RNA id: XM_036956555.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036956555.1
length 4288
RNA type mRNA
GC content 0.51
exon number 3
gene id LOC118942824
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 853031 ~ 999564 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

CTCGACGTGAATGAGATGGGGTTgcatatactgtaggctatagcctGTCTTATTTTCTATTTGAATATCGCAACATAACCTATTTGTTTCTGGCCTATAGGGATTCACTTGAAATGGTGGTTGTATCTGTGTAACACGTTCGTGCCGAAtcaaattgagcatgttttgcGGTTCCCATCTGGGTGTAAACATTACGCATATTTTGGCCACGTTTGACGCGCGTAAAATCGAGGTCTTGGAAATCAACATGTAGCCGACTAAGGTGTAAACTTAATTATCTTCCATCGGCTTCCCATAAATGTGTATATTAAACCACTAAGGCATTTAAAAAAACGGCATGTTTACAAACTGGTTAGCCTGCTATTGTCAGTGATACAGGTCTCACGTTTGGGATTGAATCCATCCAGATATAATTCAAGTCAGGTTTAACTGATTTCCTCCTTCCTTGTTACATCCTCCAGAAATCAAAGCACAAGCCCGATCTGACTTCACTGTGATTATTTAGCTCCCTCTCCAGAGATAGCAAGTCTGGAAAATCATGGACGGTTTACTCTGTTTTCTAACGTTGTAACAGGCTAACATCTGGAACCAGTCAGATCGTCTACAGGGGAGGGGGCTTGGtcgtcacccccctctctcttgtgcgctctccctctctttcctctcaccaGACAATATCACTGCAGAAAGGTACAAGCGGCCGCTCTCCACAGGGCTATTGAACAACTCCCGTTTCGTACGATTTTGGCCTGGAATTGATGACAGAAAGTATCTGTAAATGAGGCACGCCACGTGTATTTGcctgtttttttggacagcattTGGTGGAATCGATTCTATTGGAAGATTTAACCCTGTGTGAGCAGCAGTTCTGGAATATAGATCTTTTTTTTGTTGCGCTGAGAGCTTGAATCTATTCCTTTTACGGCATCAGTGGCAGCGCGCGGGGTTTGGTGTCATTGGTCCGGCTTTTGATGCACCCTATTTAAAACATCTGCGGGCAAATTGATAGGATTTTGATTCATAGGTAGGCTAGCAGCAAATGGTGCTAGTGCCATGTTTCTTAGGTAGGACCCGGATGTTCCGAGGATGCACTGGTTCGTCTTCTTAGGTGGTTCAAGCGAATATCTATTTATGTGTTCCAACTCCAGAATGGGGATCAGGTAATATTTACTGAAACGCAACAAAAAAAAGGAATATCGAAAGCTGTCCGGGCgttattctttttttattttccttctctttggtttcttttttttcttcctctACTCCTTTTTACAAGCCTTTTCTCCATTCACCTACGGATAAAGCTGGACCACATTTATGGTAAATGAAAGCAAAAACATGTACATACCAGAGGACACCCTTGAGAACCATCAAGgctccgACTACTCCCCCCCACCGCTGCCGGTGGTGGCGCCCAGTCTGAACGATACCAGCGTTGCAGATGGAGGAGGCGGCGTGGGTGGCGTCACAGCCCTGGGTGGAAGTGGAGGTGGGCGCGGGCCCCTGGAGGCCGTGGTCGGAGGGGCGGTGGTGGGGCTAGCGGCAGAGCACATCCCCAGCGGCCCCGGGGCGGCCCTCACCTGGCAGGCGGCCATCGAGGCGGCGCGGCAGGCCAAGCAGATGGGGAACGCGGGCGCACCCATCTGCACAGCCAGCTCCACACAGAGGAAGAGGCAGCACTACACCAACAAGCCCAAGAAACCCATCAACACAGCCCCAACCAGACCTCCCAGAGCCCTGCTCTGCCTCACCCTCAAGAACCCCATCCGCAGAGCATGCATCAGCATCGTGGAGTGGAAACCGTTTGAAATTATCATTTTGATGACTATATTTGCGAACTGCGTGGCCTTAGCTGTCTACATCCCCTTCCCAGAGGACGACTCCAACGCCACCAACTCAAACCTGGTAAGTCACACCTGACCTGACACAGGCTCTTATGTCATGTTGCTATGGTTATTCCGCTCTGTTTGACTGTAGGTACcaggtggctgtgtgtgtgggggggttgagTTGTCGTGGTTACCTGTATCCCCATCCTCCATGTTGTGGTTTGGAGAGAACAGGGCATGTGGAGGGCAGCTAATACGTTGCCTTGGGACTTCTGTatggtacatactgtatgtgttggtgtCTGAGCATATGTACACGGTGTCTGATCATGTACATGGTGTCTGATCATGCACATGGTGTCTGATCATGTACATGGTGTTTGAGTAGAGTGAGTGGAGGGAatgtggggctcccgagtggcgcaggggtctaaggcactgcatctcagataGAGGCGTCACTGTAGTCAATGGTTccaatccaggctgcatcacatctggctgtgattgggagtcccatagggtggcgcacaattggcccaggtttggccggggtaggccgtcattgtaaataagaatttgttcttatctgactttcCTAATTACATTTTATAATGTGTGGTGATCTGGTCCtcctgtgtgttactgtgtgtggttGAGATGGTAACTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCtcctgtgtgttactgtgtgtggttGAGCCGGTAACTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCtcctgtgtgttactgtgtgtggttGAGATGGTAACTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTGTTACTGTGTGTGGTTGAGCCGGTAACTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGATGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCtcctgtgtgttactgtgtgtggttGAGATGGTAACTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGCCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCtcctgtgtgttactgtgtgtggttGAGCCGGTAACTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCtcctgtgtgttactgtgtgtggttGAGATGGTAACTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTATGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTGTGCGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTGTGCGGTGACCTGGTCCtcctgtgtgttactgtgtgtggttGAGACGGTAACTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTGTGCGGTGACCTGGTCCtcctgtgtgttactgtgtgtggttGAGATGGTAACTGCTGGCTGTGTGGTGACCTGGTCCTCCTGCTGGCTGTGCGGTGACCTGGTCCtcctgtgtgttactgtgtgtggttGAGACGGTAACTGCTGGCTGTGTGAAGTTAATATGAATGGTTAATGTGGAACTACTAGCCAGGAGAATGGTTAATGTAGAACTACTAGTCAGGAGAATGGTTAATGTAGAACTACTAGCCAGGAGAATGGTTAATGTAGAACTACTAGTCAGGAGAATGGTTAATGTAGAACTACTAGTCAGGAGAATGGTTAATGTAGAACTACTAACCAGGAGAATGGTTAATGTAGAACTACTAACCAGGAGAATGGTTAATGCAGAAATACTAACCAGGAGAATGGTTAATGTAGAACTACTAGTCAGGAGAATGGTTAATGTAGAACTACTAATGTCTGTCAGAACTGGAGATGGACTCAtcatctccctatttctctctctctctctctctctctctctctc

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1944723 lncRNA upstream 31793 821005 ~ 821238 (+) True G1699539
TU1944710 lncRNA upstream 43428 809034 ~ 809603 (+) True G1699534
TU1944707 lncRNA upstream 50289 800649 ~ 802742 (+) False G1699532
TU1944708 lncRNA upstream 50289 802062 ~ 802742 (+) True G1699532
TU1944697 lncRNA upstream 71669 779772 ~ 781362 (+) True G1699523
TU1944872 lncRNA downstream 16576 1016140 ~ 1016467 (+) True G1699625
TU1944886 lncRNA downstream 47895 1047459 ~ 1048172 (+) True G1699632
TU1944898 lncRNA downstream 65112 1064676 ~ 1068643 (+) True G1699643
TU1944909 lncRNA downstream 87499 1087063 ~ 1087617 (+) True G1699652
TU1944919 lncRNA downstream 102362 1101926 ~ 1124073 (+) True G1699659
XM_036956546.1 mRNA upstream 143031 647909 ~ 710000 (+) True LOC118936449
XM_036956490.1 mRNA upstream 286709 479755 ~ 566322 (+) False LOC101268929
XR_005038429.1 mRNA upstream 286709 479755 ~ 566322 (+) False LOC101268929
XR_005038430.1 mRNA upstream 286709 479755 ~ 566322 (+) False LOC101268929
XM_036956491.1 mRNA upstream 286709 479946 ~ 566322 (+) False LOC101268929
XM_036956550.1 mRNA downstream 157150 1156714 ~ 1305903 (+) False LOC110518351
XM_036956551.1 mRNA downstream 157150 1156714 ~ 1305903 (+) False LOC110518351
XM_036956552.1 mRNA downstream 157150 1156714 ~ 1305903 (+) False LOC110518351
XM_036956553.1 mRNA downstream 177137 1176701 ~ 1305903 (+) False LOC110518351
XM_036956554.1 mRNA downstream 228579 1228143 ~ 1305903 (+) False LOC110518351
TU1944334 other upstream 711782 60319 ~ 141249 (+) True LOC118942820
TU1944882 other downstream 83127 1082691 ~ 1086026 (+) True G1699629
TU1944912 other downstream 94585 1094149 ~ 1100221 (+) True G1699655
TU1944767 other downstream 303322 1302886 ~ 1304733 (+) True LOC110518351
TU1944994 other downstream 342935 1342499 ~ 1343138 (+) True G1699724
TU1945115 other downstream 538392 1537956 ~ 1538880 (+) True G1699804

Expression Profile