ~ 19473197 (+) True XLOC_025248
TCONS_00049856 lncRNA upstream 837725 19355933 ~ 19360577 (+) True XLOC_025244
TCONS_00052638 lncRNA downstream 292583 20491202 ~ 20509513 (+) True XLOC_025261
TCONS_00049875 lncRNA downstream 714691 20913310 ~ 20915154 (+) True XLOC_025263
TCONS_00052639 lncRNA downstream 859235 21057854 ~ 21066838 (+) True XLOC_025265
TCONS_00052640 lncRNA downstream 938476 21137095 ~ 21143371 (+) False XLOC_025266
TCONS_00052641 lncRNA downstream 939967 21138586 ~ 21143371 (+) True XLOC_025266
TCONS_00049870 mRNA upstream 176706 20012891 ~ 20021596 (+) True XLOC_025256
TCONS_00049869 mRNA upstream 186495 20001608 ~ 20011807 (+) True XLOC_025255
TCONS_00049868 mRNA upstream 226528 19914332 ~ 19971774 (+) True XLOC_025254
TCONS_00049867 mRNA upstream 384776 19732173 ~ 19813526 (+) True XLOC_025253
TCONS_00049866 mRNA upstream 480368 19687217 ~ 19717934 (+) True XLOC_025252
TCONS_00049873 mRNA downstream 206293 20404912 ~ 20461702 (+) True XLOC_025260
TCONS_00049878 mRNA downstream 991147 21189766 ~ 21198744 (+) False XLOC_025267
TCONS_00049880 mRNA downstream 1002144 21200763 ~ 21218133 (+) True XLOC_025268
TCONS_00049881 mRNA downstream 1027131 21225750 ~ 21230668 (+) True XLOC_025269
TCONS_00049884 mRNA downstream 1470926 21669545 ~ 21889616 (+) True XLOC_025273
TCONS_00049853 other upstream 843364 19349438 ~ 19354938 (+) True XLOC_025242
TCONS_00049854 other upstream 848485 19349719 ~ 19349817 (+) True XLOC_025243
TCONS_00049850 other upstream 885195 19312991 ~ 19313107 (+) True XLOC_025241
TCONS_00049840 other upstream 1230857 18936006 ~ 18967445 (+) False XLOC_025236
TCONS_00049874 other downstream 481304 20679923 ~ 20680038 (+) True XLOC_025262
TCONS_00049876 other downstream 826534 21025153 ~ 21030871 (+) False XLOC_025264
TCONS_00049877 other downstream 826534 21025153 ~ 21030873 (+) True XLOC_025264
TCONS_00049893 other downstream 1860694 22059313 ~ 22061088 (+) False XLOC_025275
TCONS_00049913 other downstream 2370368 22568987 ~ 22569106 (+) True XLOC_025283