RNA id: TCONS_00052347



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00052347
length 288
lncRNA type intronic
GC content 0.32
exon number 1
gene id XLOC_025426
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 29966783 ~ 29967070 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


AAGCCTACTTTTAAAATTACTATTATAATACATGCGAGAAACTCCATGCAAATGTTTACCTTGCCATTAAAATTAGGTTTTCACCAATATACGGAAACCCtttctacgttttttttttgtgtttgtgtgtaagcaagtattttacagcactttagaaatactcaaaaatgtatttgtcaatggtttcaaactattataattgatctaccaaagtcacacaagtggcaatttcacatccgccacatccataacggagagatttcACATGCATAATGACActtttcttca

Function


GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052702 lncRNA upstream 21144 29942333 ~ 29945639 (+) False XLOC_025425
TCONS_00050157 lncRNA upstream 21144 29942464 ~ 29945639 (+) True XLOC_025425
TCONS_00050155 lncRNA upstream 23617 29942333 ~ 29943166 (+) False XLOC_025425
TCONS_00050153 lncRNA upstream 36896 29929582 ~ 29929887 (+) True XLOC_025424
TCONS_00052346 lncRNA upstream 51426 29914444 ~ 29915357 (+) True XLOC_025423
TCONS_00052703 lncRNA downstream 350749 30317819 ~ 30347523 (+) False XLOC_025430
TCONS_00050164 lncRNA downstream 350783 30317853 ~ 30346789 (+) False XLOC_025430
TCONS_00052704 lncRNA downstream 350783 30317853 ~ 30347523 (+) False XLOC_025430
TCONS_00052705 lncRNA downstream 350783 30317853 ~ 30353255 (+) True XLOC_025430
TCONS_00050165 lncRNA downstream 387698 30354768 ~ 30355587 (+) True XLOC_025431
TCONS_00050154 mRNA upstream 17828 29941777 ~ 29948955 (+) False XLOC_025425
TCONS_00050156 mRNA upstream 18379 29942338 ~ 29948404 (+) False XLOC_025425
TCONS_00050152 mRNA upstream 70809 29881035 ~ 29895974 (+) True XLOC_025422
TCONS_00050151 mRNA upstream 121608 29714775 ~ 29845175 (+) True XLOC_025421
TCONS_00050142 mRNA upstream 311860 29640837 ~ 29654923 (+) False XLOC_025418
TCONS_00050158 mRNA downstream 13533 29980603 ~ 29983868 (+) True XLOC_025427
TCONS_00050159 mRNA downstream 223349 30190419 ~ 30200557 (+) True XLOC_025428
TCONS_00050161 mRNA downstream 290512 30257582 ~ 30318595 (+) False XLOC_025430
TCONS_00050162 mRNA downstream 290640 30257710 ~ 30317451 (+) False XLOC_025430
TCONS_00050163 mRNA downstream 290648 30257718 ~ 30317654 (+) False XLOC_025430
TCONS_00050148 other upstream 311858 29654160 ~ 29654925 (+) True XLOC_025418
TCONS_00050146 other upstream 311862 29642200 ~ 29654921 (+) False XLOC_025418
TCONS_00050143 other upstream 312086 29640994 ~ 29654697 (+) False XLOC_025418
TCONS_00050147 other upstream 317625 29648122 ~ 29649158 (+) False XLOC_025418
TCONS_00050129 other upstream 799636 29167020 ~ 29167147 (+) True XLOC_025410
TCONS_00050160 other downstream 281669 30248739 ~ 30249036 (+) True XLOC_025429
TCONS_00050170 other downstream 727713 30694783 ~ 30694872 (+) True XLOC_025435
TCONS_00050187 other downstream 1633578 31600648 ~ 31603704 (+) True XLOC_025451
TCONS_00050194 other downstream 1821451 31788521 ~ 31788637 (+) True XLOC_025455
TCONS_00050246 other downstream 2565526 32532596 ~ 32535126 (+) False XLOC_025485