RNA id: TCONS_00052706


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052706
length 4616
lncRNA type sense_over
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_025432
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 30497721 ~ 30506149 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGCTATTCTTGAGGCTGTGAAAATGAACACAGAATTCTCCATTACATCACAGCTATTAGCAATAATGATAATTGCACCATGTTACTAATTTCACTCCATCACTTTTTTCCCCTGGAGTGATAAAAATGGCTCTCCACCACACCCGCTCCTCAAGTTGTTCTCTTctgatctctctctctgtccccATCTCTCTTTCAGCTCACTGAGCCGGCTGAAATATCTTTCTGACTAAATGATTTTTTTGCACTGTGGGGACGTTGCCATGGAGACTGTGGCTCCCCCGGCCCCCACCCCTCAGCGCGTGCTCTCatctgttcatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtattggggAATGGGTAGTTGTGCTAACTGGCGTGTCTTCACCTCAGCAGTGTCTCCAGCTGTGCGGTTCTCATGCTGCTCGCACAGTGCCGATGTGTTGCAGGTGCAGGtctcagtgtatgtgtgtatggatcCGTCCACCTCTTcctcttgtttcttttttgttctcCTTGACACTATTTCCCTTTCTCATCACAGCGTCCTTTAAAGGGACTACATGCGGAGCTAGTCCTTTAACATCTAGGTGCCTAAACAACAGATTTCCTGTAAGTGCATTAATAAAAAACACTGAGCACAAAACCCTCAATTTGTTACTTCAGAACAGGTTCAGTGTAGTGTTGAAAGACTCagttctaaaatatatttaaaaaatggcaaATGACAGGACAAATATGATACAAAAATGTACAACTAATAAAACCAATTTAGGCGGTTATTGAAACAAGcaatcaaatcaaaatattttcTGAAAAGTATGTTTTAAATGTACACAGATTTTCTTCTATAGGAGCAGTGAAAGGGTTTCTAGTTTCCTTTTGATACTcccatttgttgtttgattatcAGTGAATGCAGTGCCACACTTGTTCATTTAAGACACATCTGCACCCAAAAATTTACTTTTGCTGttaaaactacttgtttaaaatcagTTGACACTATACAATTattatcagggtttgccacagcagaatgaaccaccaactattccagcatatgttttacacagtgaatgcccttccagccgcaacccattactgagaaacacccatacactatggccagttgcAACatgttcattctgaaaatgtagccctatatacatttctggagatcacaaattatgtagccagaagtacatgaagctgcatttcatgtttaaaacgaatgctatggtgtagtatgacgccgttccttttcgtgcttaccagctgactgcttacctctgtatagATGGCTTTCCAGCTGTCACCAgattgtccagttagctcatcatGTACGTCGACgaacttaagatgcagagaggtGTTGACCATGGTGATGGGATTTGATTCCAGTGAAAAACGCTTCCAaaaagcaagtaagacaaaaacagaatccaaaaaataaaataaacaagttaaacgAGGTAAAAATcacgtgagggcttttctttttctaaattgcttttaaaaattgtttgttgGGTTTTTGGAAGTGGGTGGACAGCTCAaccggtgcttttgaaaatactattggttgggcttagggaaggaggaggagggcaggtcagtcgatcagttagtcagtcagtcagtcaaacagtcattCGACAGCAgccactggtggatttacatgataACACCAAGCGcaaagagaaatttgagatcccaaaaagcgtacacagcggcctttggtggattaaaaaaaaacaaatactgccaAAAAaagggatgtatttggcgctctctagaaatgtatatagagatacATTTTCAGACTGAGCCTGGGTTGGCCAAATTAGTTAAtccattcacctatagcgcatgtcttttggactgtataggggaaaccagagcacccatagTAAATCCATgcgaacagggggagaacatgcaaactccacacaaaaatgccaactggccgagCCGGGACTAGattcagtgaccttcttgctgtgaggtgacagtgctgactACTGAGCCACGGTGTCGCCCATTGTTTCATGTTCAAACGACTTAAATTCATAAAatgattcattaattaattaaattgggtcaacatgaaggaaCAGCGTGGAAGCATGTTTTGCAGTGTATAACTTTTATGTTCAGACATGTCTAGACAAATATGCTCTAAATCCCAAACTGTTTCAGTCCTCAGATAGCTTGTACAGACGTGGAACAGTGTTTCTTTAGCatgtgaaaaatatttgcagtcaCAAAACATTACATCTTACTTAGAGATTACAGTAGGAAGGACAGCCAGTCGCTTTAAAAGTAGGAACAGAATGTAGCTTTGCtggaatatgaaataaaaaatgaaacaaaaaaaaaaaatctattgcacagccctagtcaTTATATCACCTTTATAGTGCAAGTAGTCTCCTAGTGGTTCAGGGACTCTACGCAGCTTGAGTACTGTGTGTATATGAGAAACTAGTCTAGCTATTTGTAAGAAGTTGCatgtattaaaaatacatttttattgtcaATGTATGAACAGCTTGTAACATGAAAAGCTTTCTCTGACGTTCAAGGATGTCTATGAAAACCAGATAAATTTTATGTTAATGACTTGGGAGGTTTTTGCAGAGAAAATCAAAAGCATGCGATGTTTACACATTTTCCCGAGAGCCTCTCTTCTGCTCTGACACATGAAAGCCTAGACAATGTTCAAAATAATGCCAAAAAGTAATGTCAATGTgacaaaataagaaaagaaaactcAAATGATGGTCTCATATTGGCATTTCTGCTGTAAATGGTGCATTGTTACTGCTGTAACAATAATAACAGTGTCATTTTCATTAACTCATCTGCTGACATGATGCTGATGAGCTGCGAACTTGTGCAAATATATTCATACTGCTATGATCAGATGCTTTCTCAGCTGTTGTTTTCTCATCACTGGCATGATTACTGGTCtggtGTTATAACAGAGAGAAACACATGCAGTATCATGTCAATGTTGAGCTCAGTAGAATAGATGCCATCTGGATATCTGTAATCAAAATATTTTtctaatcaaacaaacaaaaaaagaactttTCGTAGAGTACATTGCAGCCTTGAATCACATTTAGTTTTTTGCATTAATGTTCATTAACAAGCAAAAAGTTGATGACCGCAGCTCACTTAATGAAGTTtagattgcttgcagccggcccgcattattcaatttatggtTCACATTTCAGAAGAtataagccactataaataccctaagttccatataactgCTATCTAGTTTTGAAgaacccccccttccacccctactcctcatACTCcaagatgggtggcacggtggccctgtggttagcactgttgcctcacagcaagaacgtcaccaacgtttctgtgcggagattacacgttctccccgtgctcacattggtttcccccaggttcctcGGTTTCCTctcactgtccaaaaacatgcaacctaagttaattgactaatccaaatcggcaccatagacatgctcctagtaagtggttaactcttaagagcaatcactacctgttcattagctactacagcaggggagttccgagatctacctgagctcaaactcccctctcgccttgcaaaccagcgggagccccgggctcgaggatcttattagctcagggctctctcccaggacagctttataatcaatcataagctaagtttgaactcttgaaacagccAATGATGTCACTAATAGGTAGggtttctgaaataaaaaaacatcttacctaaaggttttgtcttgtttctagtccaaatatatatacaaaatattaatcaTGAAGCGTTATCCAGTCAAGACAattgtttagttgtttttttagaaaaataaaagctATAGTTAACATTGAGATTACACTTACAAGCGTTAAATAGATGTGTtaagaaaaaacatccaaaaaaatCCATTGTTAATtgttgatacactgtaaaaattgttgggttccacaaaattgatttgtgttgggagaacatAAAGGAGTTAAGTTAGCTTACCAGTTTGCACAAAGTAGATTGatgataaaataattaagttctgtatataattttaatgtatacgagtgccgtaaaggtgtcagaaagtttacccTGGTGCCATGAAATAAATGTGCTTTATCTGACCCTATTGCTGCGTCTTTAATCTATTAATGAGACctctattaactactatttttttaTCTGCTGTAACATTTGGACAAAATATGctcattctaatagtttaataaaatgaatttgatttttggaaatcaccaagcgacccctacCCCCCTTATTTTTccacgacccccactttgggaaccactggtgtaATAAACAAAGCTCAATTTCCACCAAATAAAACAGAAGCCAAGAAAACCAGCAAATGATATCATGTCACTTCTCAGACATTCTGCCAAAAGACAAGCACTGATTCAGCGTGTTCAATCAGCAAAGCTCTGACAAATGCCAGCAGACACCAACAGGGTTAACACGCTGATCTGACAAAGAATCTTTTGCTGTCTAGCAGTGCAGTGTGAACTGGCAATCAAAATCAGCATTTTACATTGCTCTCCTGGGG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00050165 lncRNA upstream 142134 30354768 ~ 30355587 (+) True XLOC_025431
TCONS_00052705 lncRNA upstream 144466 30317853 ~ 30353255 (+) True XLOC_025430
TCONS_00052703 lncRNA upstream 150198 30317819 ~ 30347523 (+) False XLOC_025430
TCONS_00052704 lncRNA upstream 150198 30317853 ~ 30347523 (+) False XLOC_025430
TCONS_00050164 lncRNA upstream 150932 30317853 ~ 30346789 (+) False XLOC_025430
TCONS_00052707 lncRNA downstream 137013 30643162 ~ 30655558 (+) True XLOC_025434
TCONS_00050169 lncRNA downstream 188025 30694174 ~ 30695807 (+) False XLOC_025435
TCONS_00050168 lncRNA downstream 188206 30694355 ~ 30695807 (+) False XLOC_025435
TCONS_00052708 lncRNA downstream 188244 30694393 ~ 30695807 (+) False XLOC_025435
TCONS_00052709 lncRNA downstream 188248 30694397 ~ 30695807 (+) False XLOC_025435
TCONS_00050161 mRNA upstream 179126 30257582 ~ 30318595 (+) False XLOC_025430
TCONS_00050163 mRNA upstream 180067 30257718 ~ 30317654 (+) False XLOC_025430
TCONS_00050162 mRNA upstream 180270 30257710 ~ 30317451 (+) False XLOC_025430
TCONS_00050159 mRNA upstream 297164 30190419 ~ 30200557 (+) True XLOC_025428
TCONS_00050158 mRNA upstream 513853 29980603 ~ 29983868 (+) True XLOC_025427
TCONS_00050171 mRNA downstream 415097 30921246 ~ 30926321 (+) False XLOC_025438
TCONS_00050172 mRNA downstream 416798 30922947 ~ 30927002 (+) True XLOC_025438
TCONS_00050173 mRNA downstream 462027 30968176 ~ 30975502 (+) False XLOC_025440
TCONS_00050174 mRNA downstream 462734 30968883 ~ 30974043 (+) True XLOC_025440
TCONS_00050175 mRNA downstream 474703 30980852 ~ 30988333 (+) True XLOC_025441
TCONS_00050160 other upstream 248685 30248739 ~ 30249036 (+) True XLOC_025429
TCONS_00050148 other upstream 842796 29654160 ~ 29654925 (+) True XLOC_025418
TCONS_00050146 other upstream 842800 29642200 ~ 29654921 (+) False XLOC_025418
TCONS_00050143 other upstream 843024 29640994 ~ 29654697 (+) False XLOC_025418
TCONS_00050170 other downstream 188634 30694783 ~ 30694872 (+) True XLOC_025435
TCONS_00050187 other downstream 1094499 31600648 ~ 31603704 (+) True XLOC_025451
TCONS_00050194 other downstream 1282372 31788521 ~ 31788637 (+) True XLOC_025455
TCONS_00050246 other downstream 2026447 32532596 ~ 32535126 (+) False XLOC_025485
TCONS_00050254 other downstream 2065160 32571309 ~ 32571371 (+) True XLOC_025487

Expression Profile

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