RNA id: XR_005037949.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_005037949.1
length 5483
RNA type mRNA
GC content 0.35
exon number 4
gene id LOC110512504
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 18373775 ~ 18381647 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tgctgaaaattgtccaaggtgttcctactatctcaattgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtattttagaccttgttcagtGAAAAGTGGTTATAACAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATTGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgaatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTATTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgtattttatgctgaaaattgtccaagGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTATTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTAATTGCACCAAACACGTGTGTATTAGACCTTGTTcagggaaaagtggttataacAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATGGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTATTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgtattttatgctgaaaattgtccaagGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTATTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgtattttatgctgaaaattgtccaaggtgttcctactatctcaattgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTATTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgtattttatgctgaaaattgtccaaggtgttcctactatctcaattgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgagttttagaccttgttcagggaaaagtggttataacAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATGGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCCATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTACTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgtattttatgctgaaaattgtccaagGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTATTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgtattttatgctgaaaattgtccaaggtgttcctactatctcaattgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTATTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgtattttatgctgaaaattgtccaaggtgttcctactatctcaattgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgagttttagaccttgttcagggaaaagtggttataacAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATGGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCCATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTACTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTAATTGCACCAAACACGTGTGTATTAGACCTTGTTcagggaaaagtggttataacAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATGGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtTTTAGACCTTGTTCTGAGAAAAGTGGTTATAACTGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATGGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgagttttagaccttgttcagggaaaagtggttataacAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATTGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTACTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgtattttatgctgaaaattgtccaaggtgttcctactatctcaattgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgagttttagaccttgttcagggaaaagtggttataacAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATGGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCCATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTACTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTAATTGCACCAAACACGTGTGTATTAGACCTTGTTcagggaaaagtggttataacAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATGGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtTTTAGACCTTGTTCTGAGAAAAGTGGTTATAACTGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATGGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgagttttagaccttgttcagggaaaagtggttataacAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATTGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCAATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTACTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAAtttggtgacagtgtttcttacCATCCCAACAACGCGTGGACAACATTTTATTTGCTaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgtattttatgctgaaaattgtccaaggtgttcctactatctcaattgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgagttttagaccttgttcagggaaaagtggttataacAGTATTTTATGCTTGAAACCTACTGAAAATGGTCCAAGGTGTTCCTACTATCTCCATTgtggacattttctttgcaattgcatcaaacatgtgttttagaccttgttcagggaaaagtggttataactgTACTTTATGGTTGAAATTTTGCTTGAATttggtgacagtgtttctgaGGATCCCAACAACATTTGATTTGCACATCAAACAtgtgttttagaccttgttcagggaAAAGGGGTTCTAACTGTGGTTTATGGTTGAAACTTGTTGGAATTTGTTGACAGTGTTTTTGAGCTATCCGTCTGCCAATTAAAGCGTAAAAGTAGGGTGAAGCAACAGAACAATGAACAATGACCAAAACAGACAGGAGTAAAATCAACAACTGGCTTCAACAGAAGATGACCCAGTCCCGACTTCACGACTTTAAGCAGATTTAAAATGCTGTGACATGAAcccgagagcggttcacaccaggcATCCTACGAATAttgttgaactgaaacagtttggtAAAAGTGTATGGTgcaaaattcctcctgacattTGAAGGTCtaatccgcaactacagaaaacattcgGTTGAggttaattgctgccaaaggagggttgACTTAAATACAAGGGTTCACATGGTGTGTTCAATAAGGACATAACACATCACAtaatgaccaatttatgcagaaatgcaggtaattccaaagggttcacatacttttttttgccaCTGTATATTCCCACACAAAATAATTTCTCCACTAACTGTATATGCTCAGTGGATATATTTGGATAATACTAAATCCTTC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1912485 lncRNA downstream 4604 18350871 ~ 18369173 (-) False G1671541
TU1912486 lncRNA downstream 4604 18354373 ~ 18369173 (-) False G1671541
TU1912489 lncRNA downstream 4604 18362914 ~ 18369173 (-) True G1671541
TU1912483 lncRNA downstream 22943 18347331 ~ 18350834 (-) True G1671540
TU1912481 lncRNA downstream 41540 18331988 ~ 18332237 (-) True G1671538
TU1912498 lncRNA upstream 5199 18385454 ~ 18387516 (-) True G1671546
TU1912343 lncRNA upstream 7908 18388163 ~ 18391408 (-) False G1671453
TU1912345 lncRNA upstream 7908 18388163 ~ 18391408 (-) True G1671453
TU1912500 lncRNA upstream 12025 18392280 ~ 18398313 (-) True G1671548
TU1912508 lncRNA upstream 78938 18459193 ~ 18465446 (-) True G1671554
LOC110498760 mRNA downstream 921056 17442788 ~ 17452721 (-) False LOC110498760
LOC110498759 mRNA downstream 942721 17428686 ~ 17431056 (-) False LOC110498759
XM_021575963.2 mRNA downstream 999462 17367169 ~ 17374315 (-) True LOC110499078
XM_036955554.1 mRNA downstream 1011179 17359654 ~ 17362598 (-) True LOC118942007
XM_036955911.1 mRNA downstream 1023317 17346166 ~ 17350460 (-) True LOC118942041
XR_005037950.1 mRNA upstream 3610 18383865 ~ 18384458 (-) True LOC118942047
XM_036955914.1 mRNA upstream 373839 18754094 ~ 18879339 (-) False LOC110498770
XM_036955915.1 mRNA upstream 373839 18754094 ~ 18887206 (-) False LOC110498770
XM_036955912.1 mRNA upstream 373839 18754094 ~ 18887492 (-) False LOC110498770
XM_036955913.1 mRNA upstream 373839 18754094 ~ 18887492 (-) False LOC110498770
TU1912373 other downstream 340935 18022444 ~ 18032842 (-) True G1671478
TU1912371 other downstream 345549 18022444 ~ 18028228 (-) False G1671478
TU1912370 other downstream 346055 18022444 ~ 18027722 (-) False G1671478
TU1910885 other downstream 679193 17687735 ~ 17694584 (-) True G1670142
TU1910889 other downstream 681911 17685976 ~ 17691866 (-) True G1670145
TU1912501 other upstream 20097 18400352 ~ 18406596 (-) True G1671549
TU1912502 other upstream 28869 18409124 ~ 18415464 (-) False G1671550
TU1912503 other upstream 28869 18409124 ~ 18409764 (-) True G1671550
TU1912546 other upstream 185615 18565870 ~ 18617140 (-) False G1671578
TU1912547 other upstream 185615 18565870 ~ 18624587 (-) True G1671578

Expression Profile