RNA id: TCONS_00050293



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00050293
length 634
RNA type mRNA
GC content 0.43
exon number 5
gene id XLOC_025503
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 32862730 ~ 32870055 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


CTTTAATAAATCGCAACTGACATGCAAGGAGATTCTTTTTGTTATGATATTTTTGTAAAGATATAAAAAGACATTCTTATGCTCAACCACATACATCGTTAAAAATGTACATGCAGCCTGAGACTACAGTTAGTTTAGTGAATATTTAAAGGTCTATAAGTTATTGATTTTGATTGTTGTTTCTTTAAAGCTCTTACTGATGTGCAGATGGTCGAGATGGAGGAAAGTGAAGGAGTGATTGCTACTGAGCGGTATGGCTCACAGGAGTCCTGGAAATACCTGCTGAAGGAGGGAAAGGTGATGAGGCGCAAGGATGCAGTGAACGGAGGACTGGCGGCAAATTCAGTCTCTGGCGTGTTTAAAAGCGTTTTCCTGCCACAGGGATACCCAGAGAGTGTCAGTGAAGATTACCTACAGTATCAGCTCTGGGACACTGTACAGGCATTTTCCAGCTCTCTGTCTGGCACTCTCGCCACTCAAGCGTCTCTCAGAGGTGTTGGGGTTGGAAATCAAGAGGCAACAGTTGCAGCAGCTACAATAACATGGCTACTTAGAGatggAACAGGGATGCTGGGAAGAATTCTGTTTGCCTGGCTCAAAGGGAGCAAGTTAGATTCAGAAGCCAAAAAATGGA

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000141717

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052349 lncRNA upstream 57404 32799962 ~ 32805375 (+) True XLOC_025500
TCONS_00050281 lncRNA upstream 90562 32749686 ~ 32772217 (+) True XLOC_025499
TCONS_00050276 lncRNA upstream 154669 32707140 ~ 32708110 (+) True XLOC_025497
TCONS_00050272 lncRNA upstream 176113 32685986 ~ 32686666 (+) True XLOC_025495
TCONS_00050269 lncRNA upstream 187468 32671568 ~ 32675311 (+) True XLOC_025494
TCONS_00052725 lncRNA downstream 111730 32976882 ~ 33029027 (+) False XLOC_025505
TCONS_00052726 lncRNA downstream 140686 33005838 ~ 33029027 (+) True XLOC_025505
TCONS_00052350 lncRNA downstream 176155 33041307 ~ 33043550 (+) True XLOC_025506
TCONS_00052351 lncRNA downstream 178492 33043644 ~ 33045022 (+) True XLOC_025507
TCONS_00052727 lncRNA downstream 328216 33193368 ~ 33194715 (+) True XLOC_025509
TCONS_00050289 mRNA upstream 7408 32842825 ~ 32855371 (+) True XLOC_025502
TCONS_00050285 mRNA upstream 20396 32832042 ~ 32842383 (+) False XLOC_025501
TCONS_00050287 mRNA upstream 20568 32833661 ~ 32842211 (+) True XLOC_025501
TCONS_00050286 mRNA upstream 25152 32832538 ~ 32837627 (+) False XLOC_025501
TCONS_00050284 mRNA upstream 27151 32832042 ~ 32835628 (+) False XLOC_025501
TCONS_00050295 mRNA downstream 2940 32868092 ~ 32870055 (+) True XLOC_025503
TCONS_00050296 mRNA downstream 68511 32933663 ~ 32952050 (+) True XLOC_025504
TCONS_00050298 mRNA downstream 435370 33300522 ~ 33301321 (+) True XLOC_025510
TCONS_00050299 mRNA downstream 475787 33340939 ~ 33344780 (+) False XLOC_025511
TCONS_00050300 mRNA downstream 476488 33341640 ~ 33344779 (+) True XLOC_025511
TCONS_00050288 other upstream 14753 32842794 ~ 32848026 (+) False XLOC_025502
TCONS_00050268 other upstream 190816 32671190 ~ 32671963 (+) False XLOC_025494
TCONS_00050265 other upstream 199033 32661991 ~ 32663746 (+) False XLOC_025493
TCONS_00050254 other upstream 291408 32571309 ~ 32571371 (+) True XLOC_025487
TCONS_00050246 other upstream 327653 32532596 ~ 32535126 (+) False XLOC_025485
TCONS_00050297 other downstream 180731 33045883 ~ 33048390 (+) True XLOC_025508
TCONS_00050301 other downstream 480195 33345347 ~ 33363031 (+) False XLOC_025512
TCONS_00050303 other downstream 480318 33345470 ~ 33378643 (+) False XLOC_025512
TCONS_00050306 other downstream 542436 33407588 ~ 33407710 (+) True XLOC_025514
TCONS_00050308 other downstream 584948 33450100 ~ 33450219 (+) True XLOC_025516

Expression Profile


//