RNA id: TU1940479


Basic Information

Item Value
RNA id TU1940479
length 3765
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 2
gene id G1696431
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 43150604 ~ 43155908 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tcgaAGCCACACCCTCCTCACTTGCGTTAGAAGTTCAGAATGTGTAGGCTACATAGAAATAATTACGCATTAAACAAAATCATAAGGATTTCTATTATCAAGGTGTAGATTACATATCACATTGCAGTGTTCCCACTTGTTAACAAATCTGCATGGGATTTCGGTTAATGCAACTccatgcagccaatggcaatgtccgctttagTTATAAGGCCGGGAGCCACTCGTGGATTTAACAGCTCAGTTCCACCTCGGACACCCTCAAAATAACCGTTATGAAGATGTTGAGTAGAGCCCAAAGAGGTGTTGAACCTACCAAATTGTTTGCGTAGTCAACTTagacacagctctgacacacacacttatcacagcagacatgccaccaggggtcttttcacagtccccaaatgcCCAATGaattcaagaaaacgtacagtattatatagagctaTGATTGGAAATGGAAATCCCTTTCATCTCAGATTGCTCaggtgaacagcaaacctggctTTAAGAAacacaatgcctctcccctatttAACCTAAATATGCGTATGTACTGATGGATGCTACTGAATTGATATGTAATATATGAAAATGTAAATGATAAATGCAGGACTATAATAATTGGTCTCTCTGTGTTTTTTCCTCCGTATTGAGTCAGTACAGAACATTGTACTTATACTTTTCTTGTTTTaaatgtgtgtagttctgtcctggagctgttcttgtctattaatcttctgtattatgtcatgtttcatgtggactccaggaagagtagctgctgcttttgcaacagccaatggggatcctaataaaataccaacagccaatggggatcctaataaaataccaacagccaatggggatcctaataaaataccaacagccaatggggatcctaataaaataccaacagccaatggagatcctaataaaataccccaAAAAAACATACAGTGAAACTTCACAAACTCAGAAAAAgttgaaaatgaaaatgaaaaaatgaaaatataATGTACTTAAGTGCTTAAATTACTTAAAATAATTTTCCATTTGAAAAGGAAATCATAAACAAATAGTTTGTGGTTAATATATAAAAGGTTTAtttaaaatataaacagtacgTAATATCATGTCACTCTAAATGTGTTTAACTACTACCTATTTCTCTTGCTTTTAGATATCTTTATCAATTTAACTTTCATATATAGGTTCAGGAAAAGACTATGACCATTCATATATATAATTGTGTTGCTATTTAATTAACATACCTCAGGACCTTTCAGTCCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATTTACAGCGTAATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTCACAGCATAATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTTATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGTGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATATACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATATACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGTGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTTATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGTGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTTTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATTTACAGCGTCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGTTAATTTACAGCATCATTTCTTCCTAATGTACCTGCTAATGCGGCTCTTTGTTCTGCATGTTGTGTGAAAACAAATCTgcgtcgcaaatggcaccctattccgaataaagtgcactacttttcaccaagGCCCTTGGGGCTCGGGtcgtatgtagggaatagggtgccatttgggtcgctGACAAATAACCCATCAATACAGACACTAGTTTTTTTTAAACTACAGTATGATGTTAATGATTGGCTGATTCTACAGTATGATGTTAATGATTGGCTGATTCTACAGTATGATGTTAATGATTGGCTGATTCTACAGTATGATGTTAATGATTGGCTGATTCTACAGTATGATGTTAATGATTGGCtgattctacagtatgttgttaatGATTGGTTGATTCTACAGTGCAGAAATAAGTGTTTTGCAGAAATACACTCAGTGTTtatttagtgtttagtgttttaATGTAAGTTATTTTGTGTGTTGCTGTCCATTGACTGATGGGGATATCAGGCTATTTAGTTATTTTTATATGAATAAAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1940632 lncRNA upstream 15910 43134161 ~ 43134694 (+) True G1696542
TU1940485 lncRNA upstream 22604 43125707 ~ 43128000 (+) False G1696432
TU1940486 lncRNA upstream 22604 43125707 ~ 43128000 (+) False G1696432
TU1940487 lncRNA upstream 22604 43125707 ~ 43128000 (+) True G1696432
TU1940492 lncRNA upstream 25010 43120968 ~ 43125594 (+) True LOC110499502
TU1940646 lncRNA downstream 1905 43157813 ~ 43158134 (+) True G1696549
TU1940651 lncRNA downstream 15555 43171463 ~ 43172287 (+) True G1696553
TU1940652 lncRNA downstream 16532 43172440 ~ 43172684 (+) True G1696554
TU1940658 lncRNA downstream 42501 43198409 ~ 43225842 (+) True G1696559
TU1940666 lncRNA downstream 59035 43214943 ~ 43217189 (+) True G1696566
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XM_036956388.1 mRNA upstream 2235 43137388 ~ 43148369 (+) False LOC110499564
XM_036956386.1 mRNA upstream 2235 43137389 ~ 43148369 (+) False LOC110499564
XM_036956385.1 mRNA upstream 28709 42950949 ~ 43121895 (+) False LOC110499502
XM_036955561.1 mRNA upstream 298865 42846046 ~ 42851739 (+) True tbxtb
XM_036955569.1 mRNA downstream 215785 43371693 ~ 43402764 (+) True LOC110510394
XM_036955570.1 mRNA downstream 292806 43448714 ~ 43494181 (+) True LOC118942021
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XM_036956405.1 mRNA downstream 442180 43598088 ~ 43615698 (+) False LOC110499505
XM_021576651.2 mRNA downstream 821372 43977280 ~ 43987101 (+) True LOC110499517
TU1940489 other upstream 12489 43137393 ~ 43138115 (+) True LOC110499564
TU1940630 other upstream 16591 43133627 ~ 43134013 (+) True G1696541
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TU1939722 other upstream 623596 42522510 ~ 42527008 (+) False LOC118942073
TU1939742 other upstream 623967 42522559 ~ 42526637 (+) False LOC118942073
TU1940662 other downstream 51651 43207559 ~ 43209518 (+) True G1696563
TU1941117 other downstream 467576 43623484 ~ 43626360 (+) True G1696904
TU1941123 other downstream 470480 43626388 ~ 43661355 (+) True G1696905
TU1941142 other downstream 513656 43669564 ~ 43670353 (+) True G1696916
TU1941505 other downstream 711321 43867229 ~ 43886750 (+) False G1697152

Expression Profile