RNA id: TCONS_00052378



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00052378
length 209
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 2
gene id XLOC_025735
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 52224103 ~ 52264146 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


gTGATTTTGTGCAACATTGTTTCTGTTTTAATACATGTAAATATTTCAGCACCACCTGCCAATGCAAGCTCTTCTCCAACTGAGCCTCAAACTATTGAACCTACATCCTCTTCTGCCAATATGAGTGCTTCTACAGCTGAGTCTCAAACAGCAGAACCTACaagtaatatacagtatatgtactgTTGACTGAATGCTGTTGTGGTGGA

Function


GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052796 lncRNA upstream 328967 51895324 ~ 51900899 (+) True XLOC_025731
TCONS_00052377 lncRNA upstream 471155 51758345 ~ 51758711 (+) True XLOC_025730
TCONS_00050592 lncRNA upstream 782870 51417422 ~ 51446996 (+) True XLOC_025726
TCONS_00052376 lncRNA upstream 1206809 51011289 ~ 51023057 (+) True XLOC_025725
TCONS_00052375 lncRNA upstream 1218296 51011289 ~ 51011570 (+) False XLOC_025725
TCONS_00050604 lncRNA downstream 137149 52367302 ~ 52379472 (+) True XLOC_025737
TCONS_00052798 lncRNA downstream 147425 52377578 ~ 52389039 (+) True XLOC_025738
TCONS_00052379 lncRNA downstream 160099 52390252 ~ 52392205 (+) True XLOC_025739
TCONS_00052380 lncRNA downstream 576119 52806272 ~ 52809710 (+) False XLOC_025750
TCONS_00052799 lncRNA downstream 1296812 53526965 ~ 53652401 (+) False XLOC_025761
TCONS_00050602 mRNA upstream 63020 52145511 ~ 52166846 (+) True XLOC_025734
TCONS_00050601 mRNA upstream 119057 52093494 ~ 52110809 (+) True XLOC_025733
TCONS_00050600 mRNA upstream 119069 52092599 ~ 52110797 (+) False XLOC_025733
TCONS_00050599 mRNA upstream 140066 52078798 ~ 52089800 (+) True XLOC_025732
TCONS_00050598 mRNA upstream 281840 51685061 ~ 51948026 (+) True XLOC_025729
TCONS_00050603 mRNA downstream 45538 52275691 ~ 52294508 (+) True XLOC_025736
TCONS_00050605 mRNA downstream 211949 52442102 ~ 52465596 (+) True XLOC_025740
TCONS_00050606 mRNA downstream 237726 52467879 ~ 52471761 (+) True XLOC_025741
TCONS_00050607 mRNA downstream 243517 52473670 ~ 52474770 (+) True XLOC_025742
TCONS_00050608 mRNA downstream 244905 52475058 ~ 52490051 (+) False XLOC_025743
TCONS_00050578 other upstream 2154676 50069595 ~ 50075190 (+) False XLOC_025717
TCONS_00050573 other upstream 3097389 49132341 ~ 49132477 (+) True XLOC_025709
TCONS_00050561 other upstream 4769263 47460488 ~ 47460603 (+) True XLOC_025690
TCONS_00050528 other upstream 6594680 45635077 ~ 45635186 (+) True XLOC_025668
TCONS_00050515 other upstream 7341713 44888037 ~ 44888153 (+) True XLOC_025662
TCONS_00050613 other downstream 389905 52620058 ~ 52620175 (+) True XLOC_025746
TCONS_00050620 other downstream 598759 52828912 ~ 52829006 (+) True XLOC_025751
TCONS_00050635 other downstream 1837370 54067523 ~ 54067639 (+) True XLOC_025764
TCONS_00050662 other downstream 3068890 55299043 ~ 55299158 (+) True XLOC_025787
TCONS_00050664 other downstream 3253360 55483513 ~ 55483647 (+) True XLOC_025789

Expression Profile


//