RNA id: TCONS_00049958


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049958
length 95
RNA type miRNA
GC content 0.41
exon number 1
gene id XLOC_025311
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 23720651 ~ 23720745 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCTGTCATCTATATATACCCTGTAGATCCGGATTTGTGTAAACAGACGCACAGTCACAAATTCGTATCTAGGGGAGTATGTAGTTGATGTATAGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000118208

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049952 lncRNA upstream 24443 23694156 ~ 23696208 (+) True XLOC_025306
TCONS_00052661 lncRNA upstream 52454 23665161 ~ 23668197 (+) False XLOC_025301
TCONS_00052662 lncRNA upstream 52454 23666387 ~ 23668197 (+) True XLOC_025301
TCONS_00052660 lncRNA upstream 103850 23604478 ~ 23616801 (+) True XLOC_025299
TCONS_00052658 lncRNA upstream 196264 23518136 ~ 23524387 (+) False XLOC_025298
TCONS_00052663 lncRNA downstream 209701 23930446 ~ 23967966 (+) False XLOC_025313
TCONS_00049968 lncRNA downstream 214147 23934892 ~ 23967966 (+) False XLOC_025313
TCONS_00052664 lncRNA downstream 214196 23934941 ~ 23965038 (+) False XLOC_025313
TCONS_00052665 lncRNA downstream 214219 23934964 ~ 23962671 (+) True XLOC_025313
TCONS_00052666 lncRNA downstream 400456 24121201 ~ 24133485 (+) True XLOC_025317
TCONS_00049956 mRNA upstream 10556 23707691 ~ 23710095 (+) True XLOC_025309
TCONS_00049955 mRNA upstream 14905 23703704 ~ 23705746 (+) True XLOC_025308
TCONS_00049949 mRNA upstream 24671 23691847 ~ 23695980 (+) False XLOC_025306
TCONS_00049950 mRNA upstream 24785 23692462 ~ 23695866 (+) False XLOC_025306
TCONS_00049948 mRNA upstream 30170 23687909 ~ 23690481 (+) True XLOC_025305
TCONS_00049959 mRNA downstream 1063 23721808 ~ 23723982 (+) True XLOC_025310
TCONS_00049960 mRNA downstream 5403 23726148 ~ 23749910 (+) False XLOC_025307
TCONS_00049961 mRNA downstream 10364 23731109 ~ 23746474 (+) False XLOC_025307
TCONS_00049962 mRNA downstream 17050 23737795 ~ 23749910 (+) False XLOC_025307
TCONS_00049963 mRNA downstream 17470 23738215 ~ 23746412 (+) False XLOC_025307
TCONS_00049951 other upstream 24638 23694156 ~ 23696013 (+) False XLOC_025306
TCONS_00049946 other upstream 47196 23673377 ~ 23673455 (+) True XLOC_025303
TCONS_00049938 other upstream 481193 23235668 ~ 23239458 (+) True XLOC_025294
TCONS_00049913 other upstream 1151545 22568987 ~ 22569106 (+) True XLOC_025283
TCONS_00049893 other upstream 1659563 22059313 ~ 22061088 (+) False XLOC_025275
TCONS_00049974 other downstream 374415 24095160 ~ 24101082 (+) True XLOC_025315
TCONS_00049975 other downstream 375212 24095957 ~ 24096036 (+) True XLOC_025316
TCONS_00049977 other downstream 413812 24134557 ~ 24137908 (+) True XLOC_025318
TCONS_00050021 other downstream 1405711 25126456 ~ 25132231 (+) True XLOC_025346
TCONS_00050056 other downstream 2424020 26144765 ~ 26151560 (+) False XLOC_025372