RNA id: TCONS_00005984


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00005984
length 5739
lncRNA type intronic
GC content 0.34
exon number 2
gene id XLOC_002539
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 4812304 ~ 4818606 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTAGGTATACcatacaaagaaaaaataaataaatgccaatGTTACAGCATGGCTGCTGGCAGTCTGTACTGgagagtttgtgtgtgagagagaaaaaagaatgATATGATACAGAAAGAGAAGGTTGTAAGGATTAAAAAAGGTGGAACAATTAAAAATTACACTTTAGGATTACAAAAATACAGCAGAATCTCAATTATGAAGCACAGCAGATATTCCCCATGGCAGAACTGTGCTCAGATGGGAGCAAAACCACCATGTCAAAGTCTAAAATCGAGTAAACCGTTTGGCAGTTTGAGGCTGAAAAATCCTGATAGACGACATTGACATTGGCTTTACTTTTggaaagtgttttgttttgtagcTTATATTCCTTTGAGAAACTACTTTGTGTAAACAGACTCAAGACATGCTCAAAGACCCCATGAataaggagaaaaaataaaataaaagctgtttgttAGCCTCAAGGCTTCCTGTCtgattcaaaatattaatatgcaACAGATGAATGCATTTAAAATTGAACTATTTTCCCCCATAAAAGTCCTCTCTAATGAGAATATCTCTCTGCGTAAGTTAATAACTAGCAATAGCATGTAGCAAATTACGTTTTGGCAACCTAGTTTCCTTAGAAATGTGCAACTCAGCCTACTTTTCTGTTTTATGAAACGTAAATAacgttgttttaaaaatgttttattgcacgttttagatgacaaatctactagagggcgctgtcgatATTTTTGCAAGTCTGAGATGTGTTACTTGGGGTATGTGTGTTGCGTTTCAGATATATGCCCTTATTTTACATGTCCACGCTTGCCATAAAGATCACCTAGACCAGTGAACCGCTAACCTAAGTAAGCACATGTATGAGAAGTGCGCTGCAACAACATAGATTTacctttattttgtattgtttttataatgttttttagaaCTGTGCTTGAACCCGAGAACTCTTTATCACAAGTATAACAGTatacaaggtgagctactgagcaaactgtcCACACCAGAAAAGTTATCAATATGGTGTAGATAGGTGAGGAAAACGTCTTTGATTTACAAATTATAAACAGTGTCAATttgtttttttggtatttatttgttgTGCAAAGTACGACATAGAAATAATCATGTATTTGTTGATAATATGTccttgtcaatattattagtgtcAAAAGGAGCAAAAGTTAACTGCCACATTGCATTCATTTGGTCTAaaatctgcagtcaaatgtatgtTTAAGTATTTTTATGGTATTGAAAAGTGTAGGCTTAAGCAGCCTAATCTCATgaagaaacgtaagtattttacttttgtcagtttagtggctaatttgtacgaatttttATGAGTTGAGTCGTAcggaaatgtatgattttaaaaaggaggcgggCCACCCAACCCtgtcccctaaacccaaccatcattgggtgatgagcaaatcgtactaaattgtacaaattagatcgtatgaattcattcaaattagccactaaatcaaaaagttacaaattgtcgtgagattgcgttggctgaagcatgtatttccTGTTagcttatgttgtttttttttaaacaggcagTTTAAATATACTCAAACTGTTTGTTACCCTCTTGTTGGTTGAACTATGCTGACATATATAATCTGTAAGCCAATACCCTAAGCTTTTAGTTTCAAGTAACTCATTGTTTACACCTGCAGTAAAATTAAACATGGCAGCTTGTACATTTGAAGTGGTACATTTGAAACGTGAAATATTCCAGctcaatttttttctaaaaacatacattttgtatgacacaaatttacacacaaaaaataattaaatagaataaaacaaaaattaaaaataggtGCTGCAGTTTCTGCATCTACCAGCAGGGGCTTATTGGCAATGACAATTACAATTATAGGCAATTACCAATgctatctcactgcaattcgtaactttttgatttagtggctcattcgtttgatctcatttgtacaaatttagtacgatttgctcatcgcccaatgatggttgggtttaagggtggggttaaGTTGGGTTGcgtataatttttaaaattgtacaaatttatacaacagaattcatacgaatttttacgaattagccactaaactgacaaaacgtaaaatagttatgtgtCCTTGTGAGAGCAGACTGGTAATTACACAATAACGGTAGGTGCTTTCACAGTGGTTTATTACCCAGTAACTCACTCATAGGAACCAGCCACCATGCCCAGTTCTAAGAACTAATTTCCACCTTTGTTATTTTCTTAGTTGGATTTGCACTATAGAAACTAGTGAGAGCACATCTAGTGCAGCATTTtacaaaacctttttaaaaagtttcatgatatttgcagcctgatctcacacgGAAACAAAACTATTGACCTTTTTTTTAgtaaagtggctaattcgttcaaATTTTATTGGTATGAAAacgtgatttttaaaaggagacttGCCCCCAAATCCTATCCCTaatcccaaccgtcattggggatgagcaaatcgtactaaaatgtacaagtAAGATTGtactaaataaattttaattagcTGCTAAATAATGAAATCACGAATCGCCACGAGATTGAATTGCATATCTGAGGTAGAACACATATGTTTAGGTTATGCAATTGTTACAGCAAAACTGAAGACTAATATGACAATTTTAGTGCTACATATCATTGAGGCTTAGAAAATAAACACGTCACAGAGAAAAACAACAGGTAAATATCGCTAAGATTAGCTTTGTGCTTCACTTTAGTTCCTATTGTGTTGGATTATACCCGGCTCTGAAAAAAAGAGCTAATTTAGGTAAATATGGCTAAGATTAGCTTTCTGCATCACTTTAGTTCCTATTGTGCTGAATTGGACCCCGCTCTGAAGTAGGAGCTATACTGAACTTTATGTAAATATGGCTAAGATTAGCTTTCTGCATCACTTTAGTTCCTATTGCGTTGGATTGGATCCCACTCTGAAGAAGCTACTGTAATTTAGGTAAATATCACTAAGATTAGATTTCTGCATCACTTTAGTTCCTAATGTATTGGAGTAGATCCTGCTCTGAAGTAGGAACTAATTTAGGTAAACGTCGCAAAGATTAGCTTTCTGCATCACTTTAGTTCCTAATGTGTTGCATTAGATCCCGCTCTGAAGTAGGAACTAATTTAGGTAAATATTGCTAGGTTTTTGCATCACTTTAGTTCCGATTGTGCTGGATTAGACCCCGCTCTGAAGTAGGAGCTACTTCAATTTAGGTAAACATCACTAAGAATagctttcttcttcattttaGTTCCTATTGTGCTGGATTTGACCCTCCTGTGTAGTAAAAGCTACTTTATTTACCCCCAAATATTCCAAAGAAACATTACATACATTTCCCAGTCCTTGCGGTGTAAAAACACTACAAAGTAGGTACTTCAGCTATTAGTTCTAGGAACTGTGAAAAAGCTGCTCCCTTATGTgcttttcttatattttttaaaaactattttgaaacagCCTTGCCAAAATAACACCCAATTGAAGTACAGGGATCCACGGAAATTACTTAAAGGTTGTGTTCTGCATGCCAGGCCAATAGGTGGCGATGTTACTTCGTAAAGAAACATTATGCATCTGGGCACATATAGTTCTGTCATCCACCATTGTTGATTTAGTTCTCAAGTATTCATGCATAATTATAGAGGATACATAATAAAAATGCGCATGACATGATTTTGAAAATTAGCATTCCAAAGCCTGCTTTCAATGTTTTCGGatattttaaacagcattttcatttaaatgacCAAAACTGCACGAAAAGATTTCCATTTTACTTAACCTGTAAACACTCCCCAAGGTTTTGGTAGACTGGAGCTGCTTTAAAGAGATTCCATACTTTCGAGATGAAAATAAATGGCATTCTACTAGAAGCTACGTTTTTTTGAAGTTGTCGTTGAATTACACTTAACACCACTGAAGCAGCATCTAAAATTAATCCACAGCATTCAGTCAGTACAAATGGTAGCTCATACAATTCCCAGCCCACGAGTTGAGTTCTATGAAGACGATGCTTTTAACAATCATATTTTGCAATCACATAAATATGAAATGCTAGCTAGTTAGCTATTAGCTAACTTTCAATATCCTGTTTTATAGAGATATTTCTACTTTATAAAGGAAAATGtatttcatggggactttaagcCTGAAAGATGTACTGCAAGTGTTTTGGCACTGGTTACAGAATAATTTTTAGGTGAAACCTTAATACATGCCACTGCTGGTTGTCCATATTTagctaaaagaaaaataaaacatagcTCAATTACTATCTAATGTATGTATCAATGTAAAATACATtgattttaacaataattttgaTTGTTGATGAAACATTTTCATCATAAAAAACTATTTCTGAAAATGTAAGATATTCAATCCTGTACAATTCTTTATCTAAACagttaaaacgtaaaaaaaaaaaattataataaaaaataaaataacaaataaaatttaatttaaatgttttgtaaatgcatttttgtAACTAATTAAGATGTTTCTACATTTTTGTCTTCGCCTAGGTGACATGTATTTCAGATCACATTTTAGCAACAAGTTATGCAGTATATTTCAAGTCCTTGATCATTGCGAATGGAAGTAGTTTTAATAAGCTGGCTTTTCCTTTCCCCATCTGAGCATCATTTGTACAAAAAACATGATGTACAAACAGTATTATGGCACTCAAACCATTTCTTTTGCAATGTGACAAGAATACAGAAACAGCAAGGCAGCTGGTATTAGTGAAAGTAGAGATATCACTTAGATAATAAATAGCTAAGAAATATCCACACTGAGAAGTCTTGGGATTTAAGGGTATGGTATATATGTTTGAATATGCAATCAATGTGCATATATTAAACACTTTCAGATTTCAACCTCTGTAGAAATAAATGTGGATTAAACACT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00005745 lncRNA downstream 229284 4582362 ~ 4583020 (-) True XLOC_002538
TCONS_00005983 lncRNA downstream 229295 4573554 ~ 4583009 (-) False XLOC_002538
TCONS_00005982 lncRNA downstream 234452 4508389 ~ 4577852 (-) True XLOC_002537
TCONS_00005981 lncRNA downstream 713121 4095871 ~ 4099183 (-) True XLOC_002534
TCONS_00005744 lncRNA downstream 765987 4032478 ~ 4046317 (-) True XLOC_002532
TCONS_00005746 lncRNA upstream 101012 4919323 ~ 4922051 (-) True XLOC_002540
TCONS_00004732 lncRNA upstream 185681 5003992 ~ 5010275 (-) False XLOC_002543
TCONS_00005986 lncRNA upstream 200247 5018558 ~ 5024285 (-) False XLOC_002543
TCONS_00004741 lncRNA upstream 234551 5052862 ~ 5058823 (-) True XLOC_002544
TCONS_00005987 lncRNA upstream 403604 5221915 ~ 5222419 (-) False XLOC_002546
TCONS_00004726 mRNA downstream 437114 4367430 ~ 4375190 (-) True XLOC_002536
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TCONS_00004724 mRNA downstream 496289 4279521 ~ 4316015 (-) True XLOC_002535
TCONS_00004719 mRNA downstream 1384674 3419832 ~ 3427630 (-) False XLOC_002528
TCONS_00004727 mRNA upstream 122456 4940767 ~ 4961923 (-) False XLOC_002541
TCONS_00004728 mRNA upstream 135041 4953352 ~ 4961929 (-) True XLOC_002541
TCONS_00004729 mRNA upstream 151323 4969634 ~ 4980150 (-) True XLOC_002542
TCONS_00004730 mRNA upstream 182312 5000623 ~ 5016997 (-) False XLOC_002543
TCONS_00004731 mRNA upstream 183836 5002147 ~ 5020378 (-) False XLOC_002543
TCONS_00004723 other downstream 1043538 3768651 ~ 3768766 (-) True XLOC_002530
TCONS_00004722 other downstream 1305650 3506540 ~ 3506654 (-) True XLOC_002529
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TCONS_00004704 other downstream 1936569 2868478 ~ 2875735 (-) True XLOC_002517
TCONS_00004658 other downstream 4472277 339912 ~ 340027 (-) True XLOC_002487
TCONS_00004736 other upstream 200247 5018558 ~ 5020500 (-) False XLOC_002543
TCONS_00004737 other upstream 201875 5020186 ~ 5022414 (-) False XLOC_002543
TCONS_00004738 other upstream 201966 5020277 ~ 5024285 (-) True XLOC_002543
TCONS_00004756 other upstream 1132152 5950463 ~ 5950578 (-) True XLOC_002554
TCONS_00004759 other upstream 1599394 6417705 ~ 6431288 (-) True XLOC_002557

Expression Profile

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