RNA id: TCONS_00052784


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052784
length 335
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_025703
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 48894467 ~ 48907830 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATTGTCTCTGACAGAGGTGGGCAGAATGTAGTCTCAGAAAGGTGGAGGTGTCTCTCAATTTCAATGAGAGGTATCTCTGTGTGCAGACCACAGATTTTTGAGAGATGATTCTGCCTGAGAACAGCTGATGGGAACAACAGAGATTGGGGTTAACTGCTCAGAGAAGTGACCAAGGAGATCTGGCGctgctgataaataaaaggatggAGGCCAAAGAGTTCGGGAGCTTTTGGACATCCAGACTGCTTGGCTGACGGTTCTTTAAAGATCCTGATCCAGGATCCTGATCTTCACTTTATTCACTTATGCTcgataaataaattgattgattttGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052782 lncRNA upstream 264696 48618161 ~ 48629771 (+) False XLOC_025701
TCONS_00052783 lncRNA upstream 264696 48621120 ~ 48629771 (+) True XLOC_025701
TCONS_00052781 lncRNA upstream 426910 48464839 ~ 48467557 (+) True XLOC_025698
TCONS_00052780 lncRNA upstream 451571 48439066 ~ 48442896 (+) True XLOC_025697
TCONS_00052372 lncRNA upstream 578883 48297506 ~ 48315584 (+) True XLOC_025696
TCONS_00052373 lncRNA downstream 91061 48998891 ~ 49006665 (+) False XLOC_025704
TCONS_00052785 lncRNA downstream 97629 49005459 ~ 49006665 (+) True XLOC_025704
TCONS_00052374 lncRNA downstream 226552 49134382 ~ 49134743 (+) True XLOC_025710
TCONS_00052786 lncRNA downstream 547932 49455762 ~ 49459924 (+) False XLOC_025712
TCONS_00052787 lncRNA downstream 548003 49455833 ~ 49459924 (+) True XLOC_025712
TCONS_00050568 mRNA upstream 24835 48842918 ~ 48869632 (+) True XLOC_025702
TCONS_00050567 mRNA upstream 316009 48561112 ~ 48578458 (+) True XLOC_025700
TCONS_00050566 mRNA upstream 404580 48473346 ~ 48489887 (+) True XLOC_025699
TCONS_00050565 mRNA upstream 567307 48234445 ~ 48327160 (+) False XLOC_025696
TCONS_00050564 mRNA upstream 664495 48221413 ~ 48229972 (+) True XLOC_025695
TCONS_00050569 mRNA downstream 113249 49021079 ~ 49024570 (+) True XLOC_025705
TCONS_00050570 mRNA downstream 136087 49043917 ~ 49058326 (+) True XLOC_025706
TCONS_00050571 mRNA downstream 166178 49074008 ~ 49079318 (+) True XLOC_025707
TCONS_00050572 mRNA downstream 189945 49097775 ~ 49100456 (+) True XLOC_025708
TCONS_00050574 mRNA downstream 489285 49397115 ~ 49421274 (+) True XLOC_025711
TCONS_00050561 other upstream 1433864 47460488 ~ 47460603 (+) True XLOC_025690
TCONS_00050528 other upstream 3259281 45635077 ~ 45635186 (+) True XLOC_025668
TCONS_00050515 other upstream 4006314 44888037 ~ 44888153 (+) True XLOC_025662
TCONS_00050507 other upstream 5177552 43716827 ~ 43716915 (+) True XLOC_025656
TCONS_00050506 other upstream 5179684 43714699 ~ 43714783 (+) True XLOC_025655
TCONS_00050573 other downstream 224511 49132341 ~ 49132477 (+) True XLOC_025709
TCONS_00050578 other downstream 1161765 50069595 ~ 50075190 (+) False XLOC_025717
TCONS_00050613 other downstream 3712228 52620058 ~ 52620175 (+) True XLOC_025746
TCONS_00050620 other downstream 3921082 52828912 ~ 52829006 (+) True XLOC_025751
TCONS_00050635 other downstream 5159693 54067523 ~ 54067639 (+) True XLOC_025764

Expression Profile

//